从污水处理厂的活性污泥中分离出的蜡样芽孢杆菌NBNT-070的完整基因组序列

《Microbiology Resource Announcements》：Complete genome sequence of Bacillus cereus NBNT-070, isolated from activated sludge of a wastewater treatment facility

本研究完成污水处理厂分离的Bacillus cereus NBNT-070菌株的全基因组测序，揭示其生态适应机制及功能基因特征。

　　

摘要

蜡样芽孢杆菌（Bacillus cereus）是一种广泛分布的革兰氏阳性细菌，具有多种显著特征。本文报道了从污水处理设施的活性污泥中分离出的蜡样芽孢杆菌 NBNT-070菌株的完整基因组序列。这些数据将有助于阐明蜡样芽孢杆菌的生态作用。

公告

蜡样芽孢杆菌是一种大型革兰氏阳性细菌，其特征是能够形成孢子并具有周生鞭毛（1）。它具有很强的生态适应性，能够栖息在多种环境生态位中，并展现出多样的生活策略（2）。作为一种机会性病原体，蜡样芽孢杆菌与食源性疾病有关，同时也在医学和畜牧业中作为益生菌使用（3, 4）。此外，某些菌株还能促进植物生长，并已被证明对多种植物病原体具有生物控制作用（5, 6）。在本研究中，我们报道了从活性污泥中分离出的蜡样芽孢杆菌 NBNT-070菌株的基因组序列。这些数据将揭示蜡样芽孢杆菌的生态功能和适应机制。

背景信息

蜡样芽孢杆菌是一种大型革兰氏阳性细菌，其特征是能够形成孢子并具有周生鞭毛（1）。它具有很强的生态适应性，能够栖息在多种环境生态位中，并展现出多样的生活策略（2）。作为一种机会性病原体，蜡样芽孢杆菌与食源性疾病有关，同时也在医学和畜牧业中作为益生菌使用（3, 4）。此外，某些菌株还能促进植物生长，并已被证明对多种植物病原体具有生物控制作用（5, 6）。在本研究中，我们报道了从活性污泥中分离出的蜡样芽孢杆菌 NBNT-070菌株的基因组序列。这些数据将揭示蜡样芽孢杆菌的生态功能和适应机制。

实验方法

NBNT-070菌株是从中国湖北省武汉市蔡甸区（30.52°N, 114.06°E）的污水处理设施活性污泥中分离得到的。将10克活性污泥放入含有90毫升无菌水和玻璃珠的三角烧瓶中，然后在30°C下以200转/分钟的转速振荡培养30分钟。随后将悬浮液进行系列稀释，并接种到LB琼脂培养基上，30°C下培养24小时。根据LB琼脂培养基上的菌落形态选择NBNT-070菌株，并在30°C下以220转/分钟的转速振荡培养过夜，以制备用于基因组测序的生物量。

基因组测序

使用QIAGEN基因组DNA提取试剂盒（Qiagen，德国）提取NBNT-070菌株的基因组DNA。DNA纯度符合NanoDrop One UV-Vis分光光度计（Thermo Fisher Scientific，美国）的标准要求。随后将DNA分为两部分：一部分用于长读长测序，使用PippinHT系统（Sage Science，美国）提取大小选择的长DNA片段；另一部分用于短读长测序，使用LE220超声波仪（Covaris，美国）随机切割DNA片段，然后使用MGIEasy DNA Clean beads（MGI，中国）选择平均长度为200–400 bp的DNA片段。经过末端修复、3′腺苷酸化、接头连接、PCR扩增和纯化处理后，将制备好的文库在DNBSEQ-T7RS平台（MGI，中国）上采用双端PE150测序技术进行测序。质量控制使用fastp版本4.2.0（7），筛选出低质量的读段，最终获得146,076条高质量读段，平均长度为17,735 bp。另一部分DNA用于短读长测序。

基因组特征

使用ANI计算器（12）分析发现，NBNT-070菌株的基因组与蜡样芽孢杆菌 ATCC 14579菌株（GenBank登录号CP034551.1）的核苷酸同源性为98.62%。NBNT-070被归类为蜡样芽孢杆菌物种的成员。所有生物信息学分析均使用默认参数进行。