thiadiazole衍生物的设计、合成及其生物学评价:作为人类二氢草酰酸脱氢酶(hDHODH)抑制剂和抗癌药物

《Journal of Molecular Structure》:Design, synthesis and biological evaluation of thiadiazole derivatives as human dihydroorotate dehydrogenase (hDHODH) inhibitors and anticancer agents

【字体: 时间:2026年02月23日 来源:Journal of Molecular Structure 4.7

编辑推荐:

  本研究基于Gaussian 3D-QSAR模型设计102个新型噻二唑类hDHODH抑制剂,合成并筛选出化合物31和46对hDHODH抑制活性最高(IC50分别为0.15 μM),同时显著抑制A-375和KB-3-1癌细胞增殖且不损伤正常Vero细胞。体内实验证实部分化合物可降低皮肤肿瘤模型中DHODH水平并改善生存率,其中化合物31综合性能最优,为抗癌药物开发提供新方向。

  
Pinky Gehlot|Sunil Kumar|Abu Sufiyan Chhipa|Anam Sami|Snehal Patel|Tejal Mehta|Vivek Kumar Vyas
印度古吉拉特邦艾哈迈达巴德Nirma大学药学院药物化学系,邮编382481

摘要

人类二氢乳核糖酸脱氢酶(hDHODH)是从头合成嘧啶途径中的限速酶,它催化二氢乳核糖酸氧化为乳核糖酸,因此成为抗癌治疗的潜在靶点。在本研究中,我们开发了基于高斯方法的三维定量结构-活性关系(3D QSAR)模型,设计了两组共102种新型噻唑类hDHODH抑制剂。结合了计算机模拟技术,包括分子对接、结合自由能计算和分子动力学(MD)模拟,进一步优化了这些化合物的合成方案。根据这些分析结果,合成了35种化合物并通过标准分析方法对其进行了表征。体外实验表明,化合物3146对hDHODH具有最高的抑制活性,并对A-375黑色素瘤和KB-3-1细胞系表现出强烈的抗增殖作用,同时对非癌性Vero细胞无毒性。划痕实验显示,化合物24、31、4650显著抑制了癌细胞的迁移。在瑞士白化小鼠中使用的DMBA诱导皮肤癌模型进行的体内评估显示,这些化合物显著减少了肿瘤结节和增殖性病变,提高了生存率,并降低了DHODH的水平。总体而言,化合物31被证明是最有效的hDHODH抑制剂,是抗癌药物开发的潜在候选物。

引言

癌症是一组以细胞不受控制生长为特征的疾病,主要是因为癌细胞利用代谢酶来维持其增殖。这些酶参与不同阶段的多种途径,以满足对核苷酸的需求,而核苷酸对癌细胞的发育至关重要。在人类体内,嘧啶核苷酸的生成通过两条途径实现:从头合成和回收合成。人类二氢乳核糖酸脱氢酶(hDHODH)在从头合成途径中起关键作用,其作用机制类似于“乒乓球”反应:hDHODH催化二氢乳核糖酸(DHO)氧化为乳核糖酸(ORO),同时使黄素单核苷酸(FMN)还原。随后,FMN通过醌类化合物的还原过程再次被氧化[1,2]。尿苷单磷酸(UMP)是这两种嘧啶合成途径的最终产物。在从头合成途径中,UMP的形成依赖于hDHODH催化的反应。相比之下,回收合成途径需要多个关键步骤来生成UMP,包括尿苷的导入、RNA的回收以及胞苷的脱氨[3]。UMP是DNA、RNA、糖蛋白和磷脂合成所必需的嘧啶核苷酸[4]。此外,细胞对核苷酸的需求取决于多种因素,如细胞类型、生长速率和细胞周期的特定阶段[5]。高度增殖的细胞(如癌细胞和活化的T细胞、B细胞)比正常细胞需要更多的嘧啶[6]。这使得快速分裂的细胞对嘧啶核苷酸合成的抑制极为敏感,从而突显了DHODH作为癌症和自身免疫疾病治疗靶点的重要性[7,8]。根据2025年的癌症统计数据,2022年全球新增癌症病例2000万例,死亡病例970万例。由于人口增长和老龄化,预计到2050年癌症病例将增至3500万例[9],[10],[11]。
已有多种hDHODH抑制剂被研究用于癌症治疗,包括brequinar(I/II期)[12,13]、PTC299(I期)[14],[15],[16]、BAY2402234(I/II期)[17]、ASLN003(II期)[18]、IMU-838A(II期)[19]、AG-363(I期)[20,21]和JNJ7485665(I期)[22](见图1)。
brequinar(见图1)是一种4-喹啉羧酸衍生物(hDHODH的IC??值为1.8 nM),显示出显著的抗癌活性[23]。但由于多种副作用,它被从II期临床试验中撤出[24]。后来在证明其对急性髓系白血病(AML)有效后重新纳入临床试验[12]。FDA已批准某些hDHODH抑制剂用于治疗风湿性疾病,例如来氟米特(I/II期试验)及其代谢物特立氟米特[25,26](见图1)。来氟米特是一种异噁唑衍生物,通过抑制嘧啶合成来阻止细胞分裂并诱导细胞周期从G1期进入S期[27]。特立氟米特作为抗增殖剂,可降低非小细胞肺癌(NSCLC)细胞的存活率和克隆形成能力[28]。Vidofludimus(IMU-838A,见图1)是一种基于环戊-1-烯羧酸的hDHODH抑制剂,其IC??值为134 nM[29]。拜耳制药公司报告称BAY2402234(见图1)是一种强效的hDHODH抑制剂(IC??值为1.2 nM),能够抑制AML细胞的增殖并促进其分化,目前正处于I期临床试验阶段[30]。同样,新加坡的ASLAN Pharmaceuticals公司开发的ASLAN003(见图1,IC??值为35 nM)也正在进行AML患者的II期临床试验[18,31]。AG-636在ibrutinib耐药的 mantle细胞淋巴瘤体内模型中表现出抗增殖活性[32]。此外,JNJ7485665和RP7214(见图1)也对白血病、淋巴瘤和其他癌细胞系显示出抗增殖作用,目前正处于I期临床试验阶段。
迄今为止,尚未有hDHODH抑制剂获得FDA的抗癌治疗批准。许多强效抑制剂因治疗指数窄和相关副作用而失败,这突显了开发新的、针对hDHODH的特异性分子以有效治疗癌症的必要性。
基于我们关于hDHODH抑制剂作为抗癌剂的持续研究[33],[34],[35],我们进一步探讨了噻唑衍生物的抗癌潜力。此前,我们详细介绍了已获专利的hDHODH抑制剂[36]及其在药物化学领域的进展[37]。此外,我们还报道了利用多种结构导向方法设计新型噻唑衍生物作为hDHODH抑制剂的研究[37]。
噻唑结构片段已被证明对癌症及其他疾病(如疟疾[38],[39],[40],[41],[42])具有活性。噻唑类似物已经显示出对hDHODH酶的抑制作用。Stefano等人[43]报道了一系列含有羟基噻唑、三唑和吡唑结构单元的hDHODH抑制剂,这些化合物具有类似brequinar的结合模式,并表现出免疫抑制和抗增殖活性,同时不影响细胞存活。其中,三唑衍生物A和噻唑衍生物B(见图1)的IC??值分别为45 nM和16 nM。Lolli等人[44]描述了基于羟基呋喃唑骨架并含有酰胺连接基团和苯环的hDHODH抑制剂。化合物CD(见图1)的IC??值分别为0.041 μM和0.289 μM,表现出更高的活性。
Diao等人[45]发现噻唑衍生物可作为hDHODH抑制剂,其IC??值范围为0.11至18.8 μM。其中,化合物E(见图1)的活性最强,IC??值为0.11 μM。结合模式分析表明,hDHODH的Gln47、Arg136和Tyr360残基与其抗癌活性密切相关。Wenlin等人[46]合成了替代噻唑衍生物作为抗癌剂,其中化合物F(见图1)的IC??值为1.8 nM,表现出最高的活性。Zeng等人[47,48]设计并合成了一系列4-噻唑酮衍生物作为hDHODH抑制剂,其中化合物G(见图1)的IC??值为1.12 μM,活性最强。
鉴于含有氮和硫原子的五元杂环系统的重要性,我们专注于开发噻唑衍生物作为潜在的hDHODH抑制剂和抗癌剂。
在本研究中,共设计了102种化合物,分为两组。第一组包含1,2,5-噻唑环、吗啉环、氧乙酰胺连接基团和取代苯环;第二组包含1,3,4-噻唑环、氨基基团、硫代乙酰胺连接基团和取代苯环。在所有合成的化合物中,第一组的化合物31对hDHODH的抑制活性最强(IC??值为0.15 μM),同时对A-375黑色素瘤(IC??=13.46 μM)和KB-3-1细胞系(IC??=16.57 μM)也表现出较强的抑制作用。

计算信息(软件、数据库和在线工作站)

所有计算任务均在Windows 10平台上完成。使用Schr?dinger(Maestro)软件的不同模块进行了各项研究。化合物的结构绘制采用maestro 12.8的2D sketcher选项。maestro 12.8的phase模块用于构建基于高斯方法的3D-QSAR模型,glide模块用于新设计化合物的对接研究。对接结果在PyMol软件中进行分析。分子动力学(MD)模拟也在该软件中进行。

3D-QSAR研究

本研究采用基于高斯方法的3D-QSAR策略来设计噻唑衍生物。主要目标是研究噻唑环系统上各种取代基的影响和选择,以设计出高效的hDHODH抑制剂。
通过偏最小二乘(PLS)分析验证了3D-QSAR模型的有效性。表1总结了理想模型的统计参数,生成的模型各项指标均在可接受范围内。

结论

本研究利用基于高斯方法的3D-QSAR模型设计了102种新型噻唑类hDHODH抑制剂,分为两组。其中71种化合物的预测pIC??值介于5.099至7.938之间,被选用于分子对接研究。这些化合物的对接得分介于?8.989至?3.909 kcal/mol之间。观察到了与Arg136、Gln47和Phe62的关键相互作用,结合自由能计算(?61.3至?28.99 kcal/mol)支持了其强结合性。

CRediT作者贡献声明

Pinky Gehlot:撰写初稿、方法学设计、实验实施、资金获取。Sunil Kumar:方法学设计、实验实施。Abu Sufiyan Chhipa:方法学设计、实验实施。Anam Sami:方法学设计。Snehal Patel:研究监督。Tejal Mehta:研究监督。Vivek Kumar Vyas:撰写、审稿与编辑、项目管理、概念构思。

利益冲突声明

作者声明不存在可能影响本文研究的已知财务利益或个人关系。

致谢

作者感谢印度科技部DST INSPIRE项目的财政支持(项目编号:DST INSPIRE/[IF210107]。同时感谢印度中央大学提供的Schr?dinger(Maestro)软件计算资源,以及艾哈迈达巴德Nirma大学对本研究的支持,该研究是某博士研究生论文的一部分。
相关新闻
生物通微信公众号
微信
新浪微博
  • 搜索
  • 国际
  • 国内
  • 人物
  • 产业
  • 热点
  • 科普

知名企业招聘

热点排行

    今日动态 | 人才市场 | 新技术专栏 | 中国科学人 | 云展台 | BioHot | 云讲堂直播 | 会展中心 | 特价专栏 | 技术快讯 | 免费试用

    版权所有 生物通

    Copyright© eBiotrade.com, All Rights Reserved

    联系信箱:

    粤ICP备09063491号