通过S曲线建模、分子对接和分子动力学模拟揭示苹果(Malus × domestica)中特征香气化合物的相互作用机制

《Bioactive Carbohydrates and Dietary Fibre》:Revealing the interaction mechanisms of characteristic aroma compounds in apples (Malus × domestica) by S-curve modeling, molecular docking, and molecular dynamics simulation

【字体: 时间:2026年01月27日 来源:Bioactive Carbohydrates and Dietary Fibre 3.6

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  本研究通过S-曲线建模、分子对接和分子动力学模拟,揭示苹果香气成分(如β-大马酮、己酸乙酯、月桂烯醇等)与嗅觉受体(OR1A1、OR2W1)的相互作用机制,发现二元或三元体系相较于单一成分具有更强的稳定性和协同效应,为优化苹果风味品质提供理论支撑。

  
宁 马 | 周 建才 | 王 行 | 沈 彬建 | 钱 迈克尔·C. | 肖 左冰
上海交通大学农业与生物学院食品科学与技术系,上海 200240,中国

摘要:

苹果的香气是评估苹果质量的主要感官特征之一。目前,人们对于感知苹果香气的机制尚不清楚。在这项研究中,通过S曲线建模、分子对接和分子动力学模拟(MDS)技术探讨了香气化合物与嗅觉受体之间的相互作用。己酸乙酯与β-丹莎酮(D=0.46)、己酸乙酯与苯乙醇(D=0.15)、芳樟醇与反-2-己烯醛(D=0.30)等化合物之间存在协同效应。分子对接结果显示,这些化合物与嗅觉受体(OR1A1和OR2W1)结合时的稳定性和亲和力发生了显著变化。此外,分子动力学模拟(MDS)分析表明,在添加β-丹莎酮后,OR2W1与己酸乙酯之间的氢键结合位点从ASN155变为TRP149和ASN65。同时,系统的疏水相互作用增强,这对形成β-丹莎酮-己酸乙酯-OR2W1的稳定三元体系起到了不可或缺的作用。结合自由能从-36.69 kcal/mol(己酸乙酯-OR2W1)降低到-37.7 kcal/mol(β-丹莎酮-己酸乙酯-OR2W1),表明新的三元体系具有更好的稳定性。这些结果为改善苹果风味及其产品提供了理论基础和技术指导。

引言

香气是各种水果和饮料产品的重要品质属性,决定了其感官质量。可以通过GC-MS等仪器分析方法鉴定香气化合物,从而区分不同类型的水果。(Ma等人,2024;Yang等人,2021)作为最受欢迎的水果之一,苹果因其独特的香气特性而受到广泛关注。已有许多研究致力于苹果香气的分析(Yan等人,2020;Zhu等人,2020;Li等人,2023)。然而,香气不仅仅是单个香气化合物的总和,而是多种成分复杂相互作用的结果。苹果的整体香气特征由数百种香气化合物通过协同或掩盖效应共同构成(Niu等人,2019)。因此,研究苹果中香气化合物之间的感知相互作用对于理解苹果香气的形成机制和优化香气质量至关重要。
S曲线建模方法常用于香气研究,可以模拟苹果香气并揭示其相互作用机制。该方法已应用于研究葡萄酒(Tempere, Cuzange, & Revel, 2016;Lytra等人,2013)、水果(Niu等人,2021)和白酒(Ma等人,2020;Zhang等人,2020)中的香气化合物相互作用。Tempere等人(2016)使用S曲线方法分析了乙基酚在超阈值和亚阈值浓度下对葡萄酒果香的影响,结果表明即使在亚阈值浓度下,乙基酚也会对果香产生掩盖作用。Ma等人(2020)通过S曲线方法发现了酱油型白酒中含硫化合物与酯类之间的协同关系,发现二甲基二硫化物对酯类具有掩盖作用,而2-甲基-3-呋喃硫醇对酯类具有协同效应。然而,S曲线和其他感官分析方法容易受到评估者嗅觉敏感度和生理状态等因素的影响,且未能从香气形成机制的角度解释特征香气的形成规律。因此,在嗅觉受体(ORs)层面检测和分析特征香气的形成机制尤为重要。
人类的嗅觉系统使我们能够识别各种不同的气味分子(Billesbolle等人,2023)。嗅觉系统识别和区分大量挥发性香气分子的能力源于嗅觉受体(ORs)与气味分子在嗅觉神经元纤毛上的相互作用(Buck & Richard,1991),使人类能够检测、区分、分类并定性和定量评估多种不同的气味(Xiao等人,2024)。嗅觉过程中一个关键步骤是嗅觉受体(ORs)与香气化合物的结合。ORs是由哺乳动物嗅觉细胞表达的蛋白质,属于G蛋白偶联受体(GPCR)超家族。据报道,大约有400种气味G蛋白偶联受体能够识别数千种芳香化合物(Buck & Richard,1991;Chaput等人,2012;Zhao,1998)。这些嗅觉受体的存在为揭示不同芳香化合物之间的相互作用提供了基础。
随着人们对风味化合物与嗅觉受体之间相互作用的关注,分子对接技术已成为食品风味研究中的重要方法(Sun等人,2024)。分子对接被认为是一种潜在的工具,可以在原子层面识别动态分子信息,通过计算机程序模拟分子间的结合过程,从而更直观地展示分子与ORs之间的相互作用(Mohammadzadeh-Aghdash, Akbari, Esazadeh, & Dolatabadi,2019)。Zhu等人(2024)使用分子对接技术研究了香叶醇、(S)-(-)-呋喃醇、苯并噻唑、2-乙基-3,6-二甲基吡嗪和香豆素与OR1G1、OR1W2、OR52D1、OR5M3和OR5K1广谱嗅觉受体之间的相互作用,并确定了ORs的活性区域和活性位点。Smati等人(2024)利用统计物理建模(Kelvin方程和Polayni方程)和分子对接方法研究了sotolone和abhexone对人类嗅觉受体OR8D1的感知过程,发现了sotolone和abhexone分子的吸附能量分布,并确认了OR8D1的氨基酸残基与这两种气味分子之间的相互作用性质。Mei等人(2023)发现十五烷醛和甲基水杨酸酯分别通过激活嗅觉受体OR5M3和OR1G1产生咖啡叶的清新花香。Jia等人(2025)对41种桂花提取物化合物与10种花香相关嗅觉受体进行了分子对接,通过热图筛选发现了OR1C1和OR5AC2中的两个关键结合位点(PHE-251和TYR-261)。Chen等人(2025)利用分子对接和动力学模拟研究了13种茉莉茶挥发物与OR1A1/OR1D2的结合,发现范德华力是主要作用力,同时疏水接触也对香气识别至关重要。
作为一种静态分析方法,分子对接已被有效应用于研究受体和香气物质。然而,该方法只能提供特定构象下受体和配体的结合模式和能量信息,无法反映配体与受体结合过程中的构象变化和能量变化。
相比之下,分子动力学(MD)模拟是一种强大的方法,可用于模拟蛋白质构象动态、研究长时间尺度和更复杂的现象,可用于评估GPCR生物系统中受体的激活、识别和去离子化过程(Salmaso & Jacobson,2020)。目前,许多研究应用MD模拟来优化OR模型构建。例如,Billes?lle等人(2023)研究了气味化合物如何与人类气味受体结合,确定了与丙酸结合的人类活性气味受体OR51E2的结构,并通过分子动力学模拟证明了丙酸诱导的细胞外环3的构象变化能够激活OR51E2。Wang等人(2020)通过分子动力学模拟和分子力学Poisson-Boltzmann表面积分析证实,(S)-sotolone与OR8D1的结合比(R)-sotolone更稳定。Zhu等人(2025)利用分子动力学模拟证明,(+)-(1R,2S)-甲基表茉酮显著稳定了OR52D1-β-离子酮复合物,使系统能量从-53.58 kcal/mol降低到-58.48 kcal/mol,比二元体系更快地实现了稳定。Liu等人(2025)使用分子动力学研究了18种高气味活性化合物与热变性肌球蛋白(HDM)的结合,发现具有更强结合亲和力(相互作用能量:-15.8至-28.26 kJ/mol)的气味化合物具有较低的释放率(11-25%),其中疏水相互作用是主要结合力。
MDS具有动态性、准确性、可预测性和适用性的优势,能够更强大、更准确地计算生物分子之间的相互作用并理解反应机制,从而为生化研究提供更深入和准确的见解。
目前,大多数研究集中在单个香气化合物与ORs之间的相互作用上。然而,食物的香气特征往往是由多种香气化合物共同作用形成的。因此,仅通过研究单一香气化合物与受体的相互作用来阐明苹果特征香气的形成规律是具有挑战性的,有必要加强二元或多组分香气化合物与ORs之间相互作用的研究。
因此,鉴于苹果香气感知机制尚不明确,本研究的目的是探索苹果中香气活性化合物与其与ORs之间的相互作用,揭示受体在分子层面的结合机制。(i) 基于S曲线方法和分子对接技术,研究了香气活性化合物的相互作用,并讨论了苹果中香气化合物的香气强度值和分子对接结合能量的变化;(ii) 使用MD验证了二元化合物与受体之间的相互作用。通过研究苹果香气化合物之间的相互作用,揭示了苹果香气的形成机制。上述研究可以更好地指导苹果生产,促进苹果产业的健康发展。

部分摘录

化学物质

2-甲基-1-丁醇(99%)、2-甲基丁基乙酸酯(99%)、β-丹莎酮(97%)、反-2-己烯醛(97%)、丁酸(99%)和D-柠檬烯(≥99%)购自中国上海的Sigma-Aldrich公司。己酸乙酯(99%)、1-己醇(≥99%)、1-己醛(98%)、芳樟醇(96%)、苯乙醇(≥99.5%)、γ-癸内酯(≥98%)、5-甲基呋喃(≥98%)和呋喃醇(99%)购自Adamas-beta(上海)有限公司。实验中使用的去离子水来自Milli-Q

关于苹果香气活性化合物相互作用的研究

使用S曲线方法研究了不同香气化合物之间的协同效应。不同香气化合物之间的感知相互作用可直接从表1和图1中观察到。己酸乙酯与γ-癸内酯以及1-己醇与苯乙醇的D值分别为2.3和1.9,表明这两种组合之间存在相互掩盖作用。这可能是由于香气化合物的挥发性和挥发性降低所致。

结论

总结来说,基于S曲线方法、分子对接技术和MDS技术研究了香气化合物与受体之间的相互作用。通过S曲线方法分析了8组化合物之间的感知相互作用。其中4组表现出协同效应,1组表现出加成效应,3组表现出掩盖效应。8种单一化合物和8种二元混合物与ORs(OR2W1)之间的结合能量、结合位点和作用类型

CRediT作者贡献声明

宁 马:撰写——原始草稿,数据整理。钱 迈克尔·C.:撰写——审稿与编辑。肖 左冰:撰写——审稿与编辑。周 建才:方法学研究。王 行:实验研究。沈 彬建:方法学研究,数据整理

未引用的参考文献

Buck和Richard,1999;Ma等人,2020;Ma等人,2024;Niu等人,2020。

知情同意

所有参与研究的个体均签署了知情同意书,包括感官实验。

伦理批准

所有感官评估程序均符合相关法律法规和机构指南。实验样品符合国家食品安全标准,对人体健康无害。感官评估已获得上海交通大学人类伦理委员会的批准。

数据可用性

数据可应要求提供。

利益冲突声明

作者声明他们没有已知的财务利益或个人关系可能影响本文的研究结果。

致谢

本研究得到了国家自然科学基金区域创新与发展联合基金(项目编号U24A20474)、国家自然科学基金重点项目(项目编号32330080)以及河南省重点研发项目(项目编号241111111100)的资助。
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