lncRNA相关ceRNA网络在牦牛长背肌发育中的作用（不同饲养系统下的对比研究）

《BMC Veterinary Research》：The role of lncRNA-associated ceRNA networks in yak longissimus dorsi muscle development across feeding systems

牦牛不同饲养方式对肌肉发育和肉品质的影响研究，通过多组学分析发现舍饲组与放牧组间存在157个差异表达的lncRNA、51个miRNA和1003个mRNA，富集于AMPK、胰岛素及FoxO信号通路。关键ceRNA轴如TCONS_00010840-miR-30b-5p-TRIM63和TCONS_00013998-ADAMTS2揭示了lncRNA调控肌肉生长和肉质的作用机制，为分子育种提供理论依据。

　　

摘要

背景

牦牛（Bos grunniens）原产于青藏高原的高海拔地区，是当地牧民的重要牲畜，能够提供牛奶、肉类和其他资源。然而，由于过度放牧和土地退化，传统的放牧方式变得越来越不可持续。本研究探讨了不同饲养系统对牦牛骨骼肌发育和肉质的影响，重点研究了长非编码RNA（lncRNAs）在调节这些过程中的作用。通过多组学方法，我们构建了一个包含lncRNAs、miRNAs和mRNAs的综合性竞争内源性RNA（ceRNA）网络，并识别出差异表达的lncRNAs并评估了它们的调控功能。

结果

我们在牦牛骨骼肌中发现了总共2,009个lncRNA转录本。对放牧组（Group G）和室内饲养组（Group HF）的牦牛进行差异表达分析后，发现了157个差异表达的lncRNAs（DElncs，其中77个上调，80个下调）、51个差异表达的miRNAs（DEmiRs）和1,003个差异表达的mRNAs（DEMs）。功能富集分析表明，这些差异表达的转录本在能量代谢和肌肉发育途径中显著富集，特别是在AMPK、胰岛素和FoxO信号通路中。基于这些数据集，我们构建了一个肌肉特异性的ceRNA网络。值得注意的是，我们识别出了一些特定的调控轴，例如lncRNA TCONS_00010840通过与miRNAs竞争来调控TRIM63的表达，而TRIM63是一个与肌肉萎缩和肉质紧密相关的关键基因。

结论

我们的研究结果表明，集约化饲养通过涉及代谢适应和细胞外基质重塑的lncRNA介导的途径来调节牦牛肌肉的生长和嫩度。所识别的TCONS_00010840-miR ??30b ??5p- TRIM63和TCONS_00013998-ADAMTS2调控节点代表了改善牦牛肉质的潜在分子靶点。这些结果为未来关于牦牛分子育种的功能研究提供了理论框架。