《Scientific Reports》:FA-DeepMSM: a few-shot adapted interpretable multimodal survival model for improved prognostic prediction in glioblastoma
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本研究针对IDH野生型胶质母细胞瘤(GBM)预后预测中存在的跨中心泛化性差、多模态数据对齐困难及可解释性不足等问题,提出FA-DeepMSM框架。该模型融合自监督MRI特征与临床分子数据,通过少样本学习(5~40样本)显著提升外部验证C指数(从0.643至0.680),并引入时间解析可解释性模块,揭示切除范围(EOR)早期主导、MGMT甲基化(mMGMT)后期关键的动态风险规律,为神经肿瘤AI提供临床可推广范式。
胶质母细胞瘤(Glioblastoma, GBM)作为最具侵袭性的原发性脑肿瘤,即使根据2021年WHO中枢神经系统肿瘤分类进行了分子分型,其预后仍然极差,患者中位生存期通常不足15个月。目前临床预后评估主要依赖年龄、体能状态(KPS)、切除范围(EOR)以及分子标志物如O6-甲基鸟嘌呤-DNA甲基转移酶(MGMT)启动子甲基化状态和异柠檬酸脱氢酶(IDH)突变状态。尽管多参数磁共振成像(MRI)能非侵入性反映肿瘤生物学特征,但现有深度学习模型常因过度依赖高维影像特征、忽略临床分子信息,以及跨中心数据分布差异而导致泛化性能下降。此外,传统统计模型如Cox比例风险模型(CoxPH)无法捕捉非线性、时变的生存规律,而复杂多模态融合架构又易在数据稀缺场景下过拟合。更重要的是,罕见肿瘤亚型标记样本匮乏,严重制约模型在新临床环境中的适应性。
为解决上述挑战,韩国大学与首尔国立大学医院团队在《Scientific Reports》发表研究,提出FA-DeepMSM(Few-shot Adapted Deep Multimodal Survival Model),首次将自监督MRI特征与临床分子变量整合于少样本学习框架,实现胶质母细胞瘤个体化生存预测的精准化与可解释化。
关键方法概述
研究纳入1,871例成人型弥漫性胶质瘤患者(内部队列:SNUH、Severance、UCSF-PDGM,n=1,359;外部验证队列:UPenn-GBM,n=452),提取T1、T1CE、T2、FLAIR序列MRI。通过DINOv2(Distillation with NO labels)预训练视觉Transformer(ViT)提取图像深度表型标识(DPI),与临床变量(年龄、KPS、EOR、IDH状态等)拼接后输入轻量级神经网络风险预测头。模型先在内部队列训练,再于外部GBM队列进行0/5/10/20/40样本少样本微调(仅优化最后一层),并以时间依赖性C指数和Brier分数评估性能。
研究结果
内部验证中多模态模型显著优于传统方法
在内部测试集上,多模态DeepMSM的平均C指数达0.788(95% CI: 0.782–0.793),优于临床单模态(0.749)和影像单模态模型(0.697),也显著超越CoxPH(0.760)和随机生存森林(RSF, 0.771)。
少样本适应有效提升外部泛化能力
在零样本外部验证中,多模态模型C指数降至0.643,但经过40样本微调后(FA-DeepMSM)升至0.680,且影像特征贡献度从负转正。传统机器学习模型(CoxPH、RSF)在少样本场景下表现不稳定,而FA-DeepMSM在3–24个月时间点均保持最优判别性能。
时间解析可解释性揭示动态预后因素
基于置换重要性分析发现,早期生存(3–6个月)风险主要由EOR驱动,而MGMT甲基化在后期(12–24个月)作用凸显。影像特征重要性随少样本数量增加而持续上升,表明模型成功对齐多模态信息。
患者级可视化验证临床合理性
Grad-CAM热图显示模型关注区域与肿瘤边界高度一致。例如,一名IDH野生型GBM患者(KPS=90,EOR=次全切除)在22个月时死亡,模型预测死亡点生存概率为10.9%;而IDH突变型星形细胞瘤患者(KPS=100,EOR=全切除)生存期达95个月,死亡点概率为5.7%,生存曲线分化明显符合临床预期。
多模态模型提升风险分层校准性
风险评分分布显示,多模态模型呈现更宽广且连续的区分度,Kaplan-Meier曲线高低风险组差异显著大于单模态模型,证明其兼具判别力与校准可靠性。
结论与意义
本研究通过自监督影像表征与少样本学习策略,突破了多模态生存预测中的泛化瓶颈。FA-DeepMSM不仅显著提升IDH野生型GBM的预后准确性,还通过时间解析模块动态揭示临床因子权重变化,为个体化治疗决策提供依据。此外,模型仅需少量样本即可适应新中心数据,极大提升临床部署可行性。未来通过扩展预训练数据规模、优化缺失值插补策略,有望进一步发展为神经肿瘤领域的基础模型。