MLDP-AS：一种优化的下一代测序技术，用于提高在扩展性携带者筛查中检测技术难度较大变异体的能力

《Journal of Translational Medicine》：MLDP-AS: an optimized next-generation sequencing assay for enhanced detection of technically challenging variants in expanded carrier screening

MLDP-AS技术通过多聚酶长距离PCR结合测序，有效检测中国常见单基因疾病中的复杂变异体（如F8倒位、CYP21A2变异），灵敏度达100%，在5209人中检出22.15%携带者，成本低于25美元。

　　

摘要

背景

下一代测序（NGS）技术能够同时筛查多种单基因疾病的携带者。然而，传统的NGS方法难以检测复杂的基因变异，如F8倒位、CYP21A2变异以及单外显子拷贝数变异（CNVs），这会导致残留风险。

方法

我们开发并验证了一种名为MLDP-AS（多重长距离PCR结合扩增子测序）的新NGS检测方法，用于筛查中国人群中常见的十种单基因疾病的致病变异，包括α-和β-地中海贫血、非综合征性听力损失、脊髓性肌萎缩症、杜氏肌营养不良症、苯丙酮尿症、21-羟化酶缺乏症、威尔逊病、甲基丙二酸血症和A型血友病。MLDP-AS能够在一次检测中识别常规变异以及技术上较为棘手的变异类型，如F8内含子22倒位、CYP21A2变异和单外显子CNVs。该方法通过使用阳性临床样本进行了优化，并通过金标准方法验证了其敏感性。通过一项针对计划怀孕或正在怀孕的夫妇的前瞻性研究评估了其临床适用性，阳性结果通过金标准技术得到了确认。

结果

MLDP-AS的敏感性达到100%，在所有已知阳性样本中检测出了255个致病变异，其中包括36个技术上较为棘手的变异。在一项涉及5,209名个体的前瞻性研究中，所有目标疾病的携带者均被检测出来，总体携带率为22.15%。有34对夫妇（1.09%）被确定为高风险人群，涉及这十种疾病中的七种。共检测到289个致病变异，出现次数达到1,290次，其中包括169个技术上较为棘手的变异。与金标准方法相比，MLDP-AS的阳性预测值为99.7%。该检测方法快速且成本低廉，可在三天内完成检测，费用低于25美元。

结论

MLDP-AS将多种复杂变异的检测整合到一个全面的检测流程中，克服了传统NGS方法的局限性。它显著提高了变异检测的效率，为中国人群提供了高效且经济可行的携带者筛查工具。