通过全基因组关联分析来鉴定中国地方鹅生长速度性状的候选基因

《BMC Genomics》：Genome-wide association analysis to identify candidate genes for growth rate traits in Chinese endemic geese

中国本地鹅生长率相关基因的基因组关联分析研究，通过测量255只鹅0-10周体重数据，构建生长曲线模型评估相对和绝对生长率，发现70个SNP位点关联36个基因，其中5个基因同时在生长率和相对生长率中显著，并通过功能富集分析鉴定了多个候选基因。

　　

摘要

背景

中国拥有丰富的本地鹅品种资源，这些品种在生长速度上存在显著差异。这些差异为探索与生长性状相关的关键功能基因和分子标记提供了天然的遗传材料。与生长速度相关的基因位点是重要的经济性状，它们会影响屠宰重量和饲养成本。基于此，我们采用了全基因组关联分析（GWAS）方法来确定与生长速度相关的基因。

结果

从孵化到10周龄，我们每隔两周测量一次255只中国本地鹅的体重数据。根据生长曲线，我们评估了0-2周、2-4周、4-6周、6-8周和8-10周这些早期快速生长阶段的相对生长率（RGR）和绝对生长率（AGR）。对AGR的GWAS分析发现了32个SNP，并注释了17个相关基因，包括STX11、PNDC1、MRPL18等。还有38个SNP与RGR相关，其中19个重要候选基因已被注释，包括SLC24A4、CPSF2、MAP2等基因。有5个基因同时与AGR和RGR相关，分别是FAM210B、GULP1、MAS1、MRPL18和PNLDC1。此外，通过进一步的富集分析，我们确定了与生长发育相关的通路，并进一步筛选了如GULP1、STX11、METAP2等候选基因。

结论

本研究发现了70个与生长速度相关的SNP，并注释了36个基因。进一步分析表明，GULP1、STX11、METAP2、PTH1R、SMAD7、GK、CTBP2和DEF6是重要的候选基因。这些发现为本地中国鹅的分子育种提供了宝贵的数据资源，并为未来旨在培育快速生长中国鹅品种的育种计划提供了坚实的理论基础。