长鳍光唇鱼染色体水平基因组图谱解析及其对物种保护与分子育种的意义

《Scientific Data》：Chromosome-level genome assembly of the longfin barb (Acrossocheilus longipinnis)

本期推荐长鳍光唇鱼（Acrossocheilus longipinnis）染色体水平基因组研究。为解决这一易危鲤科鱼类的遗传资源缺失问题，研究团队整合PacBio HiFi长读长与Hi-C技术，获得高质量基因组（936.04 Mb，contig N50=36.09 Mb），注释24,718个蛋白编码基因，为物种进化解析和分子育种提供关键支撑。

　　

长鳍光唇鱼（Acrossocheilus longipinnis）是中国珠江流域特有的易危鲤科鱼类，兼具生态保护价值与观赏经济价值。由于栖息地破坏和过度捕捞，其野生种群持续衰退，而基因组资源的匮乏严重制约了保护遗传学研究和分子育种实践。传统遗传标记难以揭示其适应性进化机制，也限制了人工繁育技术的突破。为此，研究团队在《Scientific Data》发表染色体水平参考基因组，为这一物种的可持续利用提供分子基石。

研究采用PacBio HiFi长读长测序技术结合Hi-C染色体构象捕获技术，通过连续优化组装流程获得高质量基因组序列。评估显示基因组大小为936.04 Mb，contig N50达36.09 Mb，BUSCO完整性评估为98.76%，质量值（QV）为54.46，证实组装的高度连续性与准确性。

基因组特征解析

通过序列分析发现重复序列占比59.09%（约553.06 Mb），基因注释预测出24,718个蛋白编码基因。染色体锚定率高达99.06%（927.20 Mb），将基因组序列成功锚定至25条染色体，显著提升后续比较基因组学分析的可靠性。

研究意义与结论

该基因组填补了长鳍光唇鱼分子生态学研究的空白，为揭示其环境适应性进化机制提供结构基础。注释基因集为经济性状相关基因（如生长、抗病基因）的挖掘提供支持，有望加速优良品种选育进程。此外，基因组数据可为珠江流域水生生物多样性保护政策制定提供科学依据，推动实现资源保护与可持续利用的平衡。

研究团队通过整合前沿测序技术，成功构建了首个染色体水平的长鳍光唇鱼参考基因组，其高质量指标为鲤科鱼类进化研究树立新标杆。该成果不仅助力解析物种适应性演化机制，更为开发分子标记辅助育种技术、指导种群恢复实践提供了关键资源平台。