对纤毛原生生物的全面系统基因组分析，并对纤毛门（真核生物，有孔虫亚界）进行了修订分类

《Science China-Life Sciences》：Comprehensive phylogenomic analyses of ciliated protists with a revised classification of the phylum Ciliophora (Eukaryota, Alveolata)

纤毛虫门进化研究基于52种基因组/转录组数据，结合公开资源构建包含190种49目系统的发育树，填补16/17类群代表，首次解析74种系统发育信息，提出Mesodiniea新类群及Postciliodesmatophora、Intramacronucleata两大主类群，其中后者包含CONthreeP、SLAOMP亚类群及Protocruziea，同时评估缺失数据影响，提供200核心基因族及多序列比对数据，并推断Ciliophora起源于约1.052亿年前元古宙时期。

　　

摘要

系统基因组学分析在加深我们对生命树中进化关系的理解方面发挥着重要作用。在真核生物中，纤毛虫是单细胞真核生物中最多样化的一类，它们在微生物食物网中扮演着重要角色，并被广泛用作研究中的模式生物。然而，由于分子标记的分辨率较低和/或分类单元有限，纤毛虫内部的进化关系仍存在争议。为了更全面地了解纤毛虫类群（Ciliophora）的进化关系，我们对来自10个纲的52种纤毛虫的基因组和/或转录组进行了测序。将这些分析结果与公开可用的数据相结合，我们构建了一个包含190种纤毛虫的数据集，这些纤毛虫分布于49个目中，涵盖了纤毛虫门（Ciliophora）所认可的17个纲中的16个纲，从而几乎实现了对该多样化类群的完整纲级代表。其中，有74种纤毛虫是首次从系统基因组学的角度进行研究的。我们提出了纤毛虫门的更新分类方案，包括Mesodiniea纲以及两个主要分支：Postciliodesmatophora和Intramacronucleata；Intramacronucleata又包含两个主要分支（CONthreeP和SLAOMP）以及Protocruziea。我们还评估了缺失数据的影响，并提供了数据集（包括200个核心基因家族列表和多序列比对数据），以促进未来的系统基因组学研究。此外，根据高度可靠的系统基因组树，我们估计纤毛虫门大约起源于10.52亿年前（Mya），即中元古代初期。这里提出的稳健系统基因组学框架不仅有助于更深入地探讨纤毛虫的进化过程，还为未来的系统发育和分类学研究提供了参考。