铜绿假单胞菌传播链的基因组学与流行病学识别及其在医院重症监护病房中的传播情况

《Genome Biology》：Genomic and epidemiological identification of Pseudomonas aeruginosa transmission chains and in hospital ICUs

本研究利用基因组数据，通过分析2046株铜绿假单胞菌（PA）的遗传距离阈值（24 SNPs），发现82个传播集群，涉及环境-患者和患者间传播。证实ICU水龙头存在持续近两年的PA环境储库，并揭示跨医院传播可能通过共享环境媒介实现。强调环境监测和防控措施对降低PA感染风险的关键作用。

　　

摘要

背景

铜绿假单胞菌（PA）是一种机会性病原体，对住院患者构成重大威胁，尤其是在重症监护室（ICU）中。这种细菌能够污染环境，并随后感染易感患者。本研究旨在证明，基因组数据是一种可获取、快速且可靠的基因组流行病学工具，可以在临床或诊断环境中使用，以加深我们对PA传播动态的理解，并改进感染预防和控制策略。

结果

我们对从七家医院ICU的患者和排水系统中收集的2046株PA菌株进行了分析。研究发现，24个SNP的成对遗传距离阈值最能准确反映克隆菌株之间的最大预期差异。将这一遗传阈值与ELS（Epidemiological Linking System）结合使用，可以识别出82个传播簇，共包含730株菌株，这表明存在环境-患者和患者-患者之间的传播。我们的分析还发现，ICU排水系统中存在持续存在近两年的PA菌株库，以及跨越多个ICU的传播簇，这表明可能存在医院间传播或共享的外部菌株库。在超过70%的基因关联的环境-患者菌株对和49%的基因关联的患者-患者菌株对中，发现了流行病学上的关联。

结论

我们强烈支持使用遗传阈值来识别具有流行病学关联的菌株。基因组证据表明，持续存在的环境菌株库是ICU相关PA感染的来源。这项工作强调了环境监测和感染控制措施的重要性，以降低受污染排水系统及其他环境来源带来的风险。