《Aquaculture Reports》：Genetic polymorphism and transcriptomic analysis reveal
LncRunt as a biomarker for growth and low-temperature resistance in the pearl oyster
Pinctada fucata martensii
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为破解低温导致贝类生长停滞、死亡率升高的产业瓶颈，作者团队聚焦长链非编码RNA LncRunt，系统开展InDel分型、低温胁迫转录组及RNAi功能验证，首次发现InDel-16位点ATATATAT型显著促生长，而CC缺失型富集于耐寒选育系，揭示LncRunt通过PI3K-AKT-mTOR轴协同调控钙化与自噬，为分子育种提供双性状联合选育标记。
南海北部冬季突如其来的寒潮常让珍珠养殖场“一夜回到解放前”：水温跌破18 ℃，马氏珠母贝（Pinctada fucata martensii）摄食骤停，壳长停滞，死亡率飙升，珍珠产量随之“跳水”。传统选育靠表型“海选”，周期长、效率低，难以兼顾生长速度与低温耐受这一对看似“鱼和熊掌”的性状。随着全球极端气候频发，产业急需能同时“长得快”又“熬得过”的新品种，而破解调控这两项性状的基因密码成为破局关键。
为回答“是否存在一箭双雕的分子标记”，Guangdong Ocean University的Minxin Liang、Jinping Xie等研究者把聚光灯打在一条长链非编码RNA——LncRunt上。前期GWAS曾暗示该基因与生长关联，但其是否参与低温适应、能否用于双性状育种仍是空白。团队历时五年，从848份核心群体到RF4、RF5耐寒选育系，再到17 ℃冷胁迫实验与RNAi干扰，层层递进，最终证实LncRunt的InDel-16和CC缺失变异分别是“速生”和“耐寒”的分子开关，论文发表于《Aquaculture Reports》。
关键技术方法：利用已重测序的848尾HX、Y系群体做InDel关联分析；设计等位特异PCR对5个群体150尾个体分型；17 ℃低温时序取样结合qRT-PCR监测表达；合成dsRNA-RFP/dsRNA-LncRunt对基围贝进行RNAi；Illumina NovaSeq 6000对套膜组织转录组测序，DESeq2筛选差异基因（DEG）。
研究结果
3.1 LncRunt InDel位点与生长性状关联
50个外显子InDel中21个与壳长、壳高、总重等显著相关，GLM模型锁定InDel-16效应最稳。
3.2 InDel-16 ATATATAT型促生长
该型个体壳长、壳宽、壳高、总重、壳干重分别比AA型提高8.17%、3.25%、7.26%、11.80%和9.64%，RNAfold预测其形成9-nt凸起环，ΔG最低，可能增强蛋白结合。
3.3 等位基因分布
A、B、C三型中，CC型（片段缺失）在RF4、RF5耐寒系占比>90%，而在HX、Y及野生群体罕见，提示正选择。
3.4 低温表达动态
17 ℃胁迫5 d，LncRunt表达整体下调，峰值出现在6 h与3 d，显示冷响波动。
3.5 转录组质量
LncRunt敲低后882个DEG，Q20>97%，比对率>70%，数据可靠。
3.6 KEGG/GO富集
DEG显著富集于PI3K-AKT-mTOR、AMPK、自噬、TNF等通路，以及“肽酶抑制剂”“碳酸酐酶”等GO。
3.7 LncRunt调控PI3K-AKT-mTOR
敲低后MO25、LKB1、Rheb上调，WNT、COL6a、RTK、V-ATPase等下调，提示轴活性降低。
3.8 钙化与GPCR基因表达
PmRunt、MMP家族、Pif、N23、SOX9、WNT2B等显著下调，OAR亦降低，表明壳基质蛋白合成受抑。
3.9 qRT-PCR验证
COX15、CA6下调，CEBPG、WNT2B、EGR1a上调，与RNA-seq一致。
结论与讨论
研究首次把LncRunt推上“双功能标记”宝座：InDel-16 ATATATAT型通过改变RNA二级结构，增强对PI3K-AKT-mTOR通路的正向调控，促进壳基质蛋白表达，实现速生；CC缺失型则削弱该调控，降低V-ATPase表达，诱导保护性自噬，帮助个体在低温下“节能待机”。这一“促生长—抗逆”平衡模型，为设计兼顾产量与气候韧性的分子育种程序提供了可直接应用的InDel标记，也为其他经济贝类的多性状联合改良提供了范式。
