《Animal Microbiome》：Ecological insights into the cross-domain microbiome interactions in the hematophagous bat Desmodus rotundus
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这篇研究通过对哥伦比亚卡萨纳雷地区27只吸血蝠（Desmodus rotundus）的血液、粪便和口腔拭子样本进行高通量测序（如16S/18S rRNA基因测序和病毒宏基因组学），系统地描绘了其跨域（原核、真核及病毒）微生物群落的组成、多样性及互作网络。研究发现，该蝙蝠体内存在多种公共卫生相关病原体（如Enterococcus faecalis, Mycoplasma spp., Acanthamoeba spp., Coronaviridae等），且其食性分析提示家畜是其主要的摄食来源。该研究为理解吸血蝠作为特定功能化病原体“储存库”的生态学角色，以及跨物种人畜共患病传播的潜在路径提供了新的见解。
研究背景
蝙蝠是多种微生物的储存库，其中一些具有人畜共患潜力。普通吸血蝠（Desmodus rotundus）因其吸血的食性以及高度的生态适应性，使其成为跨物种病原体传播的关键潜在媒介。尽管其公共卫生重要性已被广泛认知，但其相关的微生物群落特征仍不清楚。本研究旨在利用高通量测序技术，对来自哥伦比亚东部卡萨纳雷农村地区的27只D. rotundus个体的微生物群落（包括原核、真核和病毒）组成、多样性及相互作用，以及其摄食来源进行全面调查。
研究方法
研究采集了血液、粪便和口腔拭子共81份样本，采用Oxford Nanopore Technologies平台，进行了16S-和18S-核糖体RNA(rRNA)基因的长读长扩增子测序以及病毒宏基因组学分析。通过生物信息学流程对序列进行过滤、分类和注释，分析了细菌、真菌、真核寄生虫和病毒类群的丰度与多样性。使用Bray-Curtis距离进行主坐标分析(PCoA)，并采用PERMANOVA检验评估群落结构差异。利用Spearman相关分析探讨了不同病原体之间的潜在关联。此外，通过分析粪便和拭子样本中的脊椎动物来源序列，解析了吸血蝠的摄食来源。
结果发现
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微生物群落组成：细菌群落以变形菌门(Proteobacteria)为主，梭杆菌门(Bacteroidota)和蓝细菌门(Cyanobacteriota)次之。在属水平上，粪便样本中富集了Woeseia、Lactococcus、Stenotrophomonas等；口腔拭子中则富集了Synechococcus CC9902。真菌群落以子囊菌门(Ascomycota)和担子菌门(Basidiomycota)为主。真核寄生虫群落中，棘阿米巴属(Acanthamoeba)和带绦虫属(Taenia)丰度较高。病毒群落中，RNA病毒(如Coronaviridae、Retroviridae、Togaviridae)和DNA病毒(如Circoviridae、Orthoherpesviridae)均被检出。
- 2.
多样性特征：不同样本类型（血液、粪便、拭子）的微生物群落组成和多样性存在显著差异。粪便样本的细菌、真菌和寄生虫群落多样性最高。PCoA分析显示，三种样本类型的微生物群落存在明显的聚类分离。
- 3.
病原体检测：研究检测到多种对公共卫生具有重要意义的病原体。细菌方面包括粪肠球菌(Enterococcus faecalis)、牛莫拉菌(Moraxella bovis)和支原体属(Mycoplasma spp.)。真菌方面包括念珠菌属(Clavispora lusitaniae)和马拉色菌属(Malassezia)。寄生虫方面，棘阿米巴属(Acanthamoeba spp.)、布氏锥虫(Trypanosoma cruzi)和羊带绦虫(Taenia ovis)被检出。病毒方面，蝙蝠圆环病毒(Bat circovirus)、α-冠状病毒(Alphacoronavirus)和逆转录病毒(Retroviridae)等被鉴定。
- 4.
微生物互作网络：相关性分析揭示了不同病原体之间存在潜在的正向或负向关联。例如，在粪便样本中，β冠状病毒(Betacoronavirus)、β逆转录病毒(Betaretrovirus)和圆环病毒(Circovirus)与带绦虫属(Taenia)呈正相关，而粪肠球菌(Enterococcus)与棘阿米巴属(Acanthamoeba)呈负相关。
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摄食来源分析：基于粪便和口腔拭子中脊椎动物DNA的分析表明，吸血蝠主要摄食家畜，包括牛科(Bovidae)、马科(Equidae)和猪科(Suidae)动物。
讨论与结论
吸血蝠独特的吸血食性及其演化出的生理和免疫适应（如对微生物的耐受性），使其能够携带并维持一个多样化的微生物群落，其中包含大量机会性或致病性微生物。研究发现，不同身体部位的微生物群落具有功能特异性，例如肠道微生物可能参与血液成分的消化与解毒。吸血蝠摄食家畜的行为，构成了病原体在蝙蝠与家畜之间传播的潜在桥梁，增加了人畜共患病溢出事件的风险。研究检测到的多种病原体在同一宿主中共存，并存在复杂的相关性网络，提示了微生物间可能存在生态互作（如竞争或协同），这可能影响病原体的传播动力学和毒力演化。这项研究整合了微生物群落分析和宿主行为数据，为理解吸血蝠作为人畜共患病“功能特化储存库”的角色，以及制定针对性的监测和缓解策略提供了新的生态学见解。
