基因型I在土耳其猫中的持续传播，以及首次对猫杯状病毒的整个基因组进行测序

《BMC Veterinary Research》：Sustained circulation of genotype I and the first whole-genome sequencing of feline calicivirus in Turkish cats

FCV在土耳其的分子流行病学及抗原变异研究，检测40份样本中12例FCV阳性，发现与FChPV、FHV-1、FPLV的共感染，揭示FCV-TUR-2025-V和V2的基因组特征及与全球株的亲缘关系，E5'HVR区抗原变异影响抗体识别。

　　

摘要

本研究旨在通过调查与猫溃疡性口炎相关的病毒病原体，扩展关于土耳其猫杯状病毒（FCV）的检测、分子特征和流行病学的有限知识。对40个临床样本的分析发现了12例FCV阳性病例。此外还检测到了其他病毒，包括猫查帕马细小病毒（FChPV；n=6）、猫α疱疹病毒1型（FHV-1；n=4）和猫泛白细胞减少病毒（FPLV；n=9），未检测到猫博卡病毒（FBoV）或猫布法病毒（FBuV）感染。记录了5例共感染事件：FCV+FPLV（n=2）、FCV+FHV-1（n=1）、FHV-1+FPLV（n=1）、FCV+FChPV（n=2）和FChPV+FPLV（n=1）。

在FCV阳性样本中，测序工作主要集中在两个代表性分离株上，获得了一个完整的基因组和一个部分病毒蛋白1（VP1）序列。使用Illumina技术对一个FCV阳性样本进行的全基因组测序得到了一个包含7,738个核苷酸（nt）的完整基因组，该基因组包含三个开放阅读框（ORFs）：ORF1（1,763个氨基酸[aa]）、编码主要衣壳蛋白（VP1）的ORF2（669 aa）以及编码小碱性蛋白的ORF3（106 aa）。FCV-TUR-2025-V分离株（PX601232）在VP1的127–128位置具有由甘氨酸和天冬氨酸组成的独特两个氨基酸插入序列（-GD），并在毒力相关区域E内存在多个替换。与全球分布的241个FCV基因组进行比较基因组分析后，显示出77–82%的核苷酸同一性，其中与中国菌株（FCV-AH3、FCV-GZ-VSD）的相似性最高。基于VP1的分析显示，与参考菌株相比，有74–81%的核苷酸同一性和82–90%的氨基酸同一性。序列相似性最高的是来自韩国（KS40）、日本（FCV-131和FCV-187）、英国（Orf3）、意大利（FCV/160/2015/ITA）和泰国（KP82/THA/2016）的菌株（约81%核苷酸；约89%氨基酸）。此外，一些美国分离株与FCV-TUR-2025-V的遗传相关性也相当（79–80%核苷酸；约90%氨基酸）。

利用全基因组和VP1序列进行系统发育重建后，确定了两个主要基因组群（GI和GII），所有土耳其分离株均属于GI。在土耳其菌株中，一个分离株通过全基因组序列表示（FCV-TUR-2025-V），另一个则基于VP1基因进行表征（FCV-TUR-2025-V2；PX601233）。FCV-TUR-2025-V与最近的意大利菌株（FCV/460/20–1_RS；FCV/460/20–2；FCV/460/20–2_RS）有密切的亲缘关系，而FCV-TUR-2025-V2与德国菌株FCV/DD/2006/GE和美国菌株UTCVM-H2的亲缘关系更近。

对E5′HVR区域的分析表明，FCV-TUR-2025-V保留了保守的B细胞表位基序PAGDY（aa 431–435），并在中和表位内携带ITTPQEY（aa 445–451）基序。相比之下，FCV-TUR-2025-V2显示了替代基序PTGNY（aa 431–435）和ITTRLDY（aa 445–451）。这些变异突显了表位水平的显著多样性，可能对抗体识别和免疫逃逸机制产生影响——特别是在接种疫苗的猫中发生FCV感染的情况下尤为重要。

总体而言，本研究为了解土耳其FCV的分子流行病学提供了宝贵的见解，并强调了持续进行基因组监测的重要性，以便更好地理解病毒进化、致病潜力以及疫苗相关突破性感染。