对埃肯菌属（Eikenella）的比较和系统基因组学分析表明，埃肯菌腐蚀种（Eikenella corrodens）KCOM 3110株应重新分类为一个新的物种，并且该菌株携带一种独特的CE1类碳水化合物活性酶家族

《Molecular Genetics and Genomics》：Comparative and phylogenomic analysis of Eikenella genus suggest taxonomic reclassification of Eikenella corrodens strain KCOM 3110 as novel species and reveals unique CE1 carbohydrate-active enzyme family

本研究通过比较基因组学对63株Eikenella属细菌进行系统发育分析，发现KCOM 3110菌株因携带抗生素抗性、金属耐受性等独特基因，其16S rRNA和全基因组数据均显示与E. corrodens属群亲缘关系较远，应归为新物种，为细菌分类学提供新方法。

　　

摘要

Eikenella属包含一些具有临床重要性的机会性病原体，这些病原体常与心内膜炎、牙周炎、伤口脓肿和呼吸道感染等病症相关；然而，其分类学特征、遗传多样性及其进化关系仍不甚明了。本研究旨在通过全面的比较分析和系统基因组学研究，阐明该属内的基因组多样性和分类边界。我们对63个Eikenella基因组进行了基因组比较，其中包括35个高质量基因组草图和5个完整基因组，以了解它们的系统发育关系并识别潜在的分类错误。值得注意的是，Eikenella corrodens菌株KCOM 3110拥有最大的基因组（2.46 Mb）、最多的编码序列（CDSs）（2,877个），并且在所有完整的Eikenella菌株中携带了611个独特基因。基于16S rRNA和全基因组数据的系统发育树显示，KCOM 3110并未与Eikenella corrodens组聚类，而是更接近Eikenella halliae。KCOM 3110与Eikenella corrodens的平均核苷酸同一性（约93%）和数字DNA-DNA杂交率（约51.7%）均低于物种水平的阈值。重要的是，它具有抗微生物耐药性、金属耐受性、噬菌体功能相关的独特基因，以及独特的CE1 CAZyme谱型，这些特征进一步证明了其新物种的地位。总体而言，这些发现表明Eikenella corrodens菌株KCOM 3110属于Eikenella属中的一个新物种。本研究凸显了基于基因组的方法在解决细菌分类问题中的强大作用，为了解Eikenella的进化和功能多样性提供了新的见解，并为未来关于这一新物种的生态作用、致病潜力及临床意义的研究奠定了基础。