从皱叶酢浆草（Rumex crispus）中分离出的Teratoramularia rumicicola TR4菌株的基因组序列草图

本研究通过DNBSEQ技术完成 Teratoramularia rumicicola TR4 菌株的基因组测序，获得541个contig，BUSCO评估显示基因组完整性达96.5%，为微生物除草剂研发及病原性研究提供基础资源。

　　

摘要

我们展示了从Rumex crispus中分离出的潜在生物除草剂Teratoramularia rumicicola菌株TR4的基因组序列草图，该序列是使用DNBSEQ技术测定的。这一基因组为未来关于T. rumicicola的分类学、致病性以及次级代谢产物生物合成研究提供了基础资源。

公告

目前公共数据库中尚无Teratoramularia属（包括Teratoramularia rumicicola）的基因组组装数据。Teratoramularia rumicicola的基因组序列可以为未来对Ramularia类真菌的分类学和比较研究提供基因组参考，同时也有助于研究其致病性及作为微生物除草剂的潜力。Teratoramularia rumicicola TR4菌株于2024年11月在日本茨城县筑波市从自然感染的Rumex crispus叶片中通过单分生孢子分离获得，并被登记为MAFF 248116（1）。此前已有基于形态学特征和ITS/LSU系统发育分析的物种鉴定结果（1）。本文仅讨论基因组的生成和组装过程。

Teratoramularia rumicicola TR4菌株在25°C下于马铃薯葡萄糖琼脂（PDA）培养基中黑暗条件下培养23天。菌丝体从PDA平板上刮下后转移到冷冻管中，储存在-80°C条件下直至提取基因组DNA。基因组DNA由Bioengineering Lab. Co., Ltd.使用MPure细菌DNA提取试剂盒（MP Biomedicals，美国加州圣安娜市）在MPure-12系统上按照制造商提供的方案进行提取。测序文库使用MGIEasy Fast FS Library Prep Set v2.0（MGI Tech，中国深圳）制备，随后进行环化处理并转化为DNA纳米球，并在DNBSEQ-T7仪器上以2×150 bp的模式进行测序。测序共获得20,667,958对读段（总长度6.20 Gb）。通过fastp v0.20.1软件（使用MGI适配器序列及默认参数）对读段进行质量过滤（2）。所有生物信息学分析均采用默认参数进行，除非另有说明。测序数据的平均覆盖率为约290倍。过滤后的读段使用SPAdes v4.2.0软件（3）进行de novo组装，最终组装结果使用Pilon v1.24软件（4进行了优化。

去除一个覆盖率显著升高且通过BLASTn鉴定为线粒体的contig后，最终的核基因组组装包含541个contig，其中316个contig（长度≥500 bp）的总长度为21.32 Mb（鸟嘌呤或胞嘧啶[GC]含量为55.08%），N50值为0.284 Mb，最大contig长度为0.663 Mb，L50值为25（使用QUAST v5.3.0计算5）。通过BUSCO v6.0.0（dothideomycetes_odb10）评估，基因组完整性为96.5%（单拷贝部分占96.4%，重复部分占0.1%），其中0.2%的序列为片段化序列，3.3%的序列缺失（6）。

致谢

本研究得到了日本学术振兴会（JSPS）KAKENHI项目编号25K23640和24KJ1012的支持。语言润色和结构编辑工作由ChatGPT（OpenAI）协助完成。所有由AI辅助生成的内容均经过作者的严格审阅和修改。

M.I.负责研究的整体设计、数据整理、正式分析、验证、方法学与软件流程的建立、项目管理、资金与资源的获取、可视化结果的生成以及初稿的撰写和修订工作。T.O.负责数据整理、正式分析、方法学开发、软件实现与验证，并参与手稿的审阅与修改。T.S.提供了必要的资源，并参与了手稿的审阅与修改。