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DENV-3在巴拉圭二十年后的再次出现：一项基因组学和流行病学研究
《Emerging Microbes & Infections》：Re-emergence of DENV-3 in Paraguay after two decades: a genomic and epidemiological investigation
【字体： 大 中 小 】 时间：2026年02月17日 来源：Emerging Microbes & Infections 7.5
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巴拉圭2025年初报告DENV-3重现，通过基因组测序和系统发育分析确认为新引入的B.3.2 lineage，与中美洲及南美近期毒株同源，提示区域病毒传播加剧。
登革热是全球传播速度最快的蚊媒病毒性疾病之一，对热带和亚热带地区的公共卫生构成了持续性的挑战。本文报道了在帕拉圭，登革热病毒3型（DENV-3）在大约15年未检测到的情况下重新出现的情况。2025年初，通过常规流行病学监测和分子诊断，在亚松森大都会地区发现了12例实验室确诊的病例。为了研究这些感染的起源和进化背景，进行了全基因组测序和系统发育重建。基因组分析将这些病毒归类为DENV-3基因型III，谱系B.3.2，支持了这是由外部引入的新谱系而非先前在当地传播的病毒株重新传播的假设。时间和系统地理学推断进一步表明，这些病毒的引入与南美洲地区的病毒传播一致，突显了在高度连接的城市环境中登革热传播的动态特性。这些发现为DENV-3在帕拉圭的重新出现提供了早期证据，并强调了持续进行分子监测的流行病学重要性，特别是在那些经历多种血清型登革热活动频繁发生的国家。加强基因组监测框架对于快速检测病毒谱系的引入、确定传播途径以及支持及时的公共卫生决策至关重要。整合基因组、流行病学和昆虫学数据对于预测疫情风险和指导旨在减少帕拉圭及更广泛地区登革热负担的控制策略至关重要。
登革热病毒（DENV）继续在拉丁美洲构成重大的公共卫生挑战，多种血清型的同时传播导致了临床严重程度不一的反复爆发[引用1,引用2]。尽管四种血清型都在该地区传播，但南美洲的历史登革热活动主要由DENV-1和DENV-2主导。相比之下，DENV-3在传播受限的时期后与大规模爆发相关，并可能在已有其他血清型免疫的人群中增加疾病严重程度，这突显了其流行病学和临床重要性[引用3]。在多年未检测到之后，DENV-3在该地区显示出重新出现的迹象，从2023年开始报告的病例数量不断增加，并扩散到加勒比地区以及南美洲和北美洲的更广泛区域[引用4]。这一变化与区域内的持续传播以及受影响地区的多次引入和独立传播集群相吻合，凸显了后COVID-19时期登革热重新出现的复杂动态，以及加强基因组监测系统的必要性[引用5]。在帕拉圭，自2010年以来未再检测到DENV-3，表明当地病毒传播已经中断，而DENV-1、DENV-2和DENV-4继续引发连续的疫情波[引用1,引用6]。2025年初，帕拉圭国家监测系统在XI和XVIII卫生区发现了一组登革热病例，促使进行了血清型确认的分子筛查。实验室分析确认了DENV-3的重新出现，这是该国15年来首次检测到该病毒。这种血清型在一个对DENV-3几乎无免疫力的群体中的重新出现引发了人们对二次感染和严重疾病结果的担忧。本文旨在记录DENV-3在帕拉圭的重新出现，并利用2025年最早检测到的病例的流行病学、临床和基因组数据对其负责的谱系进行基因特征描述，并将这些发现置于DENV-3重新出现的更广泛区域背景下。
2025年2月至5月期间，亚松森公共卫生实验室接收并筛查了12名出现登革热感染临床症状的患者。所有病例均来自XI和XVIII卫生区的大都会地区，具体包括Luque（8例）、Areguá（2例）、Capiatá（1例）和Mariano Roque Alonso（1例）（）。患者年龄从6岁到75岁不等（中位数：14.5岁），其中大多数为女性（9/12；75%）。所有患者通过RT-qPCR检测呈DENV阳性，并被确认为DENV-3（详见附录）。Ct值范围为11.4–31.1（中位数：20.4）。
图1. 2025年在帕拉圭检测到的DENV-3病例的流行病学、临床和基因组特征。(a) 2025年2月至5月期间，在亚松森大都会地区（包括Luque、Areguá、Capiatá和Mariano Roque Alonso）报告的确诊DENV-3病例的地理分布；(b) 2014–2024年的全国登革热时间序列，显示每周病例数；(c) 十二例确诊病例报告的临床症状，主要表现为肌痛和关节痛，其次是头痛和呕吐；(d) Ct值与基因组覆盖度之间的关系，显示Ct值较低的样本具有更高的基因组覆盖度；(e) 最大似然系统发育树显示新生成的DENV-3基因组（红色）形成了一个独特且得到良好支持的支系，与最近的加勒比和南美洲病毒株聚类，表明这是新引入帕拉圭的病毒。
![图1. 2025年在帕拉圭检测到的denv-3病例的流行病学、临床和基因组特征。(a) 2025年2月至5月期间，在亚松森大都会地区（包括luque、areguá、capiatá和mariano roque alonso）报告的确诊denv-3病例的地理分布；(b) 2014–2024年的全国登革热时间序列，显示每周病例数；(c) 十二例确诊病例报告的临床症状，主要表现为肌痛和关节痛，其次是头痛和呕吐；(d) ct值与基因组覆盖度之间的关系，显示ct值较低的样本具有更高的基因组覆盖度；(e) 最大似然系统发育树显示新生成的denv-3基因组（红色）形成了一个独特且得到良好支持的支系，与最近的加勒比和南美洲病毒株聚类，表明这是新引入帕拉圭的病毒。</a><div><button>显示全尺寸</button></div></p><p>从2014年到2025年的全国登革热监测数据显示，疫情呈反复高峰，2025年初每周病例数急剧上升（<button>图1</button>）。这一重新出现与亚松森大都会地区检测到12例实验室确诊的denv-3感染同时发生。</p><p>临床表现主要为肌痛和关节痛，随后是头痛和呕吐，与非严重登革热表现一致（<button>表1</button>,<button>图1</button>c）。ct值与基因组覆盖度之间存在负相关（r = ?0.84；p = 0.0068），ct值较低的样本具有更高的基因组覆盖度（<button>图1</button>d）。所有样本均使用illumina平台进行了全基因组测序（详见附录），平均基因组覆盖度超过95%（表s1）。系统发育重建（详见附录）确认所有序列属于denv-3基因型iii，谱系b.3.2。然而，与历史上的帕拉圭denv-3病毒株不同，新生成的基因组形成了一个完全独立且得到良好支持的支系，表明这是新引入的病毒株，而非先前在当地传播的病毒株重新出现（<button>图1</button>d）。这些序列与最近的加勒比和其他南美洲国家的denv-3基因组紧密聚类[<span><a><span>引用</span>3</span>,<span><a><span>引用</span>4</span>], 与2023年以来denv-3在美洲的广泛重新出现一致[<span><a><span>引用</span>3</span>,<span><a><span>引用</span>4</span>]。为了研究这一重新出现谱系在帕拉圭的进化动态，我们分析了包含12个新生成基因组的单系支系。尽管采样间隔较短，但采样日期与从根到尖端的变异之间存在相对较强的相关性（r2 = 0.51，相关系数 = 0.72），表明病毒进化具有时钟状特征。系统动力学分析估计引入时间为2024年12月中旬（95%最高后验密度 – hpd：2024年12月初至2025年1月初），表明这是最近重新引入的病毒株，在亚松森大都会地区迅速扩散（<button>图1</button>e）。</p><div><div><div><h3></h3><p><span>表1.</span> 本研究测序的12个denv3样本的流行病学数据。</p></div></div><div><a>下载csv</a><a>显示表格</a></div></p><p>这些发现共同证实了denv-3在帕拉圭经过15年的消失后重新出现，并表明基因型iii，谱系b.3.2是最近在美洲被发现的。这种引入可能是由于区域连通性和通过病毒携带者的移动性而促成的。虽然现有数据无法评估这种引入是否会引发持续传播，但denv-3在一个近期暴露有限的群体中的重新出现具有重要的流行病学意义，因为它与大规模爆发有关，并且在已有其他登革热血清型免疫力的情况下可能导致疾病严重程度增加[<span><a><span>引用</span>3</span>]。我们的结果强调了基因组监测对于早期检测和描述南美洲南部虫媒病毒引入和传播动态的重要性。更广泛地说，气候变异性、快速城市化和人类移动模式的变化可能会通过扩大媒介适宜性和增加人与蚊子的接触来进一步影响登革热的传播动态。在这种情况下，血清型和谱系传播的变化，如denv-3的重新出现，也可能影响登革热疫苗策略，因为它们会影响群体层面的免疫力和疫苗效果，这强调了在监测框架中整合基因组、流行病学和免疫数据的重要性。这样的强化方法对于预测疫情潜力、指导媒介控制策略以及在该地区环境和社会人口压力持续扩大登革热病毒生态和流行病学生态位的背景下进行公共卫生准备至关重要。</p></div><div><h2>局限性和未来方向</h2><p>本研究存在几个局限性。首先，分析基于短时间内收集的有限数量的实验室确诊病例，且仅限于亚松森大都会地区，可能无法全面反映帕拉圭其他地区的denv-3传播情况。其次，缺乏详细的流行病学信息，包括旅行史和病例是本地传播还是输入传播的分类，这限制了对传播链和引入途径的推断。此外，临床数据主要限于急性表现，无法评估疾病进展和长期结果。未来结合更广泛的基因组采样、纵向临床随访以及详细的移动性和流行病学数据的研究将有助于更好地描述传播动态、评估临床影响，并监测denv-3谱系在帕拉圭及更广泛地区的进一步传播。</p></div><div><h2>作者贡献</h2><p>概念和设计：lcja、cv和mg；调查：cc、sg、ar、ff、jb、agdlf、sv、vf、lcja、cv和mg；数据分析：cc、vf和mg；可视化：vf和mg；写作——原稿：mg。所有作者均审阅并批准了最终版本的手稿。</p></div><div><h2>补充材料</h2><div></div><div><h3>appendix-clean.docx</h3><a>下载ms word（31.6 kb）</a><b>appendix-clean.docx</b></div></div><div><h2>数据可用性声明</h2><p>新生成的基因组序列已存入genbank，编号为px470080 – px470091。</p></div><div><h2>补充材料</h2><p>本文的补充数据可在线访问<a>https://doi.org/10.1080/22221751.2026.2623695</a>。</p></div></div> id=](/cms/asset/b0dae6c2-40a5-4e0a-91b7-5f0a7a69a8d8/temi_a_2623695_f0001_oc.jpg)
