公告
Bacillus velezensis被公认为具有广谱抗菌活性的生物控制剂。
1。F68菌株由我们于2021年从石家庄地区的番茄根际土壤（深度20厘米）中分离获得。通过将1克土壤悬浮在100毫升无菌水中，然后在80°C下热处理10分钟进行无菌培养；随后进行系列稀释，接种到含有20微克/毫升伏马酸（FA）的LB琼脂平板上，30°C下培养24小时，并采用三区划线法进行分离。在温室试验中，该菌株对番茄枯萎病的控制效果达到83.33%。
2通过对
gyrB（OP717076）、
rpoB（OP717079）和
rpoC（OP717082）基因的系统发育分析，确认了其分类为
B. velezensis2，并且该菌株已存入中国微生物菌种保藏中心（CGMCC），编号为24598。
为了提取DNA，将F68菌株从-80°C的甘油保存液（20%）中复苏，然后在LB琼脂上于30°C下培养过夜。将单个菌落接种到200毫升LB培养基中（稀释比例为1:100），30°C下摇床培养12小时。通过8,000转/分钟离心10分钟收集细胞，使用Promega公司的Wizard Genomic DNA Purification Kit提取基因组DNA。使用Turner BioSystems公司的TBS-380荧光计对DNA进行定量。
对于Illumina测序，使用Covaris M220 Focused Acoustic Shearer将基因组DNA切割成约400 bp的片段。使用Revvity公司的NEXTflex Rapid DNA-Seq Kit 2.0构建文库，并在Illumina NovaSeq（Illumina公司）测序平台上进行双端测序（2 × 150 bp），获得了8,075,576条读段，总测序长度为121,941,197 bp。对于Nanopore测序，使用Covaris公司的G-tubes将基因组DNA切割成10 kb的片段。利用磁珠筛选片段，使用NEBNext FFPE DNA Repair Mix和NEBNext Ultra II End Repair/dA-Tailing Module进行修复，随后使用Oxford Nanopore Technologies公司的EXP-NBD104/114 Native Barcoding Kit和SQK-LSK109 Ligation Sequencing Kit进行处理。测序使用PromethION设备的R9.4.1 MinION flow cell（FLO-MIN106）完成。213,995条原始读段通过Guppy（V4.4.3）在高精度（hac）模式下进行碱基校正和过滤，得到199,504条有效读段，总测序长度为13,565,063 bp。平均覆盖深度为341倍，N50值为3,964,303 bp。
Illumina原始读段使用fastp（V0.23.0）进行质量过滤和接头修剪（
4），要求Phred得分至少为20，长度至少为30 bp。Nanopore读段使用Guppy进行实时接头修剪和过滤（
Q ≥ 7，长度 ≥ 1,600 bp）。使用Unicycler（V0.4.8）的混合方法对清洁后的读段（Illumina短读段和ONT长读段）进行组装，生成两个环状contig（一个染色体和一个质粒）。使用Pilon（V1.22）和Illumina读段对组装结果进行优化，并使用NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline（PGAP）（v6.10）进行注释（
7）。除非另有说明，所有软件均使用默认参数。
F68菌株的基因组总长度为3,972,640 bp，GC含量为46.48%，包含一个环状双链染色体（3,964,303 bp）和一个环状质粒（8,337 bp），其身份通过Plasmer（V0.1）得到确认（
8）。注释后的基因组包含3,936个基因，其中包括3,741个蛋白质编码序列、86个转运RNA基因和27个核糖体RNA基因。
