《Evolutionary Applications》：Genetic Diversity, Population Structure and Differentiation of Farmed and Wild African Catfish (Clarias gariepinus) in Nigeria
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本研究通过线粒体DNA（mtDNA）COI基因测序与三酶切限制性位点关联DNA测序（3RAD）技术，系统分析了尼日利亚养殖与野生非洲鲶的遗传多样性、种群分化及潜在逃逸现象。结果显示野生种群遗传多样性更高（如观测杂合度Ho=0.150–0.178），而养殖种群存在近交风险（有效种群大小Ne多低于样本量）。研究首次发现野生环境中的白化个体与养殖种群遗传相似，证实养殖逃逸对野生基因库的威胁。基因组选择信号分析揭示脂质代谢、免疫信号与细胞凋亡相关基因（如GO:0033539）可能受环境选择压力驱动。该研究为非洲鲶资源保护与可持续水产管理提供了关键遗传学依据。
研究背景
非洲鲶（Clarias gariepinus）是撒哈拉以南非洲最重要的养殖鱼类，但其野生与养殖种群的遗传多样性现状尚不明确。尼日利亚作为非洲鲶养殖核心区，面临自然种群衰退、栖息地破碎化及养殖逃逸等威胁，亟需基因组学手段评估遗传资源。
研究方法
研究于2021–2022年在尼日利亚东北部与西南部采集9个种群222份样本（含5例野生白化个体），结合mtDNA COI基因序列（GenBank: PQ197861–PQ197964）与3RAD技术生成全基因组SNP数据，通过Stacks、ADMIXTURE等工具分析遗传参数。
遗传多样性结果
mtDNA分析：野生种群独有7个单倍型（共11个），养殖种群单倍型多样性（Hd=0.321）显著低于野生（Hd=0.646）。白化个体单倍型（H10、H11）与养殖种群高度一致，支持其逃逸起源。
3RAD分析：野生种群观测杂合度（Ho=0.150–0.178）、期望杂合度（He=0.173–0.213）及核苷酸多样性（π=0.181–0.228）均高于养殖种群（Ho=0.133–0.161, He=0.116–0.149, π=0.121–0.156）。养殖种群有效种群大小（Ne）普遍偏低（如f_SAC的Ne=2.0），而野生种群中仅w_LGC的Ne较高（9497.7）。
种群分化与结构
养殖种群间遗传分化（Fst=0.12–0.27）高于野生种群（Fst=0–0.21）。主成分分析（PCA）与ADMIXTURE结果（K=5时最优）显示养殖种群存在多源混合，而野生种群中白化个体与养殖聚类，再次验证逃逸假设。水文连通性（如贝努埃河水系）促进野生种群基因交流，但养殖种群运输加剧遗传混杂。
选择信号与功能富集
通过Bayescan、PCAdapt等工具检测到142个 outlier SNP，基因本体（GO）富集显示这些基因显著关联脂质氧化（GO:0034440）、脂肪酸β-氧化（GO:0033539）、凋亡过程（GO:0006915）及G蛋白偶联受体信号通路（GO:0007189），提示代谢与免疫适应是种群分化的关键驱动因素。
研究意义
本研究首次整合mtDNA与3RAD数据揭示尼日利亚非洲鲶遗传资源现状，为制定养殖管理（如扩大育种群体）、野生保护（如防范逃逸）及政策监管提供分子依据。基因组适应性标记未来可用于辅助育种，提升种群抗逆能力。
