《The Plant Genome》：Do maize chromosomes contribute to genetic variance in proportion to their size in elite populations?
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本研究通过分析八个玉米测交群体，首次在优良种质中系统评估了各染色体对数量性状遗传方差（VG）的贡献是否与染色体长度成比例。结果表明约80%的群体-性状组合支持数量性状基因座（QTL）在基因组均匀分布的经典模型，但1-2条染色体常因等位基因间的耦合连锁（coupling linkage）或相斥连锁（repulsion linkage）出现异常贡献。这一发现揭示了玉米育种中应聚焦于优化等位基因组合而非寻找大效应QTL热点染色体，为基因组预测和定向重组策略提供了新视角。
研究背景
在数量遗传学的建模与模拟研究中，通常假设数量性状基因座（QTL）在基因组中均匀分布，即每条染色体对遗传方差（VG）的贡献与其物理长度或连锁图谱长度成正比。然而，在玉米等作物的优良种质中，这一假设缺乏系统的实验验证。先前研究表明，特定染色体在特定自交系中可能对开花期、株高等性状表现出异常大的效应，但这些研究主要关注染色体对群体均值的贡献，而非遗传方差。明确染色体水平遗传方差的分布模式，对于优化基因分型策略、改进基因组预测模型以及开发定向重组育种技术具有重要意义。
材料与方法
研究利用AgReliant Genetics育种项目的四个玉米双亲本杂交群体（A/B、C/B、C/D、E/F），每个群体包含130-242个双单倍体（DH）系，分别与两个测交种（T1-T4）杂交形成八个测交群体。在高达18个环境条件下评估了籽粒产量、籽粒含水量、容重、株高和穗位高等性状。采用3072个单核苷酸多态性（SNP）标记，经过质量控制后保留354-754个有效标记，并构建各群体的连锁图谱。通过ridge回归-最佳线性无偏预测（RR-BLUP）估计标记效应，并推导出扩展的遗传方差计算公式（公式1），该公式适用于任意近交水平群体，可分解为位点内方差（VG(W)）和位点间协方差（2Cov）两个组分。统计分析采用线性回归检验观测VG与预期VG（基于染色体长度比例计算）的回归斜率是否偏离1，并对非异常群体-性状组合进行残差异常值检测。
研究结果
斜率分析显示，80%的群体-性状组合（35个中的29个）其回归斜率与1无显著差异，支持QTL均匀分布假说。然而，在斜率不显著的组合中，约80%存在1-2条染色体贡献异常：30个案例（88%）为正向异常（贡献高于预期），4个案例（12%）为负向异常。例如，在A/B(T2)群体中，染色体4对籽粒含水量、容重和株高的贡献分别达预期的381%、304%和235%，而染色体6对相同性状的贡献也超出预期257%-336%。这些异常主要源于连锁相：高贡献染色体通常显示较低的VG(W)占比（10%-30%）和较高的亲本染色体值差异（如染色体4在A/B(T2)中亲本值差达6.28 g kg?1），表明耦合连锁主导；反之，低贡献染色体（如E/F(T1)群体的染色体8对穗位高贡献为预期的22%）则呈现高VG(W)占比（80%）和低亲本值差（0.56 cm），反映相斥连锁作用。
讨论与启示
研究证实，在玉米优良群体中，染色体对VG的贡献整体符合尺寸比例原则，但局部异常普遍存在。这些异常并非由大效应QTL驱动（RR-BLUP效应值未发现显著峰值），而是源于等位基因的特定排列方式。耦合连锁通过正协方差放大方差，相斥连锁则导致"隐藏遗传方差"。这一发现对育种实践具有明确指导意义：由于遗传增益主要取决于等位基因的有利组合而非单个染色体的QTL密度，现代玉米育种应侧重于通过染色体代换系或定向重组技术创制或保留优良单倍型，而非单纯追踪所谓"热点染色体"。未来研究可探索将染色体水平方差信息整合到亲本选配模拟中，以提升基因组预测的精准度。
