2022–2023年在尼日利亚驴子身上检测到的马流感病毒H3N8的分子特征及系统地理学研究

《BMC Veterinary Research》：Molecular characterization and phylogeography of equine influenza virus H3N8 detected in donkeys in Nigeria 2022–2023

非洲尼日利亚马流感病毒H3N8流行病学调查，2022-2023年采集400份鼻拭子，RT-qPCR检测发现2例非临床样本阳性，结合分子钟分析揭示南美和欧洲多途径传入，存在2018/2019疫情持续现象，并发现HA未报告突变及4种新型糖基化模式。

　　

摘要

背景

马流感病毒（EIV）H3N8是一种高度传染性的呼吸道病原体，对全球的马科动物构成了重大的健康和经济风险。在尼日利亚东南部，由于该地区有马匹的交易和屠宰活动，关于EIV的流行病学和流行毒株的数据非常有限。

方法

为填补这一知识空白，我们在2022年1月至2023年10月期间进行了主动监测。共从屠宰场和动物市场收集了400份马和驴的鼻拭子样本。这些样本通过定量逆转录聚合酶链反应（RT-qPCR）检测马流感病毒（EIV），阳性样本进行了全基因组测序。同时进行了时空贝叶斯系统地理学分析，并将氨基酸序列与世界动物卫生组织（WOAH）推荐的佛罗里达谱系-1（Fc-1）疫苗株（登录号GU447312、DQ124192）进行了比较；突变通过PyMOL软件映射到了3D H3血凝素结构上。

结果

2%的样本（共400份中的8份）来自没有临床症状的驴和死亡驴，检测出H3N8病毒阳性。时空贝叶斯系统地理学分析纳入了2018年至2023年间非洲的疫情数据，结果显示病毒多次传入非洲。Fc-1谱系可能分别从阿根廷（2018/2019年）和英国（2021年）传入非洲，而佛罗里达谱系-2似乎起源于爱尔兰（2019年）。本研究中发现的2022年H3N8病毒株可能是2018/2019年尼日利亚北部疫情持续存在的结果。此外，我们发现了与WOAH推荐的Fc-1疫苗株不同的血凝素替换突变，以及抗原位点附近的新变化和四种独特的糖基化模式，这些发现凸显了这些突变的潜在流行病学意义。

结论

我们的研究结果表明，EIV可能多次从南美洲和西欧传入非洲，病毒进化迅速，并且通过牲畜贸易（尤其是驴的交易）促进了其跨界传播，亚临床感染在病毒传播中起到了重要作用。这些结果强调了EIV H3N8（Fc-1）在尼日利亚的持续存在和进化，同时也表明需要加强基因组监测、控制措施以及针对非洲地区的EIV疫苗接种策略。此外，规范跨境牲畜贸易对于降低未来疫情的风险至关重要。