《Diagnostic Microbiology and Infectious Disease》：High throughput HPV genotyping by next generation sequencing for Detection Of 28 HPV Types And 13 Sexually Transmitted Infections: A First Community-Based Cervical Cancer Screening Study from India
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HPV分型与性传播感染（STI）的NGS检测在印度社区筛查中的性能评估及与Roche Cobas? 4800平台的对比，发现NGS在检测28种HPV和13种STI时具有高一致性（95.8%），异常细胞样本中52.1%存在HPV/STI共感染，证实NGS可作为高效、全面的筛查工具。
作者：Yasasve Madhavan、Vasanthkumar Muthukumar、Srinidhi Ramasubramanian、Vijayalakshmi Ramshankar
所属机构：印度金奈癌症研究所（WIA）癌症生物学与分子诊断系，邮编600020
摘要
背景
高风险人乳头瘤病毒（HR-HPV）感染是宫颈癌的主要原因。然而，传统的基于PCR的检测方法在HPV基因分型方面存在局限性，而仅依靠细胞学检测方法在识别亚临床感染时灵敏度较低。在社区筛查环境中，需要采用综合的分子生物学方法来更准确地分析HPV基因型及其共感染情况。
方法
本研究在南印度的一个社区筛查队列中，评估了一种基于下一代测序（NGS）技术的HPV/性传播感染（STI）检测方法的检测性能，并将其与临床验证过的Roche Cobas? 4800平台进行了对比。研究分析了96名无症状已婚女性的宫颈脱落细胞样本，这些女性此前已通过Cobas?平台进行了部分HR-HPV基因分型（包括HPV16、HPV18以及12种其他高风险类型）。使用NGS技术，该检测方法能够在Illumina NextSeq 550平台上全面检测出28种HPV基因型和13种性传播感染。所有样本均接受了基于液体的细胞学检测，并使用了RAPID-PAP染色技术。
结果
NGS检测结果与Cobas?平台的检测结果高度一致，总体符合率为95.8%（92/96）。其中，HPV16的检测符合率为94.4%（17/18），其他高风险HPV类型的检测符合率为96.7%（58/60），混合感染的检测符合率为85.7%（7/8），这些混合感染包括HPV16或HPV18与其他高风险类型的共感染，以及HPV16/18的双重感染。在细胞学检查结果异常（ASCUS和HSIL）的女性中，58.3%（7/12）存在非HPV16/18类型的感染；52.1%（50/96）的参与者同时存在非HPV性传播感染，其中最常见的是
微小脲原体和
人支原体。
结论
该社区队列中大量细胞学检查结果异常的女性存在非HPV16和HPV18的高风险感染，这凸显了进行扩展HPV基因分型的重要性。基于NGS的HPV基因分型结果与参考方法一致，并能够同时识别性传播感染，表明其作为社区宫颈癌筛查和风险分层的综合工具具有潜在价值。
引言
宫颈癌是全球女性中第四大常见恶性肿瘤，每年约有60.4万新病例和34.2万例死亡病例。像印度这样的低收入或中等收入国家受此疾病的影响尤为严重[1]。宫颈上皮内瘤变（CIN）和侵袭性癌主要由高风险人乳头瘤病毒（HR-HPV）的持续感染引起[2]。在已知的200多种HPV基因型中，至少有14种具有致癌性，其中HPV16和HPV18导致了全球约70%的宫颈癌病例[3]。其他高风险类型（如HPV31、33、35、39、45、51、52、56、58、59、66、68、73、26、53和82）也显著增加了疾病负担[4,5]。低风险HPV基因型（如HPV6、11、40、42、43、44、55、61、81和83）通常与良性病变（如生殖器疣）相关，但它们可能与致癌型共存，从而影响病毒的持续存在和宿主的免疫反应[6,7]。
分子生物学检测方法在识别高级别宫颈病变方面比细胞学检测具有更高的灵敏度，但传统的基于PCR的检测方法在基因型覆盖范围上存在局限[8,9]。下一代测序（NGS）技术具备更强的多重检测能力，能够在单次检测中同时识别多种HPV类型和其他性传播感染[10]。非HPV性传播感染（如
沙眼衣原体（血清型L1、L2、B、D、E、F、G）、
解脲支原体、
人支原体、
微小脲原体、
生殖器支原体、
苍白密螺旋体、
淋病奈瑟菌、
阴道毛滴虫、
杜克雷氏嗜血杆菌、单纯疱疹病毒1型和2型（HSV1、HSV2）以及水痘-带状疱疹病毒（VZV））可能通过慢性炎症和破坏上皮完整性的机制促进HPV的持续存在和癌变[11,12,13]。
ChapterDx Uncoded HPV-STI Genomap（UHS）是一种高度多重化的单孔单步PCR和测序检测方法，能够在一次检测中识别28种HPV基因型（包括18种高风险型和10种低风险型）以及13种其他性传播感染病原体，该方法专为Illumina测序平台优化设计。该检测方法在整个扩增过程中采用条形码技术，每个样本都包含内部质量控制，总检测时间约为24小时，因此既适用于研究也适用于资源有限地区的大规模筛查[15]。
在本研究中，我们使用CHS NGS检测方法分析了来自印度一个社区筛查队列的宫颈脱落细胞样本，旨在进行全面的HPV基因分型、共感染分析，并将其与临床验证过的Roche Cobas 4800检测方法进行对比，以评估该方法的性能。此外，我们还研究了HPV/性传播感染谱型与细胞学异常之间的关系，以了解在社区样本中发现的多种HPV亚型之间的关联，从而改进筛查策略。
伦理批准与知情同意
本研究遵循伦理标准，并符合《赫尔辛基宣言》（2008年）的原则。研究获得了Thoothukudi政府医学院和医院伦理审查委员会（IRB-TG MED/RO/CXSC/002/14052019, IEC-NI/19DEC/72/112）的批准。在收集样本和分析数据之前，已从每位参与者处获得了书面同意。
研究队列与样本特征
共收集了96份宫颈样本，这些样本通过社区筛查程序获得，并使用临床验证的Cobas检测方法进行了HPV基因分型及性传播感染检测。所有样本均符合预定义的DNA数量、质量和测序性能标准。参与者的年龄范围为30至59岁，符合世界卫生组织（WHO）推荐的宫颈癌筛查年龄范围。所有样本均接受了细胞学检查。
讨论
这项来自印度南部的社区研究评估了下一代测序技术在扩展HPV基因分型和同时检测性传播感染方面的应用。研究结果证明了将细胞学检测与分子生物学分析相结合的价值。与临床验证平台的高符合率（95.8%）表明了该检测方法的可靠性和有效性。值得注意的是，这是印度首个在无症状女性中同时检测到28种HPV基因型和13种性传播感染的基于NGS的研究。
结论
我们的研究结果表明，基于NGS的HPV和性传播感染检测方法具有较高的灵敏度和高通量特性，适用于宫颈癌的预防。总体而言，该检测方法能够在社区筛查环境中全面识别HPV基因型和性传播感染，揭示了无论是细胞学结果正常还是异常的样本中HPV感染的多样性。研究结果强调了整合HPV和性传播感染检测的可行性和附加价值，进一步突显了这种综合检测方法的实用性。
作者贡献声明
V.R. 负责项目的构思和监督；Y.M.、V.M. 和 S.R. 执行实验；Y.M. 和 V.R. 分析数据；Y.M. 和 V.M. 编写了初稿；V.R. 审阅并修订了最终稿件；所有作者均参与了稿件的审阅。
资金支持
本研究未获得外部资金支持。
数据获取
支持本研究结果的数据可向通讯作者索取。
伦理委员会批准
本研究遵循了《赫尔辛基宣言》（2008年）中的伦理原则，并获得了癌症研究所（WIA）伦理委员会的批准（批准编号：IEC 2024年4月4日；批准日期：2024年4月16日）。
