《Frontiers in Immunology》：ECM remodeling-associated immune signatures and hub proteins: predictive markers and therapeutic targets for metastatic gastric cancer
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本研究通过整合蛋白质组学、单细胞转录组学及体外实验，系统鉴定了胃癌转移相关的细胞外基质（ECM）枢纽蛋白，首次揭示核糖体蛋白RPS29通过调控上皮间质转化（EMT）促进胃癌细胞迁移侵袭的机制，为克服胃癌转移挑战提供了新的分子视角与潜在治疗靶点。
背景
胃癌（GC）作为全球第五大常见恶性肿瘤，其转移是导致患者死亡的主要原因。细胞外基质（ECM）在肿瘤进展中扮演关键角色，但具体分子机制尚不明确。本研究通过多组学整合分析，旨在系统揭示ECM重塑在胃癌转移中的作用机制。
材料与方法
研究团队整合了蛋白质组学数据（110例样本）、单细胞转录组数据（GSE163558和GSE167297）以及TCGA-STAD队列的批量RNA测序数据。通过差异表达分析、蛋白质相互作用（PPI）网络构建、单细胞聚类分析、拟时序轨迹推断及细胞通讯分析等方法，筛选出与转移相关的ECM枢纽蛋白。体外实验通过siRNA敲低、伤口愈合实验、Transwell实验及Western blot等技术验证RPS29的功能。
结果
- 1.
枢纽蛋白鉴定：在1535个差异表达蛋白中筛选出282个预后相关蛋白，其中77个为ECM蛋白。PPI网络分析确定RPS29、IQGAP1、SH3GL1和SCGN为核心枢纽蛋白。RPS29在转移组（M1）中显著高表达且与不良预后相关。
- 2.
单细胞景观解析：单细胞测序揭示8种主要细胞类型。上皮细胞、内皮细胞和成纤维细胞在非转移组中比例较高。RPS29在T/NK细胞、B细胞和上皮细胞中高表达，其富集评分在非转移组的T/NK细胞中显著升高。
- 3.
肿瘤细胞演化轨迹：拟时序分析将增殖性细胞1（Proliferative cells1）和肿瘤细胞（Tumor_cells）分为3种状态，其中STATE2具有最高干性，可能为转移起始状态。RPS29在STATE2中持续高表达，且与上皮间质转化（EMT）通路激活相关。
- 4.
转录因子调控：转移组中BACH2、EGR1等转录因子活性升高，主要富集于AMPK信号通路等；非转移组中TCF7L2、CREB3L1等则富集于病毒致癌通路。
- 5.
细胞通讯网络：转移组中TNF、SPP1等通路显著激活，涉及增殖性细胞1与中性粒细胞等的互作；非转移组中NOTCH通路活跃，可能起抑制转移作用。
- 6.
药物预测：基于CTRP2和PRISM数据库，发现抗精神病药物三氟拉嗪（Trifluoperazine）的IC50与RPS29表达呈负相关，提示其潜在治疗价值。
- 7.
实验验证：体外实验证实RPS29在胃癌细胞系（AGS、HGC27）中高表达。敲低RPS29可抑制细胞迁移、侵袭能力，并下调间质标志物（N-钙黏蛋白、波形蛋白），上调上皮标志物E-钙黏蛋白，表明其通过调控EMT促进转移。
讨论
本研究创新性地整合多组学数据，揭示了ECM重塑在胃癌转移中的核心作用。NOTCH通路在非转移组中的富集提示其可能作为转移抑制因子，而RPS29的促转移功能为靶向治疗提供了新方向。局限性在于未分析转移灶ECM动态变化，未来需开展配对样本研究。
结论
研究确立了ECM枢纽蛋白驱动胃癌转移的多组学框架，证实RPS29为关键调控因子。该策略可应用于其他实体瘤研究，为开发抗转移疗法提供理论依据。
