《Frontiers in Microbiology》：Genetic landscape of Italian SRLV: insights from passive surveillance-based phylogenetic analysis
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本研究基于2019-2024年意大利16个大区的被动监测数据，通过gag-pol基因系统发育分析首次揭示SRLV（小反刍兽慢病毒）在意大利呈现显著遗传多样性。研究发现A、B基因型具有可比性遗传距离（p-distance: A型15.6±3.2%，B型16.7±4.4%），但现有亚基因型分类体系未能准确反映病毒演化关系，尤其A24、A3等亚型存在分类学争议。证据表明B1亚型广泛分布，而B2/B3呈现地域局限性，提示需要建立更精准的病毒分类框架。
引言
小反刍兽慢病毒（SRLV）是感染绵羊和山羊的逆转录病毒，其基因组包含gag、pol、env等结构基因及vif、rev等辅助基因。病毒通过气溶胶传播，可引发肺部、关节、神经及乳腺等多组织病变。目前全球报道的SRLV包含A/B/C/E四种基因型，其中意大利已知存在A、B、E三型，但缺乏近期系统性遗传特征数据。
材料与方法
2019年10月至2024年10月期间，通过被动监测收集意大利20个大区中16个地区的271个农场样本，共检测474份样本。采用巢式PCR靶向gag-pol基因800 bp片段进行扩增，使用桑格测序获得90条阳性序列。系统发育分析通过MAFFT比对序列，并采用IQ-TREE、RAxML等软件构建最大似然树。
结果
- 1.
空间分布特征：148份阳性样本（30%）分布于64个农场，其中绵羊阳性率（56.44%）显著高于山羊（17.17%）。巴西利卡塔（南部）、翁布里亚（中部）等地区贡献超70%样本（图3）。
- 2.
遗传多样性：成功测序的90株病毒中，B型占比66.67%（60株），A型33.33%（30株）。p-距离分析显示A/B基因型遗传差异显著（图11），但亚基因型分类存在矛盾，例如A24亚型在系统发育树中呈现多系群结构（图9）。
- 3.
地域聚类现象：B1亚型广泛分布于9个大区（包括撒丁岛），而B2亚型仅局限于中部地区。在巴西利卡塔发现的A9亚型病毒形成独立进化支，平均配对距离达11.8%（图9）。
- 4.
分类学争议：样本PQ866037可能为A19与A11重组株，而PP471991等毒株与现有A24标准株距离达13.8%，提示或需定义新亚型。
讨论
被动监测数据的不均衡性限制了全国代表性，但首次证实意大利存在"B类"未分类毒株。A型病毒亚型划分过度问题突出，现有基于gag-pol片段的分类标准需结合全基因组数据优化。病毒的地域聚类特征（如翁布里亚农场连续三年检测到同源B3毒株）提示局部传播链的存在，但需排除测序片段长度（800 bp）对系统发育信号的影响。
结论
研究强调需通过全基因组测序更新SRLV分类框架，并建立持续性监测网络以解析病毒演化规律。遗传聚类的地域特异性为制定针对性防控策略提供了分子流行病学依据。
