一株新的魔芋软腐病致病菌的生物学特性及基因组分析

　　

摘要：

目的 从魔芋球茎中首次分离到1株软腐病致病菌株（Raoultella ornithinolytica Q-8，登录号：CP173279），从全基因组层面对其进行序列分析和基因功能注释，为深入研究该菌株的致病机理和对其有效防治提供理论依据。 方法 利用3代全基因组测序技术，通过Canu、Prodigal、RepeatMasker等软件对基因组数据进行组装和基因预测，利用KEGG、PHI-base等12个数据库进行功能注释和对比分析，并根据基因组ORF序列利用FastTree2构建系统发育树。 结果 R. ornithinolytica Q-8基因组总长度为5.44 Mb，GC含量55.9%，含有4 962个编码基因、6个假基因、11个基因岛、25个rRNA、129个其他ncRNA及16种不同类型的CRISPR系统。其中有4 833个基因被注释到22个基因簇中，3 126个基因被富集到114条代谢通路中，有1 714个运输蛋白相关基因、18个抗生素耐药相关基因、1 854个病原体宿主互作相关基因和1 067个毒力因子相关基因。系统发育树分析结果表明，R. ornithinolytica Q-8与其他8株R. ornithinolytica聚在一大分支，而与已报道的2种魔芋软腐病病原菌P. carotovorum和D. chrysanthemi距离较远。 结论 R. ornithinolytica Q-8是1株新的魔芋软腐病致病菌，其基因组中存在多个抗生素耐药基因和病原菌宿主互作基因，这些基因可能在其致病中发挥着重要作用。