《Applied and Environmental Microbiology》：Phylogeographic clustering of Salmonella enterica serovar Mississippi in the southeastern United States indicates regional transmission pathways
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本研究通过分析美国东南部10个州公共卫生实验室提供的临床分离株基因组数据，首次在县级尺度上揭示了沙门氏菌密西西比血清型（Salmonella Mississippi）的系统地理分布规律。研究采用多位点方法（包括系统发育、空间自相关（Moran’s I）和线性回归分析），证实该血清型在东南部存在显著的空间聚类现象，且基因组距离（核心SNP差异）与地理距离呈正相关。这些发现为理解其区域性传播机制、潜在动物宿主及环境储库提供了重要线索，对制定针对性防控策略具有指导意义。
沙门氏菌密西西比血清型（Salmonella enterica serovar Mississippi）是美国常见的临床沙门氏菌血清型之一，尤其在东南部地区呈现明显的地理聚集性。本研究基于美国东南部10个州公共卫生实验室（SPHLs）提供的临床分离株全基因组序列（WGS）数据，结合系统发育、空间分析和回归模型，系统阐述了该血清型在县级尺度上的分布特征及其传播规律。
系统发育分析揭示五个主要分支
研究共纳入2,797株临床分离株及56株参考基因组，通过核心单核苷酸多态性（SNP）分析构建系统发育树，将沙门氏菌密西西比血清型划分为五个主要分支：Ai、Aii、Bi、Bii和C。其中，99%的临床分离株属于分支Ai，且与既往研究结果一致，分支Ai可进一步划分为7个亚分支（Ai1–Ai7）。各亚分支的遗传多样性存在差异，例如亚分支Ai7的平均SNP差异最大（310个），而Ai4最小（53个）。值得注意的是，分支C为本次研究新发现，仅包含3株来自弗吉尼亚州的分离株。
县级空间分布呈现明显聚类
通过绘制县级发病率风险（IR）地图，研究发现分支Ai的分离株在东南部形成两个主要聚集区：一个沿密西西比河分布，从田纳西州西部延伸至路易斯安那州东南部；另一个位于东海岸各州，从弗吉尼亚州与北卡罗来纳州交界处延伸至佐治亚州。各亚分支的空间分布具有特异性：Ai1和Ai6主要分布于东海岸各州；Ai3和Ai5则集中于田纳西州西部及密西西比州；Ai2和Ai7的分布较为分散，无明显聚集中心。
空间自相关验证聚类显著性
采用Moran’s I指数进行空间自相关分析，结果显示分支Ai及其多数亚分支（除Ai4外）在县级水平上存在显著的全局空间聚类（P < 0.05）。其中，Ai5（I = 0.499）、Ai6（I = 0.491）和Ai1（I = 0.443）的聚类程度最高，而Ai4因样本量过小（n = 6）未呈现显著聚类。这一结果从统计学角度证实了该血清型的地理分布非随机性，提示存在区域性传播途径或地方性储库。
基因组与地理距离存在弱正相关
通过简单线性回归（SLR）分析基因组距离（核心SNP差异）与地理距离（公里）的关联，发现除Ai4外，所有分支及亚分支均呈现显著正相关（P < 0.01）。例如，分支Ai的回归方程为y = 14.5 + 0.00863x（Pearson’s r = 0.112），表明随着SNP差异的增加，地理距离也相应增大。尽管相关系数较低，但这一趋势支持“距离隔离”效应，即遗传相近的菌株在空间上更为接近。
讨论与展望
本研究通过整合基因组学与空间流行病学方法，揭示了沙门氏菌密西西比血清型在美国东南部的精细化传播格局。其地理聚集性可能与当地环境因素（如水体、野生动物迁徙）或饮食习惯相关，而非广泛分布的食物源。此外，多源性血清型的特性增加了溯源和防控的难度。未来研究需结合环境采样、气候数据及宿主暴露信息，进一步明确传播机制，并为公共卫生部门制定区域化干预策略提供依据。
