微流控技术能够解析由蛋白质间的吸引力相互作用驱动的非经典溶菌酶成核过程

《Journal of Molecular Liquids》:Microfluidics resolves non-classical lysozyme nucleation driven by attractive protein interactions

【字体: 时间:2026年02月17日 来源:Journal of Molecular Liquids 5.2

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  溶菌酶结晶成核动力学研究采用微流控芯片和动态光散射技术,发现异质与本体成核两种速率,证实介观结构对成核机制的关键影响,挑战经典均相成核理论。

叶夫根尼娅·卡里布贾诺娃|迪米特里·拉达耶夫斯基|塞巴斯蒂安·泰谢内|艾萨克·罗德里格斯-鲁伊斯
法国图卢兹大学,INP,UPS,CNRS化学工程实验室

摘要

尽管经过数十年的研究,蛋白质结晶成核途径仍然是一个热门的研究课题,这主要是由于其研究过程中存在的实验挑战以及它在多个应用和研究领域中的重要意义。本文报道了对溶菌酶结晶成核的全面研究,使用了专门为进行结晶成核动力学测量而开发的高通量微流控芯片,并结合动态光散射(DLS)技术对溶液的局部结构进行了分析。一个具有500个独立纳升级微反应器的温度控制系统使得成核事件的统计分析成为可能,研究发现了两种不同的成核速率:一种与杂质和/或变性蛋白质分子相关的异质成核有关,另一种则与溶液内部的成核过程有关。从碳纳米管(CNT)获得的动力学参数与先前的研究结果一致,但与经典均匀成核模型的预测存在显著差异——活性成核位点的密度估计值比蛋白质单体浓度低几个数量级,这与均匀成核机制相矛盾。此外,在接近临界点时,成核动力学表现出与CNT模型预测的明显偏差,表明成核行为发生了变化。DLS分析进一步表明,在过饱和条件下,蛋白质不会保持单体状态,而是会形成局部密集区域。研究结果表明,溶菌酶的结晶过程是通过分子间吸引作用驱动的瞬态密集化过程,这挑战了传统上认为溶液是均匀且以单体为主的观点,强调了介观溶液结构的重要性。

引言

理解结晶成核的动力学和机制至关重要,因为它们决定了最终晶体的关键特性,包括尺寸分布、产率和形态。这一知识在众多应用领域中都具有重要意义。在工业领域,它支持大分子的结晶(如药物化合物[1])、先进材料的设计[2]以及改进的生物催化剂的研究[3];在基础研究中,它为结构生物学等领域提供了支持[4]。在医学背景下,大分子的相变在退行性疾病的发病机制中起着核心作用[5],这进一步凸显了对成核过程深入理解和控制的需求。因此,全面掌握成核现象对于通过调控结晶条件和成核途径来调整材料性能至关重要。
经典的成核理论(CNT)[6]长期以来一直是一个主导的理论模型,该模型将成核描述为一个受体积自由能和表面自由能竞争控制的激活过程。然而,许多研究指出CNT模型存在系统性偏差[7],[8],[9],[10],尤其是在液-液相分离(LLPS)边界附近[11],那里增强的密度波动降低了成核能量障碍。这些发现促使人们提出了替代框架[12],包括两步成核(TSN)模型[13],[14],[15],该模型提出通过亚稳态的密集液滴簇进行成核[16]。这一机制已在多种蛋白质系统中得到验证,包括溶菌酶[17],[18],[19],[20]。最近的研究还表明,即使在不同晶型的聚合物中,如果它们的体积自由能和界面自由能相同,成核速率的差异也受到过冷溶液的局部结构组织的影响,这表明溶液结构对于理解成核过程至关重要[21]。
尽管成核过程非常重要,但由于其随机性、临界核的纳米级大小以及对系统参数的高度敏感性,以及杂质可能作为异质成核位点的存在,直接表征成核事件仍然具有挑战性[22]。因此,研究成核需要在大规模、受控条件下进行大量独立实验的统计分析。在这方面,微流控平台能够并行处理微升和纳升级别的液体体积,为高通量结晶和成核研究提供了强大的工具[23],[24],[25],[26],[27],[28],[29],[30],[31],[32]。这些方法还使我们能够系统地检验现有理论框架对成核过程的描述准确性。
阿克ella等人使用基于乳液的技术测量了存在聚乙二醇(PEG)时溶菌酶的成核速率,发现了两种不同的过程:一种与杂质相关的快速、温度无关的过程,以及一种与蛋白质聚集体相关的较慢、温度依赖的过程,后者可以通过光学显微镜观察到[26]。类似地,Galkin和Vekilov早期在液滴中研究了溶菌酶的成核[7],[33],[34],他们注意到在LLPS边界附近成核速率显著增加,这归因于密度波动的增加以及密集液相对核的润湿作用,这与之前的理论研究结果一致[10]。Vekilov等人的发现一致表明,溶菌酶的成核速率并不符合经典理论的预测,这引发了关于成核机制的进一步质疑,并促成了两步成核(TSN)理论的产生[15]。
重要的是,多项研究在欠饱和和过饱和条件下都报告了溶菌酶溶液中蛋白质的自组装和聚集现象[35],[36],[37],[38],[39],[40]。20世纪60年代和70年代的早期沉降平衡研究已经证明了溶菌酶的可逆自组装,包括二聚化和更高阶寡聚体的形成,即使在欠饱和条件下也是如此[41],[42],[43]。原子力显微镜(AFM)进一步研究表明,四方晶系的溶菌酶晶体生长是通过二聚体的附着而非单个单体实现的[38]。Stradner等人的小角X射线散射(SAXS)研究发现了溶菌酶溶液中的平衡簇[37];然而,这些观察结果后来受到质疑,Shukla等人认为散射特征是由单个分子间的相互作用引起的,而非稳定的簇[44]。最近的小角中子散射(SANS)和中子自旋回波(NSE)研究表明,通常归因于平衡蛋白质簇的散射特征实际上是由短程吸引和长程排斥共同作用产生的中间有序结构[39],[40]。因此,参与非经典成核途径的蛋白质聚集体或簇的精确性质(无论是TSN模型所提出的稳定液相聚集体、无序的非平衡结构、平衡簇,还是由分子间吸引作用引起的瞬态局部密集化)及其对成核机制的影响尚未完全明确。
在这项研究中,我们通过对其动力学和潜在溶液结构进行全面研究,解决了关于溶菌酶成核的这一未解问题。我们提出了一个包含500个独立温度控制纳升级反应器的高通量微流控系统,用于在宽温度范围内统计表征溶菌酶的成核过程。该平台能够对随机成核事件进行可靠的动力学测量,并通过动态光散射(DLS)实验来探测溶液中的局部蛋白质结构。这些方法共同使我们能够评估经典成核理论在溶菌酶中的应用性,并评估溶液中相互作用驱动的结构变化对成核过程的影响。

微流控芯片设计与操作

本研究中使用的微流控芯片旨在形成并捕获500个独立的液滴,用于成核动力学研究(图1)。这些设备是通过在PDMS模具上注塑成型制造的,使用了OSTEMER(Ostemer 322 Crystal Clear,Mercene Labs,瑞典)这种具有优异机械稳定性和低气体渗透性的聚合物。注塑模具的制作采用了之前描述过的低成本软光刻和浇铸成型工艺[45]。
液滴

使用改进的Pound和la Mer模型拟合实验数据

除非另有说明,为避免重复,所有成核动力学曲线及其拟合结果仅展示数据集1;数据集2的分析方法相同。主要讨论了数据集1的结果,最终分析结合了两个数据集。
溶菌酶的结晶成核速率是根据随时间成核的液滴比例来确定的[55],假设这是一个泊松过程[56],其中成核事件是随机且独立的

结论

本研究利用高通量微流控平台和动态光散射(DLS)技术,对溶菌酶的结晶成核动力学及其潜在的溶液结构进行了全面研究。该微流控系统包含500个独立的纳升级液滴,能够对两种不同配置下的随机成核事件进行可靠的统计分析,这些配置包括不同的液滴体积和蛋白质浓度。通过使用Pound和La Mer模型,我们

作者贡献

本文由所有作者共同撰写。所有作者均同意最终稿件的内容。

作者贡献声明

叶夫根尼娅·卡里布贾诺娃:撰写 – 审稿与编辑,撰写 – 原始草稿,可视化,验证,方法学,研究,形式分析,数据管理,概念化。迪米特里·拉达耶夫斯基:验证,方法学,研究,形式分析,数据管理,概念化。塞巴斯蒂安·泰谢内:撰写 – 审稿与编辑,监督,软件,资源管理,项目协调,方法学,资金获取,形式分析,概念化。艾萨克·罗德里格斯-鲁伊斯:撰写

作者声明

我们确认本文及其任何内容目前都没有被其他期刊考虑发表,也没有先前发表过。所有作者均已阅读并同意将本文提交给《Journal of Molecular Liquids》。
未引用的参考文献
[50]

利益冲突声明

作者声明他们没有已知的财务利益冲突或个人关系可能影响本文的研究结果。
致谢
作者感谢法国国家研究机构(TITANS项目ANR-21-06CE-0032)和图卢兹INP大学(LP-to-CRYST ETI 2024)的财政支持。
YK获得了法国高等教育部提供的博士奖学金。
YK感谢Amni Amzar Mohamad在实习期间对实验工作的协助。

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