异环丝胺(Isocycloseram)立体选择性的结构与电子基础:对其手性异构体的密度泛函理论(DFT)、光谱学及分子对接研究

《Journal of Molecular Structure》:Structural and Electronic Basis of Stereoselectivity in Isocycloseram: A DFT, Spectroscopic, and Docking Study of Its Chiral Isomers

【字体: 时间:2026年02月11日 来源:Journal of Molecular Structure 4.7

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  基于DFT、光谱及分子对接,系统研究了四种异构体(ISM/ISS/ISO/ISR)的结构-性质关系,发现ISS最稳定,ISO表面静电势最大且能隙最小,ISM与受体结合能最优(-8.57/-9.37 kcal·mol?1),ISR因空间位阻和刚性内氢键阻碍结合,实验CD光谱与TDDFT计算验证了立体异构体电子特性差异,为精准农药设计提供理论支撑。

  
孙宗鑫|谢玉军|陈健|张书杰|邓希春|周文文
江西农业大学食品科学与工程学院,南昌330045,中国

摘要

由于结构差异,手性化合物具有不同的物理和化学性质以及生物活性,因此研究手性化合物的结构与性质之间的关系非常重要。本研究首次系统地利用密度泛函理论(DFT)、实验光谱学(ECD/UV)和分子对接技术,对新型杀虫剂异环氯胺(cis-(+)-(5R,4S) ISR、cis-(?)-(5S,4R) ISM、trans-(+)-(5R,4R) ISO、trans-(?)-(5S,4S) ISS的四种手性异构体进行了研究。在B3LYP/6-311G(d,p)和MP2/aug-cc-pVTZ计算下的结构优化结果显示,ISS是热力学上最稳定的异构体。通过表面静电势(ESP)和前线分子轨道(FMO)分析,发现ISO具有最大的ESP和最小的能量间隙(4.533 eV)。分子对接实验表明,ISM与2CBZ和8HNC受体的结合能最高(分别为?8.57和?9.37 kcal·mol?1),并且形成了多个几何结构良好的氢键。非共价相互作用(NCI)分析通过相互作用区域指示器(IRI)方法发现,ISR的空间位阻和ISO的刚性分子内氢键阻碍了其与受体的结合。实验测得的CD光谱和TDDFT计算的ECD光谱显示,这对对映体具有近乎镜像的特征,为绝对构型的确定提供了手性指纹。本研究结合了量子化学、光谱学和靶标建模方法,首次从分子层面解释了这种手性杀虫剂的选择性作用机制,有助于精准设计杀虫剂并监测其环境影响。

引言

手性分子在化学、药理学和环境科学中具有重要意义,尤其是手性杀虫剂。这类化合物因其高选择性、低毒性和优异的害虫控制效果而具有广泛的应用[1]。然而,由于空间构型的不同,手性杀虫剂的不同异构体在物理和化学性质、生物活性以及环境行为上存在显著差异,这影响了其应用效果和生态安全性[2,3]。例如,某些异构体可能在环境中更容易积累或具有更高的生物活性,从而对非目标物种构成风险[[4], [5], [6], [7]]。鉴于全球可持续农业的挑战,理解手性杀虫剂异构体的结构-性质-活性关系对于合理使用杀虫剂和降低风险至关重要[8,9]。
异环氯胺是一种新型异噁唑啉类杀虫剂,因其独特的作用机制而受到了学术界和工业界的广泛关注[[10], [11], [12]]。它含有两个手性中心,因此存在四种立体异构体:cis-(+)-(5R,4S) ISR、cis-(-)-(5S,4R) ISM、trans-(+)-(5R,4R) ISO和trans-(-)-(5S,4S) ISS(图1)。其中,ISM异构体(5S,4R)具有最高的杀虫活性。它的结构与其他异噁唑啉酮类杀虫剂(如氟氧唑酮)相似[13,14]。这些立体异构体在靶标受体亲和力、稳定性和降解行为上可能存在显著差异,这些差异源于微妙的立体化学变化。尽管实验数据表明异环氯胺具有预防和治疗效果,但对其四种立体异构体进行系统性的分子水平比较仍较为有限[15,16],特别是对其电子结构、光谱性质和相互作用机制的详细分析不足。这些信息对于提高杀虫剂效率并降低环境风险具有重要意义。
尽管许多研究已经探讨了异环氯胺的结构-活性关系,但目前的研究方法仍存在一些局限性。首先,色谱分离技术可以分离异构体,但无法确定其绝对构型,也无法解释性质差异的电子基础[[17], [18], [19]]。其次,传统的半经验量子化学方法对于具有复杂手性的杀虫剂分子来说不够准确,难以可靠地描述其电子结构和反应性[20]。此外,紫外-可见吸收光谱和ECD光谱可以提供电子跃迁的信息,但通常只能反映异构体之间的宏观、信号级别的差异,无法揭示这些差异的微观原因[21,22]。更重要的是,这些方法通常独立使用,阻碍了立体异构体对的全面比较。因此,现有的方法无法满足高效、准确和协作研究的需求。需要一种结合计算机模拟和实际实验的新方法,以更深入地了解不同手性杀虫剂之间的差异,为精准设计杀虫剂和评估风险提供依据[23]。
为了填补这些空白,本研究结合了高精度的DFT、实验光谱学(ECD/UV)和分子对接技术,对异环氯胺的四种异构体(ISM、ISS、ISO、ISR)进行了研究。具体目标如下:首先使用B3LYP/6-311G(d,p)优化几何结构,然后通过MP2单点能量计算分析稳定性;其次通过ESP和HOMO-LUMO展示电子性质的差异,并将其与杀虫剂活性联系起来;第三通过ECD-UV实验和TDDFT计算建立光谱指纹;第四通过分子对接和NCI-IRI量化异构体与受体的相互作用差异。本研究揭示了选择性活性的分子机制,为控制杀虫剂质量、监测环境和评估生态风险提供了理论基础。

理论计算方法

本研究主要采用了密度泛函理论(DFT)进行计算,同时结合了MP2单点能量计算、分子对接和NCI分析,以全面研究异环氯胺四种立体异构体的结构和性质。异环氯胺立体异构体标准品(纯度≥99%)由Syngenta India(印度马哈拉施特拉邦浦那)提供。DFT方法常用于分析有机手性分子、杀虫剂和环境污染物的结构-活性关系

几何结构优化和稳定性分析

从结构化学的角度来看,四种立体异构体的C4-Cl和C5-N键长几乎没有差异(表1),说明手性中心对相邻键的影响较小;然而C4和C5位置的构型反转对三维分子拓扑结构产生了显著影响。最明显的结构变化是苯环相对于异噁唑啉骨架的方向变化

结论

本研究结合了DFT计算、紫外/ECD光谱和分子对接技术,阐明了四种异环氯胺立体异构体的选择性行为。C4/C5构型影响了三维分子拓扑结构和分子内非共价相互作用模式,导致在常温条件下ISS的稳定性最高,其次是ISM,然后是ISO和ISR。电子结构分析(ESP/FMO)显示构型依赖性的极化现象

CRediT作者贡献声明

孙宗鑫:软件开发、数据整理、初稿撰写。谢玉军:实验研究。陈健:数据验证。张书杰:数据验证、实验研究。邓希春:方法学设计。周文文:论文撰写与编辑、资金申请、研究监督。
数据可用性
数据可应要求提供。

CRediT作者贡献声明

孙宗鑫:初稿撰写、软件开发、数据整理。谢玉军:实验研究。陈健:数据验证。张书杰:数据验证、实验研究。邓希春:方法学设计。周文文:论文撰写与编辑、资金申请、研究监督。

利益冲突声明

作者声明没有已知的财务利益或个人关系可能影响本文的研究结果。
作者声明以下可能被视为潜在利益冲突的财务利益或个人关系。

致谢

本研究得到了2024年 cohort Weiyi 实验班研究培训计划(25WY056)和江西省自然科学基金(20252BAC240594)的支持。
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