应用下一代测序技术调查新生儿重症监护病房中一例粘质沙雷菌（Serratia marcescens）爆发事件

《Antimicrobial Resistance & Infection Control》：Application of next-generation sequencing to investigate a Serratia marcescens outbreak in a neonatal intensive care unit

新生儿重症监护室（NICU）中副溶血性弧菌（Serratia marcescens）的医院感染传播链分析。采用Illumina MiSeq测序结合自建生物信息学流程，对2023-2024年采集的18株菌（14患者+4环境）进行SNP分型及系统发育分析，发现6株高度亲缘菌株，并在患者血液、粪便及环境表面样本中检测到相同基因型，提示医院内交叉感染风险。研究证实NGS技术可有效追踪病原体传播路径，为 NICU感染防控提供分子证据支持。

摘要

引言

新生儿重症监护病房（NICU）中的院内感染是一个主要问题，因为早产儿和免疫功能低下的婴儿容易受到感染。Serratia marcescens是一种机会性病原体，常导致这些感染，显著增加了发病率和死亡率。将下一代测序（NGS）技术整合到感染控制计划中可以提高检测、监测和预防的效果。本研究旨在开发一种基于基因组图谱的流程，用于院内感染的菌株分型和系统发育分析，从而能够详细比较不同微生物的基因组。

方法

本研究回顾性地分析了2023年至2024年间在乌迪内大学医院NICU收集的14名患者的18株菌株以及2株环境样本中的菌株。使用Qiagen公司的FX DNA Library Preparation Kit提取基因组DNA并制备文库。采用Illumina MiSeq平台（2×300 bp双端测序）进行了全基因组测序（WGS）。数据分析使用Qiagen公司的CLC Genomic Workbench软件，并采用定制优化的序列分型流程（ST）进行。整个生物信息学工作流程是在内部开发的，并经过验证，以确保基于SNP的系统发育分析的准确性。

结果

全基因组测序揭示了这些菌株之间的系统发育关系。有6株菌株表现出密切的遗传相关性。在患者血液样本、直肠拭子和环境样本中检测到相同的基因型，这表明可能存在传播途径。

结论

下一代测序技术为NICU中的感染和微生物定植的分子流行病学提供了详细的见解。生成的基因组数据可以支持实时、基于证据的感染控制策略优化，从而提高患者安全性和预防疫情爆发。