《Poultry Science》：Integrated Lipidomic and Transcriptomic Analysis of Intramuscular Fat Deposition in Yellow-Feathered Broilers
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本研究针对黄羽肉鸡肌内脂肪（IMF）沉积机制不清的问题，通过整合脂质组学与转录组学分析，系统揭示了高/低IMF组间94种差异脂质（DELs）和423个差异表达基因（DEGs）的调控网络。研究发现IMF沉积与甘油三酯（TGs）、磷脂酰胆碱（PCs）等膜结构脂质重塑密切相关，并鉴定出PLIN1、SCD、APOB等关键基因为脂代谢核心调控枢纽。该研究为通过分子育种提升鸡肉品质提供了理论依据和数据支撑。
随着消费者对高品质禽肉需求的日益增长，黄羽肉鸡因其独特风味和细腻口感成为中国禽业市场的重要品种。然而，过去育种策略过度追求生长速度和产肉率，导致肉品质性状如风味、多汁性等被忽视。肌内脂肪（Intramuscular Fat, IMF）作为决定肉类嫩度、风味和多汁性的关键指标，其沉积机制尚不明确，成为制约品质育种突破的瓶颈。
为系统解析IMF沉积的分子基础，南京农业大学研究团队在《Poultry Science》发表论文，通过对214只黄羽肉鸡胸肌样本进行筛选，最终选取IMF含量最高和最低的各10个样本，开展脂质组学（LC-MS）和转录组学（RNA-seq）整合分析。研究发现高IMF组呈现富含不饱和脂质的特征，差异表达脂质（DELs）中甘油三酯（TGs）占比最高（20.2%），且多不饱和脂肪酸（含≥2个双键）显著富集。转录组分析显示差异表达基因（DEGs）显著富集于质膜、细胞外周、类固醇激素合成等通路。通过多组学关联分析，首次构建了以PLIN1（脂滴包被蛋白）、SCD（硬脂酰辅酶A去饱和酶）和APOB（载脂蛋白B）为核心枢纽的基因-脂质调控网络，揭示IMF沉积与膜脂重塑、脂滴稳定的协同调控机制。
本研究关键技术方法包括：基于214只黄羽肉鸡胸肌样本的IMF表型测定（索氏提取法）；通过Z值过滤构建高/低IMF极端分组（各10例）；LC-MS非靶向脂质组学分析（MTBE法提取，Q-Exactive Plus质谱检测）；RNA-seq转录组分析（Illumina NovaSeq 6000平台）；LION/web脂质本体富集分析；RT-qPCR验证9个脂代谢基因；皮尔逊相关性整合基因-脂质网络。
IMF含量与分组策略
通过测定214个样本的IMF含量（干物质基础均值2.91%），剔除异常值后选取IMF最高/最低各10例构建高脂（HF）和低脂（LF）组，两组IMF含量差异极显著（P< 0.0001），为后续组学分析提供可靠表型基础。
脂质组谱揭示HF组不饱和脂质富集特征
OPLS-DA模型显示HF/LF组脂质谱明显分离（R2=0.63，Q2=0.51）。共鉴定94个DELs（83个在HF组上调），以TGs（20.2%）、磷脂酰乙醇胺（PEs，15.3%）和磷脂酰胆碱（PCs，12.1%）为主。LION分析表明HF组显著富集膜组分、多不饱和脂肪酸（≥2双键）等特征，如TG(16:1_20:5)+HCOO、PC(44:12)+H等高度不饱和脂质上调。
转录组分析凸显膜结构与代谢通路调控
RNA-seq识别423个DEGs（312个上调），GO富集显示细胞外周、质膜等功能突出，KEGG通路富集于类固醇激素合成、视黄醇代谢等。RT-qPCR验证PLIN1、SCD、APOB等9个脂代谢基因表达趋势与测序结果一致。
多组学整合构建基因-脂质调控网络
皮尔逊相关性分析发现PLIN1、SCD、APOB与多不饱和TGs/PCs显著正相关（|r|>0.5）。功能术语比对显示转录组（质膜、类固醇合成）与脂质组（膜组分、视黄醇代谢）术语高度重叠，提示协同调控机制。
研究结论表明，黄羽肉鸡高IMF表型与不饱和脂质沉积和膜结构重塑密切相关，SCD-PLIN1-APOB轴通过调控脂肪酸去饱和、脂滴稳定及脂质转运，促进多不饱和TGs和磷脂积累。该工作首次在黄羽肉鸡中建立脂质-基因跨组学关联框架，为品质育种提供新型分子标记（如PC(44:12)+H等脂质指标），同时提示通过膳食多不脂肪酸或视黄醇干预调控IMF的潜在策略。未来需通过功能实验（如基因敲低）验证关键节点因果关系，并拓展至发育动态及多组织研究。
