《Breast Cancer: Targets and Therapy》：Identification of circRNA/lncRNA-miRNA-Transcription Factor-mRNA Networks to Identify Potential Biomarkers in Response to Neoadjuvant Therapy for Breast Cancer
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本研究通过核糖体RNA去除的RNA测序技术，鉴定出乳腺癌新辅助治疗（NAT）应答相关的差异表达非编码RNA与mRNA，并构建了以HOXC11、NKX2-2和PRAME为核心的ceRNA调控网络。研究发现circRNA_31003/MIAT-miR-143-5p-PRAME-RAD54L等轴路可能成为NAT疗效预测的新型生物标志物，为乳腺癌个体化治疗提供了新视角。
引言
乳腺癌（BC）是全球女性最常见的恶性肿瘤，根据雌激素受体（ER）、孕激素受体（PR）和人表皮生长因子受体2（HER2）表达可分为不同亚型。新辅助治疗（NAT）作为局部晚期乳腺癌的标准治疗方案，能够实现肿瘤降期并提高保乳手术机会。非编码RNA（ncRNA）包括长链非编码RNA（lncRNA）、环状RNA（circRNA）和微RNA（miRNA）在癌症进展中起关键作用，但其通过竞争性内源RNA（ceRNA）网络调控NAT应答的机制尚不明确。
材料与方法
研究收集18对乳腺癌患者的癌组织与癌旁正常组织，以及3例接受NAT治疗患者的术后肿瘤样本。通过rRNA去除的RNA测序（RNA-seq）技术筛选差异表达的lncRNA（DElncRNA）、circRNA（DEcircRNA）、mRNA（DEmRNA）和转录因子（DE-TF）。利用miRanda数据库预测RNA间相互作用，通过Cistrome数据库分析转录因子结合位点，并采用RT-qPCR验证关键分子表达。
结果
- 1.
非编码RNA差异表达谱
在癌组织与正常组织比较中，发现262个DElncRNA（134下调/128上调）和5166个DEcircRNA（1384上调/3782下调）。经维恩图分析，最终鉴定出25个DElncRNA和2693个DEcircRNA在NAT治疗后表达发生逆转。其中6个lncRNA（ADAMTS9-AS2、MIAT等）和8个circRNA（circRNA_31003、circRNA_42276等）与39个miRNA形成交互网络。
- 2.
转录因子调控网络分析
从936个DEmRNA中筛选出58个DE-TF，其中HOXC11、NKX2-2和PRAME表达在癌组织中显著上调且与不良预后相关。ChIP-seq数据显示HOXC11可结合CCL5、HBA2等基因启动子区；NKX2-2靶向NEK2、KIF20A等细胞周期相关基因；PRAME则调控RAD54L、PGM2L1等DNA修复基因。
- 3.
ceRNA网络构建
通过整合分析构建了三个核心调控网络：
- •
circRNA_42276/MIAT-miR-1225-3p-HOXC11-CCL5轴
- •
circRNA_31003-miR-661-NKX2-2-NEK2轴
- •
circRNA_31003/MIAT-miR-143-5p-PRAME-RAD54L轴
RT-qPCR验证显示这些轴路关键分子在NAT治疗后表达发生显著逆转，如miR-143-5p在治疗后表达上升4.3倍（p<0.001），而PRAME下降至治疗前水平的32%。
讨论
本研究首次系统揭示了circRNA/lncRNA通过ceRNA机制调控转录因子网络影响NAT应答的分子途径。其中MIAT和circRNA_31003作为核心节点，可能通过吸附miR-143-5p等miRNA解除对PRAME等致癌因子的抑制，进而激活下游RAD54L介导的DNA修复通路。值得注意的是，NKX2-2靶向的NEK2作为有丝分裂调控因子，其表达下调可能与NAT诱导的细胞周期阻滞密切相关。
结论
研究构建的ceRNA网络为乳腺癌NAT疗效预测提供了新型生物标志物体系，circRNA_31003/MIAT-PRAME轴等关键通路可能成为联合治疗的潜在靶点。后续需通过大样本队列验证这些分子的临床价值，并利用基因编辑技术深入解析其功能机制。
局限性与展望
当前研究的样本量较小，且ceRNA相互作用尚未经实验完全证实。未来需通过荧光素酶报告基因等技术验证miRNA与靶基因结合关系，并在多中心队列中评估这些生物标志物的预测效能。
