《Journal of Investigative Dermatology》：Diverse transcriptomic and mutational patterns but limited functional pathway alterations in patient-derived Sézary syndrome cells
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该研究通过全转录组分析7例Sézary综合征（SS）患者来源的恶性T细胞，发现NF-κB信号通路的关键驱动基因MALT1是潜在治疗靶点，体外实验显示MALT1抑制剂MI2有效抑制SS细胞增殖，并部分在NSG小鼠模型中复现。研究揭示了SS治疗中靶向NF-κB通路（包括CARD11/BCL10/MALT1复合物）的临床潜力。
埃夫琳·安德拉德斯（Evelyn Andrades）| 阿尔瑙·伊格莱西亚斯（Arnau Iglesias）| 玛丽亚·马凯达（María Maqueda）| 特蕾莎·洛博-哈恩（Teresa Lobo-Jarne）| 杰西卡·冈萨雷斯（Jessica González）| 乔安·贝尔特兰（Joan Bertran）| 大卫·康德（David Conde）| 伊娃·罗德里格斯（Eva Rodriguez）| 贝阿特丽斯·贝略西略（Beatriz Bellosillo）| 拉蒙·M·普霍尔（Ramon M. Pujol）| 安娜·比加斯（Anna Bigas）| 卢伊斯·埃斯皮诺萨（Lluís Espinosa）| 费尔南多·加利亚多（Fernando Gallardo）
巴塞罗那自治大学海洋医院皮肤科，地址：Passeig Maritim 25-29，0803 巴塞罗那，西班牙
摘要
塞扎里综合征（Sézary Syndrome, SS）的根除受到遗传和分子异质性的阻碍。更好地理解其致癌性的共同机制可能有助于开发更有效的治疗方法。
本研究分析了7名患者来源的SS细胞的整个转录组，以识别表达模式和突变特征，从而为SS患者提供新的治疗选择。通过Ficoll梯度法从SS患者的新鲜外周血中分离出单核细胞（PBMCs）。我们使用选定的基于特定通路的抑制剂在SS细胞中进行体外药物测试，包括生存率测定和流式细胞术（FC）。我们通过将患者#26的SS细胞异种移植到八只NSG小鼠体内，验证了MALT1抑制剂MI2的有效性。研究发现突变谱存在高度变异，但这些变异集中在少数几个异常信号通路中。体外数据表明，不同细胞系和原发性恶性SS细胞对通路抑制剂的敏感性存在差异。MALT1抑制剂对NF-κB信号通路的作用在体外表现出显著效果，并在NSG模型中得到了部分再现。我们的研究揭示了通过CARD11、BCL10和MALT1抑制下游TCR信号通路在SS治疗中的潜在可行性。
引言
皮肤T细胞淋巴瘤（Cutaneous T-cell lymphomas, CTCL）是一组非霍奇金T细胞恶性肿瘤，起源于皮肤特异性T细胞，可累及淋巴结、内脏和外周血。最常见的CTCL类型是蕈样肉芽肿（mycosis fungoides, MF）和塞扎里综合征（Sézary Syndrome, SS）（Willemze等人，2019年）。
部分CTCL患者病情进展缓慢，可通过口服和局部治疗控制；而那些伴有广泛淋巴结、内脏或血液受累的患者以及SS患者，则需要接受系统性免疫或生物调节治疗，包括针对CD30（brentuximab）和CCR4（mogamulizumab）表面受体的免疫疗法，或常规化疗方案（Latzka等人，2023年）。
然而，尽管对CTCL肿瘤细胞的遗传和分子机制有了深入了解，但尚未能转化为具有治愈效果的靶向治疗，这可能与突变谱的高度异质性有关，因此只有约30%的患者对靶向治疗有反应，且疗效通常短暂，这与疾病在肿瘤内和肿瘤间的异质性密切相关（Quaglino等人，2021年）。
近年来，包括我们团队在内的多个研究小组对MF和SS进行了分子表征，发现了多种驱动肿瘤的突变、拷贝数变异或基因融合，这些因素可能通过调节T细胞活化、抑制凋亡以及影响特定细胞功能通路（如染色质重塑、DNA损伤反应、细胞周期调控和免疫监视）促进疾病的发展（Caprini等人，2018年；Prasad等人，2016年；da Silva Almeida等人，2015年；Tensen等人，2022年；Vaqué等人，2014年；Wang等人，2015年；Woollard等人，2016年）。多项小型队列的研究结果共同揭示了罕见序列变异和关键疾病通路（Chang等人，2018年；Park等人，2017年）。总体而言，人类CTCL细胞具有共同的基因组特征，这些特征也存在于其他成熟T细胞肿瘤中，如成人T细胞白血病/淋巴瘤、血管免疫母细胞T细胞淋巴瘤、间变性大细胞淋巴瘤、鼻型自然杀伤/T细胞淋巴瘤等（Palomero等人，2014年）。
因此，开发针对个体CTCL患者肿瘤发生机制的个性化治疗策略至关重要。这需要寻找具有适应性强、耐受性好且疗效持久的治疗药物。临床试验中显示，针对多个受影响通路的联合用药方案可能更有效。为此，设计和开发体外和体内模型为验证这些策略提供了实用方法。
在人类CTCL中，持续检测到NF-κB通路相关调控元件（如TNFα受体2、TRIM38、CARD11和MALT1）的序列变异（da Silva Almeida等人，2015年；Ungewickell等人，2015年）。NF-κB通路是多种癌症（包括结直肠癌、前列腺癌、乳腺癌、T细胞急性淋巴细胞白血病和CTCL）中的已知肿瘤促进因子。在B细胞和T细胞中，CARD11/BCL10/MALT1（CBM）复合体在B细胞和T细胞受体刺激下启动NF-κB和p38信号通路（Lucas等人，2004年；Thome和Tschopp，2003年）。NF-κB信号通路激活后，T细胞会增殖、存活并表达细胞因子（Hayden和Ghosh，2011年综述）。这些结果表明NF-κB可能是SS患者的潜在治疗靶点。
SS细胞表现出不同的转录模式，但这些模式最终都集中在一组特定的功能程序中
我们之前通过分析SS患者恶性T淋巴细胞对靶向治疗的反应来描述我们的患者群体。我们对外周血单核细胞样本进行了RNA-seq分析（这些细胞主要由异常的SS细胞组成，详见补充表S1），而不是对分离出的恶性细胞进行分析。这种保留样本完整性和活力的方法已在之前的SS PDX研究中得到验证（Gallardo等人，2022年）。
RNA-seq数据
讨论
SS患者存在复杂的、异质性的、非特异性的基因组改变，这些改变影响T细胞活化、凋亡、NF-κB信号通路、染色质重塑、DNA损伤反应以及细胞周期调控相关基因。特别是STAT、NOTCH1或β-连环蛋白（通过NF-κB）等信号通路的活化显得尤为关键。然而，这些改变在患者间的表达程度存在差异（Chang等人，2018年；Gallardo等人，2022年；Park等人，2021年；da Silva Almeida等人）
患者和研究样本
本研究共纳入7名SS患者。患者的临床特征、外周血流式细胞术（FC）参数、治疗情况以及临床状态详见补充表S1（Gallardo等人，2022年）。用于体外药物活性测试、RNA-seq分析和体内PDX构建的原始SS细胞是在为SS患者进行的血浆置换术过程中获得的。所有功能分析均基于这些细胞进行
伦理声明
本研究的伦理批准由巴塞罗那市卫生研究所（Institut Municipal d’Assistència Sanitària）的临床研究伦理委员会（Comitè ètic d’Investigació Clínica, CEIC-PSMAR）授予。所有患者均根据1975年《赫尔辛基宣言》（1983年修订版）及1999年12月15日《个人数据保护法》的相关法规签署了书面知情同意书。
作者贡献
概念构思、监督和研究：FG、AB和LE；资源支持和监督：DC、ER和RM-P；数据整理和方法学：EA、AI、MM、TL-J、JG、BB和JB；初稿撰写：LE；审稿和编辑：FG、LE、EA、AI。
人工智能和大型语言模型声明
本手稿的撰写过程中未使用任何人工智能或大型语言模型工具致谢
LE是本文的负责人。我们要感谢Gallardo、Espinosa和Bigas实验室的所有成员提供的支持、有益的意见和建议。本研究得到了Carlos III卫生研究所的支持，并得到了欧盟（项目编号PI22/00069、DTS23/00005、PI25/00006和PI21/0390）、加泰罗尼亚政府（AGAUR）的2017-SGR项目（编号135）以及CIBERONC的资助。M.M.获得了Carlos III研究所的资助（项目编号CA22/00011，部分资金由其他机构共同提供）
