2022年11月至2023年7月期间，在坦桑尼亚进行的常规哨点监测中收集到的SARS-CoV-2奥密克戎谱系的基因组多样性

《BMC Genomics》：The genomic diversity of SARS-CoV-2 Omicron lineages collected during routine sentinel surveillance in Tanzania between November 2022 and July 2023

本研究对2022年11月至2023年7月坦桑尼亚90份样本中80个SARS-CoV-2基因组序列进行分析，发现存在7个奥密克戎亚型，其中22F（XBB*）和22E（BQ.1）分别占56.3%和21.35%。区域分布显示四个亚型于2022年11月引入后引发本土传播，主要扩散方向为达累斯萨拉姆向外围地区。通过系统发育分析揭示出具有坦桑尼亚特色的独立亚型，证实了病毒在当地的持续传播。

　　

摘要

背景

尽管SARS-CoV-2谱系对公共卫生具有重大影响，但其遗传多样性和流行病学特征在坦桑尼亚尚未得到充分研究。

方法

我们对2022年11月至2023年7月期间从坦桑尼亚多个地区收集的90个样本中获得的80个序列进行了全面的基因组分析。

结果

我们的研究结果揭示了7个Omicron谱系的复杂情况，其中22F（XBB*）和22E（BQ.1）谱系成为主要变体，分别占所有样本的56.3%和21.35%。值得注意的是，这些谱系的分布存在地区差异。我们观察到有4个谱系是在2022年11月引入的，随后通过病毒的输入和输出导致了局部传播，其中大部分输出来自达累斯萨拉姆到其他地区。系统发育分析显示，存在仅包含坦桑尼亚序列的独特谱系，表明病毒在该国发生了局部传播。

结论

本研究提供了关于坦桑尼亚SARS-CoV-2遗传多样性和传播动态的关键见解。它强调了谱系分布的区域差异，识别出了16个Omicron谱系，并指出22F（XBB*）和22E（BQ.1）谱系在该国的主导地位。坦桑尼亚特有的谱系的存在表明病毒在该国持续存在并发生局部传播。这些发现强调了加强综合基因组监测系统以及持续监测SARS-CoV-2进化的重要性。