从读取数据到获得结果：比较牛津纳米孔测序技术与Illumina测序技术在柑橘病毒监测中的应用

《BMC Genomics》：From reads to results: comparing Oxford Nanopore to Illumina sequencing for citrus virus surveillance

柑橘病毒与类病毒检测中，纳米孔测序（ONT）与Illumina测序在病原体识别、基因组覆盖率和测序准确度上相当，但ONT具有更短的周转时间。研究通过比较两种技术在小规模检测中的表现，验证了ONT在常规病原体检测中的潜力，并探讨了其在植物健康监测中的应用前景。

　　

摘要

背景

之前已经对ONT（Oxford Nanopore Technologies）测序技术在检测植物病毒和类病毒方面的能力进行了评估。其优势，如更长的读取长度和实时分析能力，使其与经过广泛验证的Illumina平台在常规病原体检测中的应用上具有竞争力。随着ONT测序技术的持续发展和改进，以及旧设备和试剂的停产，有必要重新对比这些测序平台，尤其是在柑橘研究领域，目前相关研究较为有限。

结果

本研究比较了Oxford Nanopore Technologies（ONT）使用MinION流动细胞进行的测序技术与Illumina在NovaSeqX平台上的测序技术在检测柑橘中三种病毒和三种类病毒方面的能力。两种技术均能通过参考依赖性和独立性方法识别所有病原体。虽然Illumina测序技术重新展现了之前的高灵敏度、高覆盖率和准确性，但ONT测序技术通过更长的读取长度弥补了病原体读取数量较少和测序深度较低的问题，从而实现了与Illumina相当的可接受基因组覆盖率和序列识别度。此外，将来自同一样本的不同ONT条形码数据集的数据合并处理，提高了与Illumina结果的可比性，因为库制备、样本加载和流动细胞方面的微小差异可能会导致测序数据显著减少。同时，还研究了参考基因表达谱以评估内部对照并检查异常样本。ONT平台的检测周期也比Illumina测序更短。

结论

ONT测序技术在小规模常规病原体检测中可能具有优势。它有潜力准确检测病原体并发现新的病毒因子。这种Illumina与ONT平台之间的比较突显了各自技术的优势，并为高通量测序（HTS）在植物健康监测和生物安全程序中的应用提供了新的见解。

背景

之前已经对ONT测序技术在检测植物病毒和类病毒方面的能力进行了评估。其优势，如更长的读取长度和实时分析能力，使其与经过广泛验证的Illumina平台在常规病原体检测中的应用上具有竞争力。随着ONT测序技术的持续发展和改进，以及旧设备和试剂的停产，有必要重新对比这些测序平台，尤其是在柑橘研究领域，目前相关研究较为有限。

结果

本研究比较了Oxford Nanopore Technologies（ONT）使用MinION流动细胞进行的测序技术与Illumina在NovaSeqX平台上的测序技术在检测柑橘中三种病毒和三种类病毒方面的能力。两种技术均能通过参考依赖性和独立性方法识别所有病原体。虽然Illumina测序技术重新展现了之前的高灵敏度、高覆盖率和准确性，但ONT测序技术通过更长的读取长度弥补了病原体读取数量较少和测序深度较低的问题，从而实现了与Illumina相当的可接受基因组覆盖率和序列识别度。此外，将来自同一样本的不同ONT条形码数据集的数据合并处理，提高了与Illumina结果的可比性，因为库制备、样本加载和流动细胞方面的微小差异可能会导致测序数据显著减少。同时，还研究了参考基因表达谱以评估内部对照并检查异常样本。ONT平台的检测周期也比Illumina测序更短。

结论

ONT测序技术在小规模常规病原体检测中可能具有优势。它有潜力准确检测病原体并发现新的病毒因子。这种Illumina与ONT平台之间的比较突显了各自技术的优势，并为高通量测序（HTS）在植物健康监测和生物安全程序中的应用提供了新的见解。