《Mutation Research - Genetic Toxicology and Environmental Mutagenesis》:The Latin America Comet (LA-COMET) Group: A bibliometric study and quantitative analysis of the technical implementation of the alkaline comet assay
编辑推荐:
彗星测试在拉丁美洲的应用及合作网络研究基于246篇论文的计量分析,发现60%样本技术质量评分达60/63分以上,研究主题涵盖癌症、DNA损伤、环境污染及基因表达,分为人类监测、体外实验和动物/植物模型三类,当前虽存在跨国合作局限,但技术标准化为后续合作奠定基础。
埃米利奥·罗哈斯(Emilio Rojas)| 露西娅·布里托(Lucía Brito)| 朱莉安娜·达席尔瓦(Juliana Da Silva)| 吉列尔莫·埃斯皮诺萨-雷耶斯(Guillermo Espinosa-Reyes)| 安娜·罗莎·弗洛雷斯-马尔克斯(Ana Rosa Flores-Márquez)| 迪达米娅·弗兰科(Deidamia Franco)| 安娜·莱蒂西亚·加西亚(Ana Leticia García)| 桑德拉·戈麦斯-阿罗约(Sandra Gómez-Arroyo)| 西泽尔·阿图罗·伊利萨卢蒂乌里-埃尔南德斯(Cesar Arturo Ilizaliturri-Hernández)| 劳拉·拉丰-休斯(Laura Lafon-Hughes)| 格雷塞尔·莱昂-梅希亚(Grethel León-Mejía)| 玛丽·卡门·马丁内斯(Mary Carmen Martinez)| 帕特里夏·穆萨利-加兰特(Patricia Mussali-Galante)| 黛安娜·M·纳尔瓦埃斯(Diana M. Narváez)| 埃尔达·莱奥诺尔·帕切科-潘托哈(Elda Leonor Pacheco-Pantoja)| 吉塞拉·劳拉·波莱塔(Gisela Laura Poletta)| 塞莱斯特·鲁伊斯·德·阿尔考特(Celeste Ruiz de Arcaute)| 玛丽亚·费尔南达·西莫尼埃洛(María Fernanda Simoniello)| 索尼娅·索洛内斯基(Sonia Soloneski)| 诺埃米·蒂拉多(Noemi Tirado)| 马哈拉·瓦尔韦德(Mahara Valverde)
墨西哥国立自治大学生物医学研究所。墨西哥城大学城
摘要
彗星试验(comet assay)是一种用于评估DNA损伤的多功能工具;其应用已遍布全球,包括拉丁美洲。LA-COMET是一个拉丁美洲的合作网络。在一项文献计量学研究中,我们分析了来自七个国家的246篇论文,重点关注了所探讨的主题及其影响力。根据碱性彗星试验(alkaline comet assay)的技术性能,我们对这些论文进行了质量评分(QSca)。其中大多数论文(60%)的得分达到60分或更高。最常见的研究主题包括癌症、体内试验(in vivo assays)、DNA损伤、污染和基因表达。我们强调了研究主题的广泛性,这些主题被分为:a) 人类监测研究;b) 体外研究;c) 动物和植物模型研究。LA-COMET鼓励在组内及组间开展合作,以解决遗传毒理学领域的重点问题。
引言
彗星试验(单细胞电泳)是一种广泛用于评估外源性物质(xenobiotics)的遗传毒性和生活方式因素(如饮食、运动、饮酒和吸烟)的有益或有害影响的技术。该试验还用于测量健康个体以及具有特定病理状况的模型(或细胞环境)中的DNA损伤基线水平。由于该技术可应用于单个细胞,并且适用于核仁(nucleoids)的研究,因此能够评估DNA修复能力,并通过使用DNA修复酶检测特定的DNA损伤(例如氧化碱基、甲基化碱基、环丁烷嘧啶二聚体以及对formamidopyrimidine-DNA glycosylase (Fpg)敏感的位点)[1][2][3]。
在过去30年里,彗星试验的应用迅速增加,尤其是在拉丁美洲。该技术被用于解决该地区面临的具体问题。由于许多外源性物质在拉丁美洲普遍存在,因此对实验方案进行“优势与劣势”分析变得十分必要,以便更好地应对毒理学问题。基于这一目标,马哈拉·瓦尔韦德(Mahara Valverde)和埃米利奥·罗哈斯(Emilio Rojas)在2021年的ALAMCTA(拉丁美洲诱变、致癌和环境致畸协会)大会上发起了LA-COMET倡议。许多长期使用彗星试验的国家的团队加入了该倡议。目前该网络由来自七个不同国家的17个团队组成:阿根廷、玻利维亚、巴西、哥伦比亚、墨西哥、巴拉圭和乌拉圭。该组织的目标是建立一个合作网络,将碱性彗星试验认定为一种可靠且有效的工具,促进成员之间的方法交流与共享。为此,我们对1996年至2022年间LA-COMET成员发表的论文进行了文献计量学分析和定量研究,涵盖了该技术在各领域的应用。
文献计量学研究突显了LA-COMET团队的科研成果,包括作者、关键词、研究主题以及论文之间的主要关联。定量分析揭示了碱性彗星试验实施过程中的技术相似性和差异。总体而言,研究表明LA-COMET成员研究了众多相似的主题,但跨国合作仍然有限。他们以高技术标准开发了这一技术,为未来的合作奠定了良好基础。
部分内容展示
文献计量学分析
我们利用成员提供的数据,建立了截至2022年的论文数据库。通过Web of Science (WOS)的共引用分析和246篇文献的文献链接,验证了该数据库的准确性。使用Zotero软件收集、整理并标准化了所选论文的作者信息。随后使用开源软件VOSviewer创建了研究信息系统(RIS)文件,用于基于文献计量数据生成网络图谱。
作者与国家
我们首先根据LA-COMET成员发表的论文构建了作者网络(图1)。分析结果显示了四个主要研究团队:达席尔瓦(da Silva)、罗哈斯-瓦尔韦德(Rojas-Valverde)、拉拉门迪-索洛内斯基(Larramendi-Soloneski)和波莱塔-西莫尼埃洛(Polleta-Simoniello)。该分析还展示了这些团队之间的合作关系。每个节点代表一位作者,节点的大小表示其发表的论文数量;连接节点的线条表示作者之间的合作关系。
讨论
对LA-COMET成员发表的论文进行分析后发现,该技术的发展经历了成熟过程,从最初的论文(1996年)发展到2022年的研究。根据QSca评分结果,该技术的应用技术表现出色,特别是在切片制备和损伤评估软件的普及方面取得了显著进展,使得更多团队能够使用该技术。该技术已被应用于多个领域。
资金支持
本研究未获得任何公共、商业或非营利机构的资助。
CRediT作者贡献声明
帕特里夏·穆萨利-加兰特(Patricia Mussali-Galante): 数据整理、形式分析。露西娅·布里托(Lucía Brito): 数据整理、软件应用、形式分析。玛丽·卡门·马丁内斯(Mary Carmen Martinez): 数据整理、形式分析。埃尔达·莱奥诺尔·帕切科-潘托哈(Elda Leonor Pacheco-Pantoja): 数据整理、形式分析。吉列尔莫·埃斯皮诺萨-雷耶斯(Guillermo Espinosa-Reyes): 数据整理、形式分析。黛安娜·M·纳尔瓦埃斯(Diana M. Narváez): 数据整理、形式分析。朱莉安娜·达席尔瓦(Juliana Da Silva): 数据整理、形式分析。埃弗拉因·托瓦尔-桑切斯(Efraín Tovar-Sánchez): 数据整理、形式分析。劳拉·拉丰-休斯(Laura Lafon-Hughes): 数据整理、形式分析。
利益冲突声明
作者声明没有利益冲突。所有作者均已阅读并同意发表的论文版本。