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本综述通过长片段PCR与二代测序技术，系统分析了763名德国干细胞供者HLA-F基因的全长序列，发现9个新等位基因及丰富的UTR变异。研究首次在高加索人群中发现HLA-F与HLA-A（如F01:03:01~A03:01:01的r2=0.679）存在强连锁不平衡，而HLA-F与HLA-E的关联较弱（r2<0.1）。通过牛津纳米孔测序验证，超80%变异位于编码抗原结合区的第4外显子，提示HLA-F在免疫调节中可能具有未被充分认识的多样性功能。
HLA-F基因的结构与功能特征
HLA-F作为非经典MHC-Ib类分子，其基因位于6号染色体，全长约3.5 kb，编码由346个氨基酸组成的39 kDa蛋白。与经典HLA-Ia类分子相比，HLA-F的第7外显子为假外显子，导致其胞质尾区缩短约2 kDa，这一结构差异可能影响细胞内信号传导和蛋白运输。此外，HLA-F的3'-非翻译区（UTR）与其他HLA-I类基因显著不同，可能调控mRNA稳定性与翻译效率。
多态性分析与新等位基因发现
研究团队开发了覆盖HLA-F全长（含侧翼UTR）的3.8 kb长片段PCR检测方法，通过对763例干细胞捐献者样本进行MiSeq测序，发现14个HLA-F等位基因。其中F01:01:01:01（21.23%）和F01:03:01:01（20.65%）为优势等位基因。通过牛津纳米孔测序验证，共鉴定9个新等位基因（如F01:03:02、F01:10等），其中超80%错义突变位于编码抗原结合域的第4外显子，提示这些变异可能影响HLA-F的肽段呈递功能。
连锁不平衡（LD）模式分析
研究首次在高加索人群中发现HLA-F与HLA-A存在强连锁不平衡：单倍型F01:03:01~A03:01:01的LD系数D=0.116，标准化值D'=0.963，相关性指标r2高达0.679。而HLA-F与HLA-E的关联较弱（最大r2<0.1），但特定单倍型如F01:03:01~E01:06显示完全连锁（D'=1.0）。三基因座分析表明，单倍型F01:03:01~A03:01:01~E*01:01:01的r2=0.387，但β值（0.154）提示该关联主要由两两连锁驱动。
技术方法与验证
研究采用经国际HLA参考标准（IHWG）验证的引物对，确保扩增特异性。文库构建通过0.7×AMPure磁珠纯化与600-800 bp片段筛选优化，使用NGSengine和HLA Twin双软件进行基因分型。针对新变异，采用牛津纳米孔长读长测序进行相位验证，平均读长4 kb，质量值Q≥12。
临床意义与展望
本研究通过高分辨率测序揭示HLA-F具有高于既往认知的遗传多样性，其与HLA-A的强连锁不平衡为移植免疫、自身免疫疾病（如类风湿关节炎）和癌症免疫治疗研究提供新视角。未来需在不同族群中验证这些单倍型结构，并探索HLA-F开放构象（OC）与抑制性受体（如ILT2/LILRB1）互作的功能影响。
