发酵食品作为人类烹饪遗产中的珍宝,已经超越了最初的食品保存功能,成为全球美食文化中不可或缺的元素,因其独特的风味和健康益处而受到赞誉。这些食品的独特感官特性和功能特性——从面包的芳香丰富到酸奶的酸爽清新,再到陈年奶酪和发酵饮料的复杂风味——不仅仅是化学过程的结果,而是由动态而复杂的微生物生态系统驱动的(Chong, Lau, Chin, Talib, & Basha, 2023; G?nzle & Zheng, 2019; Melkonian et al., 2023)。在这些复杂的发酵系统中,风味化合物的形成、转化和积累并不依赖于任何单一微生物的活动,而是主要由微生物群落内的复杂生态相互作用所控制。这些相互作用——包括代谢物交换、群体感应和生物膜形成等机制——协调了生化转化过程。通过这种协同作用,它们共同决定了发酵产品的整体质量属性,包括其风味、质地、营养价值和健康促进特性(Guo et al., 2025)。
在所有参与发酵的微生物中,酵母-乳酸菌(LAB)是一对至关重要的功能组合,常被视为驱动发酵生化过程的“动态 Duo”。在发酵食品系统中,LAB 主要通过多种代谢途径(如糖酵解、脂解和蛋白水解)来塑造最终产品的风味、质地和营养价值(Bintsis, 2018)。作为核心发酵剂,LAB 的功能不仅在于其产生乳酸的能力,还在于其合成一系列对食品质量至关重要的有益代谢物的能力。具体来说,LAB 通过同型或异型发酵代谢产生乳酸和其他有机酸,迅速降低底物的 pH 值(Amenu & Bacha, 2025)。这种酸化不仅赋予了产品独特的酸味,还有效抑制了病原体和腐败微生物的生长(Amenu & Bacha, 2025; Auchtung, Hallen-Adams, & Hutkins, 2025),从而显著提高了产品的生物安全性和货架稳定性。另一方面,酵母也提供了同样重要的功能:它们产生二氧化碳,使食品基质膨胀并变得多孔;它们产生酒精,为发酵产品增添了特有的成熟风味;它们合成多种风味化合物,如酯类和高级醇类,共同构建了复杂而均衡的香气(Chen, Li, Chen, & Li, 2023; Clark et al., 2024; Zhang, Chen, Chen, & Chen, 2018)。这两种微生物紧密协作,存在于各种传统发酵食品中——从乳制品(如酸奶、开菲尔和奶酪)到谷物基食品,以及发酵蔬菜,甚至包括发酵香肠(图 1)(Centeno, Lorenzo, & Carballo, 2022; Liu, Yang, et al., 2023; López-García et al., 2023; Lynch, Wilkinson, Daenen, & Arendt, 2021; Mehaya, El-Shazly, El-Dein, & Farid, 2023)。作为微生物群落的核心,它们为这些多样化发酵食品的独特品质奠定了基础(见图 2)。
然而,传统发酵科学的研究主要集中在单一菌株的纯培养及其代谢功能上,这在一定程度上简化并脱离了发酵生态系统的真实性。近年来,随着组学技术、高分辨率代谢物分析和合成微生物生态学等前沿方法的快速发展,研究视角正在发生深刻转变。越来越多的证据表明,发酵过程的最终结果和产品质量并不仅仅由酵母或 LAB 的独立活动决定,而是受到它们之间复杂而动态的相互作用的主导(Plessas et al., 2017; Xu et al., 2022)。这些相互作用形成了一个精确的生态系统,涵盖了从基本营养相互作用到正向信号分子对话,甚至共同塑造微环境(Guo et al., 2025)。这些相互作用的复杂性远远超出了我们之前的理解。深入阐明这些相互作用的分子机制已成为精确调控发酵过程和实现目标产品创新的科学前沿。