基于微卫星和起始密码子靶向标记对印度尼西亚小葱（Allium cepa L. var. aggregatum）基因型的形态学和分子评估

《Genetic Resources and Crop Evolution》：Morphological and molecular assessment of Indonesia’s shallot (Allium cepa L. var. aggregatum) genotypes based on microsatellite and start codon targeted markers

本研究分析了13份印度尼西亚洋葱种质的遗传多样性，采用形态学、微卫星和SCoT标记，发现SCoT标记更有效（176个等位基因 vs 55个），具有更高遗传多样性指标（PIC 0.37-0.82），筛选出8个微卫星和24个SCoT标记（PIC>0.5）用于杂交亲本选择，聚类分析显示遗传背景而非地理因素主导分化。

　　

摘要

青葱（Allium cepa L. var. aggregatum）对维持印度尼西亚的经济稳定至关重要，同时它也是一种营养丰富的蔬菜。对印度尼西亚的青葱种质资源进行遗传学研究非常重要，研究应同时关注形态学和分子水平，以识别可用于杂交育种程序中的有益性状。本研究旨在利用形态学、微卫星标记和起始密码子靶向（SCoT）标记来分析13种印度尼西亚青葱基因型的遗传多样性，并比较这些标记在区分基因型方面的有效性。观察的形态学性状包括鳞茎干皮颜色、鳞茎肉质颜色、鳞茎形状、鳞茎茎端形状和鳞茎根端形状，这些性状在收获后通过定性方法进行检测。使用10个微卫星引物和30个SCoT引物扩增了13种青葱基因型的DNA。结果表明，SCoT标记产生的等位基因数量（176个）显著多于微卫星标记（55个）。此外，SCoT标记显示出更高的主要等位基因频率（0.27–0.81）、基因多样性（0.31–0.83）、观察到的杂合度（0.08–1.00）和多态性信息含量（PIC）（0.37–0.82）。这些发现表明，SCoT标记在青葱的遗传分析中比微卫星标记更有效，这体现在它们更高的信息量和多样性指标上。有8个微卫星标记和24个SCoT标记被鉴定为高信息量标记（PIC > 0.5），因此适合作为青葱育种程序中的选择工具。系统发育分析和主坐标分析（PCoA）结果表明，青葱基因型是根据遗传背景而非地理起源进行分组的。遗传相似性较低的基因型（例如Rubaru和Kuning、Bima和Sumenep、Batu Ijo和Rubaru）被确定为未来杂交育种程序的有希望的候选者。