家养山羊（Capra hircus）中LTR逆转录转座子的全基因组计算机模拟识别与特征分析

《Mammalian Genome》：Genome-wide in-silico identification and characterization of LTR retrotransposons in domestic goat (Capra hircus)

本研究利用LTR_Finder工具鉴定并分析山羊（Capra hircus）全基因组中的长末端重复逆转录元件（LTR retrotransposons），发现共1741个，占基因组23.27%。染色体23含量最高，最长22 kb位于28号染色体，最短1244 bp位于1号染色体。35%为嵌套元件，含177种TSD序列及保守PBS、PPT基序，揭示其家族分类及进化意义。

　　

摘要

本研究利用LTR_Finder工具，对家山羊（Capra hircus）的整个基因组中的移动遗传元件进行识别和特征分析，特别是长末端重复序列（LTR）逆转录转座子。LTR逆转录转座子是一类通过RNA中间体进行复制的移动遗传元件，其两侧具有长末端重复序列。先前的研究已经强调了LTR逆转录转座子在Capra hircus基因组中的复杂性和重要性，尤其是在遗传多样性、基因组进化以及潜在功能方面所起的作用。在本研究中，使用了NCBI提供的参考基因组，并通过Microsoft Excel、NCBI、Ensembl、Dfam和Repbase等工具对LTR_Finder的标注结果进行了进一步分析。共检测到1741个LTR逆转录转座子，占Capra hircus基因组的23.27%。在所有染色体中，第23号染色体上的LTR逆转录转座子比例最高。最长的LTR逆转录转座子长度为22 kb，位于第28号染色体上，系统发育分析证实它也存在于牛科（Bovidae）的其他物种中；而最短的LTR逆转录转座子长度仅为1244 bp，位于第1号染色体上。进一步分类显示，35%的LTR逆转录转座子属于嵌套元件。这些转座子还拥有177个独特的TSD序列，以及保守的PBS（引物结合位点）和PPT（多嘌呤序列）基序，这些对于进化分析具有重要价值。利用UCSC基因组浏览器进行的家族级分类将它们分为BTLTR、ERVL、ERVL_MaLR、ERVK和Gypsy等不同类型，从而揭示了由不同逆转录病毒引入的LTR逆转录转座子的插入模式。总体而言，这些发现扩展了我们对LTR逆转录转座子在山羊基因组中的分布、多样性和进化意义的理解，突显了它们在塑造基因组结构和功能动态中的关键作用。