对塞内加尔急性胃肠炎相关的人类肠道病毒进行了为期16个月的监测

《Gut Pathogens》：A sixteen-month monitoring of human enteric viruses associated with acute gastroenteritis in Senegal

本研究分析了2020年9月至2021年12月塞内加尔417例急性胃肠炎患者的肠道病毒病原分布，发现诺如病毒（13.9%）和肠病毒（11.8%）为主要病原，轮状病毒A在边境地区高发（15.9%和14.3%），并检测到G12[P8]和GII.4 Sydney 2012等流行毒株。混合感染占7.2%，呕吐症状与轮状病毒A相关。

　　

摘要

背景

人类肠道病毒是常见的病原体，可引起急性胃肠炎（AGE）。大多数病例和死亡病例发生在发展中国家。本研究旨在评估2020年9月至2021年12月期间在塞内加尔收集的导致急性胃肠炎的肠道病毒的流行情况，以及轮状病毒A型和诺如病毒阳性的样本的基因型。

方法

本研究共纳入了417名各年龄段的急性胃肠炎患者。使用Allplex? GI-Virus Assay或单链RT-qPCR方法对样本进行了肠道病毒检测。对轮状病毒A或诺如病毒检测呈阳性的样本，采用基于扩增子的方法结合纳米孔测序技术进行基因分型。数据分析使用R统计软件完成。

结果

在417名接受检测的患者中，37.6%至少感染了一种肠道病毒，30名（7.2%）患者存在混合感染。诺如病毒（n=58；13.9%）是最常检测到的病毒，其次是肠病毒（n=49；11.8%）、轮状病毒A（n=23；5.5%）、腺病毒（n=22；5.3%）、沙波病毒（n=18；4.3%）、星状病毒（n=15；3.6%）和艾希病毒（n=3；0.7%）。然而，轮状病毒A在边境地区的流行率较高（马塔姆为15.9%，凯杜古为14.3%），这凸显了加强塞内加尔轮状病毒A监测和研究计划的必要性，以更好地支持国家疫苗接种计划。最常见的轮状病毒A基因型为G12[P8]（47.8%），属于III谱系，与其他非洲国家的毒株归为一类。GII.4 Sydney 2012 [P31]（47.6%）是本研究中最主要的诺如病毒基因型，其次是GII.16[PNA7]（28.6%）、GII.6[P7]（14.3%）、GII.2[P16]（4.8%）和GII.13[P16]（4.8%）。呕吐与轮状病毒A感染显著相关，而诺如病毒和肠病毒是急性胃肠炎患者中最常见的病毒病原体。

结论

我们的研究结果为塞内加尔肠道病毒的流行病学提供了新的见解。然而，将这些数据与细菌病因学信息相结合，将有助于更全面地评估塞内加尔急性胃肠炎的负担。