在不同环境条件下，对极度濒危的长江江豚（Neophocaena asiaeorientalis asiaeorientalis）肠道细菌和病毒群落的宏转录组分析

《Animal Microbiome》：Metatranscriptomic analyses of gut bacterial and viral communities in the critically endangered Yangtze finless porpoise (Neophocaena asiaeorientalis asiaeorientalis) under distinct environments

本研究通过宏转录组测序分析长江江豚（YFP）肠道菌群及病毒群落，发现圈养个体菌群组成高度一致且富含Romboutsia属，而野生个体菌群多样性高且存在多重机会致病菌。两组均携带高丰度抗生素抗性基因，但病毒种类重叠度较低，并鉴定出1个新属和2个新物种。

　　

摘要

背景

长江江豚（YFP；Neophocaena asiaeorientalis asiaeorientalis）是一种极度濒危的淡水鲸类，但对其微生物群及其影响因素知之甚少。在此研究中，我们对来自不同环境中的长江江豚的粪便样本进行了宏转录组测序，以分析其肠道细菌和病毒群落。样本包括43只野生长江江豚和3只圈养长江江豚。

结果

分析结果显示，不同环境下的长江江豚肠道微生物群存在显著差异。生活在清洁、稳定环境中的圈养成年长江江豚的肠道微生物组成和结构较为一致，与野生成年长江江豚有明显区别。值得注意的是，与健康相关的属Romboutsia在圈养成年长江江豚中普遍存在，而野生成年长江江豚中则存在较高比例的已知机会性病原体。生活在复杂自然环境中的野生长江江豚个体间微生物差异较大，且未发现与年龄相关的特定模式。高丰度的抗生素抗性基因在圈养和野生长江江豚中普遍存在。此外，圈养和野生种群之间的病毒种类重叠较少，发现了1个新属和2个新物种。

结论

我们的研究旨在全面了解长江江豚的肠道细菌和病毒群落，并确定其影响因素。生活方式的差异导致了不同的肠道微生物组成，而野生种群中观察到的个体差异可能反映了环境和宿主特异性的影响。