2022–2023年间从中国上海分离出的甲型流感病毒的隔离、鉴定及全基因组测序分析

《Virology Journal》：Isolation, identification, and whole genome sequencing analysis of influenza A virus clinical isolates from Shanghai, China, during 2022–2023

流感A病毒遗传多样性研究显示2023年H3N2毒株与2022年存在显著进化差异，可能削弱疫苗效力。发现神经氨酸酶I222V突变导致强耐药性，血凝素N206D突变改变宿主特异性受体结合特性。研究为后疫情时代流感疫苗更新和抗病毒药物研发提供依据。

　　

摘要

甲型流感病毒始终是一种持续的威胁，不断进化并导致季节性流行病和潜在的大流行病。在这项研究中，我们分析了2022年至2023年间在上海收集的儿科患者的临床样本，以评估流行中的甲型流感病毒的遗传多样性。在88份甲型流感病毒检测呈阳性的临床样本中，有7个分离株被成功培养并进行了全基因组测序。全基因组测序使用Illumina高通量测序平台完成，而对于在全基因组序列中发现的缺失基因组片段，则通过标准PCR和Sanger测序技术进行了扩增。系统发育分析显示，2023年的H3N2病毒株与2022年的病毒株之间存在显著差异，这表明疫苗效力可能随季节变化而下降。2022年分离出的一种H1N1病毒株与疫苗株具有较高的遗传相似性。突变分析发现了血凝素和神经氨酸酶区域的关键替代突变，其中样本B623080303的神经氨酸酶区域中的I222V突变与对奥司他韦和帕拉米韦的强抗性相关。另一种高度耐药的N206D突变也出现在血凝素区域，该突变在4个临床分离株中被检测到，它通过降低对人类α2,6连接受体的结合亲和力同时增加对鸟类α2,3连接受体的亲和力，从而改变了病毒的宿主适应性。这些发现为了解COVID-19大流行后甲型流感病毒株的进化趋势及其对疫苗效力和抗病毒药物耐药性的潜在影响提供了重要见解。