基于线粒体DNA D环全序列的印度尼西亚稀有无尾鸡系统发育与母系起源研究

《British Poultry Science》：Phylogenetic perspectives of rare Tukong rumpless chickens in Indonesia based on complete mitochondrial DNA D-loop sequences

本文通过测序分析印度尼西亚本土鸡（包括稀有无尾Tukong鸡）的线粒体DNA D环全序列，揭示了其高遗传多样性（Hd=0.700–0.933，26个单倍型）和以单倍群D1为主的母系起源。研究证实种群间存在中度但显著的遗传分化（FST=0.284，p<0.001），并发现Merawang与Nunukan鸡分别归属单倍群A和B，提示历史上存在通过贸易或迁徙引入的外来母系基因流。该研究为本土鸡种资源保护与可持续利用提供了关键分子依据。

　　

研究背景

印度尼西亚拥有丰富的本土鸡种资源，其中Tukong鸡作为西加里曼丹地区的稀有无尾品种，其遗传背景和系统发育关系尚不明确。本土鸡种在传统农业生态系统中扮演重要角色，其遗传多样性保护关乎生物多样性与粮食安全（对应联合国可持续发展目标SDG指标2.5.1）。线粒体DNA（mtDNA）D环区域因其高突变率，成为研究母系遗传历史和种群遗传结构的有效标记。此前对Tukong鸡的研究多集中于形态学表征，缺乏分子水平的系统分析。

材料与方法

研究采集了8个鸡种群（包括Tukong、Kampung、Merawang、Nunukan等）的52份样本，通过设计特异性引物扩增1231 bp的mtDNA D环区域，经Sanger测序获得完整序列。利用MEGA 11软件进行遗传距离分析（Kimura 2-parameter模型），通过DnaSP计算单倍型多样性（Hd）和核苷酸多样性（π），并使用IQ-TREE 3构建最大似然系统发育树（Tamura-Nei模型，UFBoot支持率1000次重复）。分子方差分析（AMOVA）通过RStudio的"poppr"包完成。

结果分析

序列分析共鉴定出29个多态位点，定义26个单倍型。所有种群均显示高单倍型多样性（Hd=0.700–0.933），其中Kampung Java（KJV）种群多样性最高（π=0.00677）。AMOVA表明71.55%的遗传变异存在于种群内部，种群间分化显著（F_ST=0.284，p<0.001）。系统发育分析显示，Tukong鸡与大多数印度尼西亚本土鸡均归属于单倍群D1，与东南亚驯化鸡共享母系起源。两个个体（KUB2和TK2）形成独立分支（D2亚群），提示独特突变事件。Merawang鸡（单倍群A）和Nunukan鸡（单倍群B）则分别与中国、日本鸡种聚类，反映历史基因交流。遗传距离显示Tukong与加里曼丹Kampung鸡（KKM）亲缘最近（0.00144），与Nunukan鸡（NNK）分化最大（0.00749）。

讨论与意义

单倍群D1的优势分布支持Tukong鸡源于印度尼西亚本土驯化的假说，而单倍群A/B的存在印证了历史上通过贸易、移民带来的基因渗透（如中国移民在殖民时期引入的鸡种）。高单倍型多样性表明这些种群未经历高强度选育，保留了丰富的遗传背景。研究结果强调了在散养模式下品种间基因交流的风险，建议通过系统选育计划维持品种特异性。该研究为印度尼西亚农业部制定本土畜禽资源分类与保护政策提供了关键分子证据，对实现可持续育种和适应环境变化具有重要意义。

结论

Tukong鸡作为印度尼西亚原生品种，具有典型的东南亚母系遗传特征。种群的高遗传多样性为其抗逆性和生产性能改良提供了潜力，但需通过科学管理避免遗传稀释。未来应结合核基因组数据进一步揭示其全面进化历史。