《Global Ecology and Conservation》：Multi-Source Captive Breeding Maintains Nuclear Genetic Diversity in Alpine Musk Deer (
Moschus chrysogaster) Despite Severe Mitochondrial Erosion
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本研究针对圈养林麝因长期封闭繁育导致的遗传多样性衰退风险，通过分析340只个体12个微卫星位点，发现多源引种策略成功维持了高核基因多样性（等位基因丰富度Na=8.167，期望杂合度He=0.487），但线粒体DNA呈现严重母系瓶颈。研究为濒危物种保育提供了核基因与线粒体DNA协同管理的科学依据，对圈养种群复壮计划具有重要指导意义。
在青藏高原的崇山峻岭间，生活着一种身披灰褐色皮毛的珍稀动物——林麝（Moschus chrysogaster）。这种看似普通的偶蹄目动物，却因其腹部特殊的麝香腺而成为盗猎者的目标。雄性林麝分泌的麝香是名贵中药材和高级香水的原料，巨大的经济利益驱动下，野生种群遭受毁灭性捕杀。同时，高原地区基础设施建设、牧场扩张导致栖息地碎片化，使得林麝被列为中国国家一级保护动物，濒危等级达到极危。
为挽救这一物种，我国于1990年在甘肃兴隆山建立了全球首个林麝人工繁育基地，通过圈养繁殖满足麝香需求，并为未来野化放归储备种源。经过三十余年的繁育，基地现存个体超过2000只，但长期封闭繁殖可能引发的近交衰退和遗传漂变风险始终悬而未决。更令人担忧的是，前期线粒体DNA（mitochondrial DNA）研究显示，圈养种群母系遗传多样性严重衰减，主要单倍型占比高达57%。这暴露出引种阶段雌性个体数量不足的隐患，但核基因组是否遭遇同等程度的侵蚀尚不明确。
为解答这一关键问题，北京林业大学保护生物学团队对圈养林麝种群展开系统遗传评估。研究人员采集基地340只个体的粪便样本，通过12个多态性微卫星位点（microsatellite）基因分型，首次从核基因组层面揭示种群遗传现状。与野生种群及近缘物种（如森林麝）的对比数据显示，圈养林麝等位基因丰富度（Na=8.167）显著高于野生群体，期望杂合度（He=0.487）与野生种群相当，近交系数（FIS=0.013）接近零值，表明多源引种策略成功保存了广泛的核基因变异。
关键技术方法
研究采用粪便DNA提取与非损伤性基因分型技术，从340份样本中获取12个微卫星位点基因型。通过重复PCR和毛细管电泳确保数据准确性，利用MICRO-CHECKER软件排除无效等位基因干扰。采用STRUCTURE软件进行群体遗传结构分析，通过NeEstimator计算有效种群大小（Ne），并运用GenAlEx软件包统计遗传多样性参数（Na、He、Fst等）。对比数据来自贺兰山野生林麝及圈养/野生森林麝的公开研究。
3.1 微卫星数据质量与基础多样性
所有位点扩增稳定，重复实验一致性达标准。连锁不平衡检测显示66个位点对中仅3对存在显著关联，哈迪-温伯格平衡检验发现7个位点偏离平衡（纯合子过量），提示可能存在轻微近交或群体亚结构。
3.2 圈养林麝与其他种群遗传多样性比较
圈养种群等位基因丰富度（8.167）显著高于野生林麝（1.900）和野生森林麝（3.3），有效等位基因数（2.256）与圈养森林麝（2.310）相当。观测杂合度（Ho=0.458）与期望值（He=0.487）接近，而野生林麝出现杂合子过量（FIS=-0.339），可能与生境片段化引起的华伦德效应有关。
3.3 遗传结构分析
贝叶斯聚类（STRUCTURE）识别出3个遗传簇（gs1:39.6%，gs2:26.3%，gs3:34.0%）。群体间遗传分化指数（Fst）均低于0.05（0.029-0.037），基因流（Nm=6.439-8.425）显著，尼氏遗传距离（0.035-0.075）表明亚群间亲缘关系密切。基因流网络显示gs2为主要基因输出源，三群体形成"低分化、高混合"格局。
3.4 有效种群大小与近交程度
连锁不平衡法估算有效种群大小Ne≈84，高于短期存活阈值（Ne=50），但远低于长期可持续目标（Ne=500）。分子共祖法则因非随机交配产生低估（Ne≈5-10），提示核心繁殖个体数量有限。
结论与展望
本研究揭示多源引种策略如同构建"基因方舟"，成功保存林麝核基因多样性，但母系遗传瓶颈警示单一遗传标记评估的局限性。圈养种群虽暂未出现严重近交，但有效种群规模有限，未来需通过引入经遗传鉴定的野生雌性个体扩充母系基因库，建立谱系管理系统优化配对方案。研究证实整合核基因与线粒体DNA分析能更全面评估濒危物种遗传健康，为全球圈养保护计划提供范式。未来可结合SNP芯片（单核苷酸多态性）或全基因组重测序技术，精准追踪基因流路径并检测适应性基因变异，进一步提升保护遗传管理的精准度。
（注：全文基于2026年《Global Ecology and Conservation》刊载的原始研究，所有数据及结论均忠实于原文表述，未添加非文献支持内容。）
