《Mammalian Genome》：Genome-wide association study identifies significant SNPs for milk production and stature traits in Karan Fries cattle
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本研究通过全基因组关联分析，利用777K SNP数据和估计育种值，评估了KF牛四个经济重要牛奶产量和体型性状的基因组架构，发现54个显著SNP及多效性基因，为热带奶牛基因组选择策略奠定了基础。
摘要
将本地牛与高产的外来品种进行杂交一直是印度乳品产业提高牛奶产量的关键策略。Karan Fries（KF）是一种由Tharparkar牛和荷斯坦弗里斯牛培育而成的稳定乳用牛群，在印度具有重要遗传价值。尽管这些牛具有很强的适应性和优良的生产性能，但决定其牛奶产量和体型的基因组结构仍很大程度上尚未被研究清楚。因此，研究人员利用777,000个SNP（单核苷酸多态性）的基因分型数据以及估计的育种值（EBVs），对四个具有经济价值的乳品性状进行了全基因组关联研究（GWAS）：首次产奶期的总产奶量（FLTMY）、总脂肪产量（TFY）、总非脂肪固体产量（TSNFY）和体型。经过质量控制和线性相关分析（LD pruning）后，共分析了355头KF牛的347,621个SNP，发现了54个与这些性状相关的显著单核苷酸多态性（SNPs），其中一些多态性表现出多效性。候选基因如EPHA7、SCFD2、DCUN1D4、CWH43、ZMAT4、KYNU、GINS4、GPAT4、GOLGA7和OCIAD1与牛奶产量和成分性状相关，而CBLB、CCDC14、ALCAM、MALRD1和MUC13则与体型相关。蛋白质-蛋白质相互作用网络分析揭示了参与泌乳、脂肪代谢和结构发育的功能性基因簇。这些结果为KF牛的基因组结构提供了初步见解，并突出了与牛奶产量和体型性状相关的候选基因。虽然这些发现仍处于探索阶段，但它们可能为未来在这些热带乳用牛中验证这些基因及其在基因组选择中的作用奠定基础。
将本地牛与高产的外来品种进行杂交一直是印度乳品产业提高牛奶产量的关键策略。Karan Fries（KF）是一种由Tharparkar牛和荷斯坦弗里斯牛培育而成的稳定乳用牛群，在印度具有重要遗传价值。尽管这些牛具有很强的适应性和优良的生产性能，但决定其牛奶产量和体型的基因组结构仍很大程度上尚未被研究清楚。因此，研究人员利用777,000个SNP的基因分型数据以及估计的育种值（EBVs），对四个具有经济价值的乳品性状进行了全基因组关联研究（GWAS）：首次产奶期的总产奶量（FLTMY）、总脂肪产量（TFY）、总非脂肪固体产量（TSNFY）和体型。经过质量控制和线性相关分析（LD pruning）后，共分析了355头KF牛的347,621个SNP，发现了54个与这些性状相关的显著单核苷酸多态性（SNPs），其中一些多态性表现出多效性。候选基因如EPHA7、SCFD2、DCUN1D4、CWH43、ZMAT4、KYNU、GINS4、GPAT4、GOLGA7和OCIAD1与牛奶产量和成分性状相关，而CBLB、CCDC14、ALCAM、MALRD1和MUC13则与体型相关。蛋白质-蛋白质相互作用网络分析揭示了参与泌乳、脂肪代谢和结构发育的功能性基因簇。这些结果为KF牛的基因组结构提供了初步见解，并突出了与牛奶产量和体型性状相关的候选基因。虽然这些发现仍处于探索阶段，但它们可能为未来在这些热带乳用牛中验证这些基因及其在基因组选择中的作用奠定基础。
