新型柑橘病毒和李属病毒基因组进一步证明了在Betaflexiviridae科中，核酸结合蛋白的反复独立获取现象

《Genes & Genomics》：Novel citrivirus and prunevirus genomes further demonstrate the recurrent, independent acquisition of nucleic acid-binding proteins in the family Betaflexiviridae

植物RNA病毒科Betaflexiviridae中NABP基因的重复获得与系统发育分析显示其进化独立于复制酶，本研究通过筛查公共转录组数据组装12个病毒基因组，鉴定出6个新物种，其中Aquilaria sinensis病毒1为第二个Citrivirus属携带NABP基因的物种，Hippophae rhamnoides病毒1可能构成新属。

　　

摘要

背景

属于Betaflexiviridae科的一些植物RNA病毒编码一种核酸结合蛋白（NABP），这种蛋白能够增强病毒的感染性。直到最近，Salvia divinorum RNA病毒1（SdRV1）仍是已知唯一一种编码NABP的Citrivirus属病毒。

目的

本研究旨在识别新的编码NABP的Betaflexiviridae病毒基因组，并通过比较分析和系统发育分析来探究它们的进化起源。

方法

研究人员筛选了公开可用的植物转录组数据集，以寻找类似Betaflexiviridae的病毒序列。共组装并注释了12个病毒基因组片段，这些片段对应于10种不同的病毒。利用复制酶和NABP蛋白序列构建了系统发育树。

结果

在Citrivirus属、Prunevirus属以及一个潜在的新属中发现了6种新的病毒物种。Aquilaria sinensis病毒1（AquSiV1）编码了一种NABP，使其成为已知第二种具有该基因的Citrivirus病毒。Hippophae rhamnoides病毒1（HipRhV1）也编码了一种NABP，形成了一个独立的谱系，可能代表一个新的属。对NABP的系统发育分析显示，其进化关系与复制酶的进化关系不一致，这表明NABP基因是在家族内部独立且多次获得的。

结论

这些发现扩展了Citrivirus属和Prunevirus属已知的基因组和分类多样性，并支持了NABP基因在Betaflexiviridae科内独立且多次获得的假设。