《HLA》：Impact of BoLA-DRB3 Polymorphisms on Clonality of Bovine Leukaemia Virus-Infected Cells of Cattle With Lymphoma
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本文综述了牛白血病病毒（BLV）诱导淋巴瘤过程中，宿主主要组织相容性复合体（MHC）基因BoLA-DRB3多态性对病毒整合位点特征及感染细胞克隆扩增模式的调控作用。研究通过BLV前病毒DNA捕获测序技术分析99例淋巴瘤样本，发现耐药性等位基因携带者呈现显著更高的单克隆增殖倾向，揭示了遗传背景通过免疫应答差异影响BLV致病进程的新机制。
引言
牛白血病病毒（BLV）作为地方性牛白血病的病原体，属于逆转录病毒科丁型逆转录病毒属，其感染特征为前病毒基因组整合入宿主染色质引发终身潜伏感染。约70%感染牛表现为无症状携带，30%发展为持续性淋巴细胞增多症（PL），仅1%-5%在长期潜伏期后进展为CD5+B细胞淋巴瘤。BLV基因组包含gag、pol、env等结构基因及pX区域附属基因，两端为含U3-R-U3结构的长末端重复序列（LTR）。病毒通过"感染周期"在宿主基因组产生随机整合位点，每个感染事件形成独特克隆标记；而"有丝分裂周期"中感染细胞克隆经历大规模耗竭与选择性扩增，最终导致肿瘤发生。
BoLA-DRB3多态性与BLV易感性关联
牛白细胞抗原（BoLA）作为牛主要组织相容性复合体（MHC），其II类基因DRB3位点具有高度多态性，目前IPD-MHC数据库已登记387个等位基因。研究表明，BoLA-DRB3多态性与BLV感染相关参数显著相关：BoLA-DRB3 * 015:01和012:01被定义为淋巴瘤易感等位基因，而009:02、014:01:01、010:01和*011:01为抗性等位基因。携带抗性等位基因的个体表现为低前病毒载量（PVL）和淋巴瘤发生率，其机制可能与MHC分子抗原呈递效率差异引发的免疫应答强度有关。
整合位点分析方法与样本特征
研究采用BLV前病毒DNA捕获测序技术（BLV proviral DNA-capture-seq）对99例日本荷斯坦牛淋巴瘤样本进行全基因组整合位点分析。通过PCR序列分型（SBT）鉴定BoLA-DRB3等位基因，将样本分为耐药组（携带至少1个抗性等位基因）、易感组（携带易感等位基因且无抗性等位基因）和中性组。病毒-宿主嵌合读段通过Burrows-Wheeler比对工具映射至牛参考基因组（ARS-UCD1.2/bosTau9），整合位点克隆丰度通过去重后的病毒-宿主读段数量化。
整合位点分布特征
在99个动物中发现的235个整合位点均呈独特分布，未发现重复位点。染色体分布图谱显示BLV前病毒广泛分布于各条染色体，无显著位置偏好性（图2）。基因区域分析显示整合频率在外显子、内含子和基因间区分别为4.3%、46.8%和48.9%，组间比较无统计学差异（图3）。前病毒结构分析显示完整前病毒（76.2%）占比显著高于5'LTR型（22.6%）和3'LTR型（1.3%），且正负链整合方向接近1:1比例，耐药组与易感组间无显著差异（图4-5，表1）。
克隆性分析的关键发现
按整合位点数量将克隆性分为单克隆（1个位点）、寡克隆（2-3个位点）和多克隆（≥4个位点）。全样本中单克隆占比34.3%，耐药组单克隆比例（43.2%）显著高于易感组（19.5%）（p=0.0305），而易感组以寡克隆为主（61.0%）（图6）。这一现象提示耐药个体由于强效免疫应答导致感染克隆大规模耗竭，仅少数幸存克隆获得扩增优势；而易感个体免疫清除效率较低，允许多个克隆共存扩增。
讨论与展望
本研究首次揭示BoLA-DRB3多态性通过调控感染细胞克隆构成影响BLV致病进程，而非改变整合位点基因组特征。耐药个体表现出的单克隆优势可能与MHC-II类分子抗原结合槽特异性相关，如70-71位点精氨酸-赖氨酸（RK）基序与丝氨酸-精氨酸（SR）基序的电荷差异影响抗原呈递效率。后续需拓展BoLA其他区域（如I类基因、DQA/DQB）与克隆进化的关联研究，并结合病程动态监测阐明克隆演化规律。该发现为基于遗传选育的BLV防控策略提供理论依据。
