利用生物信息学方法评估ClpP作为肺炎链球菌疫苗靶点的可能性

《Biotechnology Letters》：Bioinformatic evaluation of ClpP as a vaccine target in Streptococcus pneumoniae

ClpP蛋白生物信息学分析显示其高疏水性、无信号肽及跨膜域，通过NetPhos预测磷酸化位点，SOPMA和Swiss-Model分析二级/三级结构，STRING构建功能互作网络，发现10个互作蛋白，免疫信息学鉴定出B/T细胞表位，支持其作为肺炎链球菌肽基疫苗候选靶点。

　　

摘要

目的

进行全面的生物信息学分析，以评估Streptococcus pneumoniae中ClpP的免疫原性和保守性特征，从而验证其作为候选疫苗靶点的可行性。

方法

从NCBI数据库中获取了clpP基因的核苷酸和氨基酸序列。ClpP的基本特性信息来自公共数据库PneumoWiki。使用NetPhos预测磷酸化位点，而SOPMA、Swiss-Model和STRING分别用于分析其二级/三级结构及功能相互作用网络。利用DNASTAR、SYFPEITHI、NetMHCIIpan 4.0和NetMHC进行抗原表位映射。通过Jalview软件进行多序列比对（MSA），以分析不同S. pneumoniae菌株中预测表位的保守性。同时构建了系统发育树，以评估ClpP蛋白的跨物种保守性。

结果

ClpP（196个氨基酸，pI 4.74）具有较高的疏水性，且不含信号肽或跨膜结构域。鉴定出多个磷酸化位点（Ser/Thr/Tyr）。ClpP的二级结构由94个α螺旋、37个β折叠链和65个无规则卷曲组成。其功能相互作用网络涉及10个相互作用伙伴。免疫信息学分析进一步发现了ClpP序列中的B细胞和T细胞免疫优势表位。

结论

综合这些数据表明，ClpP具有显著的免疫原性和多个抗原表位，支持其作为针对S. pneumoniae的肽类疫苗候选物的潜力。