《Journal of Endocrinology》：Root Canal Microbiome in Patients Undergoing Antineoplastic Therapy: a Next-Generation Sequencing Study
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根管微生物组比较研究：采用16S rRNA测序分析46例根尖周炎患牙（23例抗癌患者 vs 23例健康者），发现抗癌组物种丰富度显著升高（p=0.01），但Shannon指数和Bray-Curtis β多样性无统计学差异。指示物种分析显示抗癌患者根管以Prevotella、Selenomonas等为主。
Kaline Romeiro|José F. Siqueira|Isabela N. R??as|Luciana F. Gominho|Livia B. Villela|Karen Brisson-Suárez|Flávia L. Carmo
巴西里约热内卢格兰德里奥大学（UNIGRANRIO）牙科研究生项目
摘要
引言
本研究使用基于16S rRNA基因的下一代测序技术，比较了患有根尖周炎的肿瘤患者和健康患者的根管内微生物组。
方法
从46颗患有牙髓坏死和原发性根尖周炎的牙齿中采集根管样本（23颗来自肿瘤患者，23颗来自健康对照组）。提取DNA后，使用Illumina MiSeq平台对16S rRNA基因的V3–V4区域进行测序。生物信息学处理采用QIIME2和DADA2软件完成，包括α和β多样性分析、属水平丰度比较以及指示物种分析。
结果
经过质量筛选后，共保留了3,307,822条序列读段，平均每份样本68,912.96条读段，得到3,241个独特的扩增子序列变异。肿瘤患者的细菌多样性显著更高（p = 0.01），而Shannon多样性在各组间无显著差异。β多样性分析（Bray–Curtis，MDS应力=0.14）也未显示组间显著差异。指示物种分析发现一些与肿瘤患者更相关的特定分类单元，包括潜在的根管病原体Prevotella、Selenomonas、Alloprevotella、Rothia和Fretibacterium。
结论
患有根尖周炎的肿瘤患者的根管微生物组与健康对照组大体相似。肿瘤组的物种丰富度较高，但在整体细菌多样性和群落结构方面无显著差异。
部分内容
引言
根管感染是由于牙齿根管系统被微生物定植引起的，这些牙齿的牙髓已经坏死或之前被切除用于治疗（1）。这种情况会在根周组织引发炎症反应，即根尖周炎，其表现可能无症状或有症状，具体取决于细菌负荷、毒力、相互作用以及宿主的免疫反应等因素（2, 3, 4）。
根管感染的微生物组以厌氧菌为主
患者和病例选择
本研究遵循STROBE（加强流行病学观察性研究报告）指南进行。用于先前研究（20）的46颗牙齿的根管样本（23颗来自健康对照组，23颗来自肿瘤患者）被冷冻保存并用于本次分析（伦理委员会批准编号：CAAE 33009120.4.0000.5283）。本研究共纳入38名患者（16名肿瘤女性和1名肿瘤男性；13名健康女性和8名健康男性），所有患者均签署了相关同意书
结果
表1显示了研究中患者的 demographic、临床和放射学特征分布。STROBE流程图见图1。
共对38名患者的46份样本进行了测序和分析，以比较健康患者和肿瘤患者的细菌谱型。经过污染物ASV过滤后，保留了3,307,822条序列读段，平均每份样本68,912.96条读段（数据稀疏度=0.96），对应3,241个独特的扩增子序列变异
讨论
这项基于下一代测序的技术研究了患有原发性根尖周炎的肿瘤患者的根管微生物组与系统健康的对照组之间的差异。尽管存在与癌症相关的免疫改变和抗肿瘤治疗，但两组之间的根管内细菌群落结构总体无显著差异。
α多样性分析显示肿瘤组的细菌丰富度显著更高。Shannon指数也表明
