《Environmental DNA》：Environmental DNA as a Tool for the Assessment of Coral (Anthozoa) Composition in the Chagos Archipelago
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本文探讨了利用环境DNA（eDNA）宏条形码技术监测印度洋查戈斯群岛珊瑚群落组成的可行性。研究通过整合IDTAXA、BLAST Top Hit和BLAST LCA三种分类方法，在属级水平上对比eDNA与传统底栖样带调查的结果，发现eDNA可有效检测隐蔽性珊瑚类群，并揭示潟湖与向海礁区群落结构的差异。该技术为远程珊瑚礁监测提供了非侵入性补充工具，但仍需优化引物设计和参考数据库。
保守可靠的分类鉴定方法整合
准确分类是eDNA宏条形码分析的关键环节。本研究创新性地结合k-mer为基础的IDTAXA、基于相似性的BLAST Top Hit和最低共同祖先（BLAST LCA）三种主流分类分配方法，仅保留所有方法一致的鉴定结果用于下游分析。这种保守策略虽牺牲部分分类分辨率（如某些类群仅鉴定到科级），但显著降低了因数据库错误或算法偏差导致的假阳性风险，确保了结果的稳健性和可重复性。参数设置对结果影响显著，例如BLAST的百分比一致性和查询覆盖率阈值，以及IDTAXA的置信度阈值，都需在灵敏度和特异性之间权衡。这种多方法交叉验证框架为未来珊瑚等分类学复杂类群的eDNA研究提供了透明、可靠的分析范式。
eDNA宏条形码与底栖样带调查的属级珊瑚检测对比
在四个研究地点，传统底栖样带调查共检测到23个属（包括22个石珊瑚属和1个软珊瑚属Ovabunda），优势属为Acropora、Goniopora和Porites。eDNA宏条形码（ITS和ITSA引物数据集）检测到的属级丰富度与底栖调查无显著差异，但两种方法在类群检测上呈现互补性。eDNA成功检测到底栖调查中的三个优势属，但未能检测到Astreopora、Fungia等7个在多个地点有记录的属，这可能与引物偏倚、类群eDNA释放率差异、参考数据库覆盖不全（如Caulastrea和Plerogyra在数据库中缺失）以及环境因素有关。值得注意的是，eDNA独特检测到5个石珊瑚属（Cycloseris、Cyphastrea、Merulina、Oxypora和Turbinaria），这些类群可能因隐蔽性强或形态相似而在传统调查中被低估。此外，eDNA在向海样本中检测到通常分布于深水区（>50 m）的黑珊瑚科（Antipathidae），可能与内波导致的eDNA上涌有关。这凸显了eDNA在检测隐蔽和稀有物种方面的优势。
eDNA揭示的珊瑚群落组成
测序产生的2,445,808条序列经处理后，超过90%的序列被分类为珊瑚虫纲（Anthozoa）。两种引物数据集（ITS和ITSA）在珊瑚类群检测上既有一致性又有互补性：共同鉴定出9个珊瑚属，而ITS独特检测到Cycloseris、Merulina等，ITSA则独特检测到Acropora、Favites等，合计eDNA共恢复18个珊瑚属。这强调了多引物策略对最大化 biodiversity 回收的重要性。进一步分析发现，采样年份对群落组成无显著影响，但暴露类型（潟湖 vs. 向海礁）则呈现显著差异。ANCOM-BC分析表明，潟湖样本中块状生长的Goniopora、Halomitra、Lobophyllia和自由生活的Herpolitha显著富集，这些类群适应低波浪能、高沉积物的稳定环境；而向海样本中板状Acropora、匍匐生长的Montipora和Pavona等更丰富，它们耐受高波浪能。这些差异主要受波浪暴露和水温等环境因素驱动，表明eDNA宏条形码能够捕捉由环境因子引起的细微群落结构差异。
结论与展望
本研究证实了eDNA宏条形码作为远程、受干扰少的礁生态系统监测工具的潜力。目前，eDNA技术尚不能完全替代传统底栖调查，特别是在读长丰度与珊瑚覆盖度的相关性仍存争议的情况下。然而，其非侵入性、低技术门槛的采样方式，以及对隐蔽和稀有类群的高检测灵敏度，使其成为传统方法的重要补充。未来研究应整合多分类方法和分子标记（如COI、16S），并着力扩充和优化参考数据库，以提供更全面、可靠的珊瑚礁生物多样性评估。在气候变化导致珊瑚礁持续退化的背景下，eDNA技术有望为珊瑚礁保护管理提供关键数据支持。
