对巴基斯坦伊斯兰堡和拉瓦尔品第地区患者中流感病毒、SARS-CoV-2和RSV的基因组监测：2023-24年的研究视角

《Archives of Virology》：Genomic surveillance of Influenza, SARS-CoV-2, and RSV in patients from Islamabad and Rawalpindi, Pakistan: a 2023-24 perspective

巴基斯坦2023-2024年呼吸道疾病研究显示，320例样本中流感（59%）、奥密克戎（30%）和RSV（11%）检出率较高，全基因组测序揭示H3N2、H1N1及RSV-B存在显著基因变异，部分突变可能影响抗病毒治疗和疫苗效力，强调需加强整合监测。

　　

摘要

包括流感病毒、SARS-CoV-2和RSV在内的呼吸道病毒，在巴基斯坦等低收入和中等收入国家带来了严重的公共卫生挑战。本研究于2023年1月至2024年1月期间进行，调查了有呼吸道症状的个体中SARS-CoV-2、流感病毒和RSV的感染情况，并探讨了这些病毒在巴基斯坦的基因组多样性。研究分析了320份口咽/鼻咽拭子样本，其中57.1%（n=183）通过RT-PCR检测出呼吸道病毒阳性，包括流感病毒（59%，n=108）、SARS-CoV-2（30%，n=54）和RSV（11%，n=21）。对Ct值小于30的100个样本进行了全基因组测序，获得了85个完整的基因组：48.24%（n=41）为甲型流感病毒（H3N2占87.80%，n=36；H1N1pdm09占12.20%，n=5），45.88%为SARS-CoV-2奥密克戎变异株，5.88%为RSV-B。H3N2序列主要归属于3 C.2a1b.2a.2a.3a.1分支（94.4%，n=34/36），与2023年来自俄罗斯、美国和巴基斯坦的毒株具有99.32%–99.56%的核苷酸一致性，与A/Thailand/8/2022疫苗株的差异为1.05%–1.87%。关键的神经氨酸酶（NA）基因突变包括E50K、信号肽中的T3A以及R150H，这些突变对抗病毒药物具有影响。H1N1序列局限于6B.1 A.5a.2a分支，与2022–2023年的美国和巴基斯坦毒株具有高相似性（99.41%–100%），但与A/Wisconsin/588/2019疫苗株的差异较大（1.44%–1.66%），并且在抗原位点存在显著突变（K54Q、D94N、E224A），这些突变可能增强病毒的适应性。SARS-CoV-2奥密克戎亚变种包括GW.5、XBB.1.22和FL，其序列与英国、新加坡和加拿大的毒株高度相似。所有RSV-B序列都属于GB5.0.5a G分支，与来自英国、澳大利亚、孟加拉国和美国的毒株具有97.8%–99.5%的相似性。值得注意的是，RSV-B在G蛋白中存在一个缺失片段（L250至I268），并且在F蛋白中存在关键突变（S190N、S211N和L173del），这些变化可能影响治疗和疫苗的效果。这些发现强调了需要对这些病毒进行综合监测，以指导公共卫生应对措施。